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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rnj | ||||||
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タイトル | S2P6 Fab fragment bound to the SARS-CoV/SARS-CoV-2 spike stem helix peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | ANTIVIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM / COVID-19 / SARS-CoV-2 / neutralizing monoclonal antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å | ||||||
データ登録者 | Snell, G. / Czudnochowski, N. / Croll, T.I. / Nix, J.C. / Corti, D. / Cameroni, E. / Pinto, D. / Beltramello, M. / Sauer, M.M. / Veesler, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: Broad betacoronavirus neutralization by a stem helix-specific human antibody. 著者: Dora Pinto / Maximilian M Sauer / Nadine Czudnochowski / Jun Siong Low / M Alejandra Tortorici / Michael P Housley / Julia Noack / Alexandra C Walls / John E Bowen / Barbara Guarino / Laura E ...著者: Dora Pinto / Maximilian M Sauer / Nadine Czudnochowski / Jun Siong Low / M Alejandra Tortorici / Michael P Housley / Julia Noack / Alexandra C Walls / John E Bowen / Barbara Guarino / Laura E Rosen / Julia di Iulio / Josipa Jerak / Hannah Kaiser / Saiful Islam / Stefano Jaconi / Nicole Sprugasci / Katja Culap / Rana Abdelnabi / Caroline Foo / Lotte Coelmont / Istvan Bartha / Siro Bianchi / Chiara Silacci-Fregni / Jessica Bassi / Roberta Marzi / Eneida Vetti / Antonino Cassotta / Alessandro Ceschi / Paolo Ferrari / Pietro E Cippà / Olivier Giannini / Samuele Ceruti / Christian Garzoni / Agostino Riva / Fabio Benigni / Elisabetta Cameroni / Luca Piccoli / Matteo S Pizzuto / Megan Smithey / David Hong / Amalio Telenti / Florian A Lempp / Johan Neyts / Colin Havenar-Daughton / Antonio Lanzavecchia / Federica Sallusto / Gyorgy Snell / Herbert W Virgin / Martina Beltramello / Davide Corti / David Veesler / 要旨: The spillovers of betacoronaviruses in humans and the emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants highlight the need for broad coronavirus countermeasures. We ...The spillovers of betacoronaviruses in humans and the emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants highlight the need for broad coronavirus countermeasures. We describe five monoclonal antibodies (mAbs) cross-reacting with the stem helix of multiple betacoronavirus spike glycoproteins isolated from COVID-19 convalescent individuals. Using structural and functional studies, we show that the mAb with the greatest breadth (S2P6) neutralizes pseudotyped viruses from three different subgenera through the inhibition of membrane fusion, and we delineate the molecular basis for its cross-reactivity. S2P6 reduces viral burden in hamsters challenged with SARS-CoV-2 through viral neutralization and Fc-mediated effector functions. Stem helix antibodies are rare, oftentimes of narrow specificity, and can acquire neutralization breadth through somatic mutations. These data provide a framework for structure-guided design of pan-betacoronavirus vaccines eliciting broad protection. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rnj.cif.gz | 175.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rnj.ent.gz | 137.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rnj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7rnj_validation.pdf.gz | 450.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7rnj_full_validation.pdf.gz | 454.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7rnj_validation.xml.gz | 17.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7rnj_validation.cif.gz | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/7rnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/7rnj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23776.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) | ||||
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#2: 抗体 | 分子量: 23474.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) | ||||
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1803.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 参照: UniProt: P0DTC2 | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 25% (v/v) PEG Smear Broad |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月3日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.67→46.32 Å / Num. obs: 16691 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 67.14 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.203 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.217 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 133307 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Homology model of S2P6 Fab 解像度: 2.67→45.84 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.64 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 196 Å2 / Biso mean: 87.4783 Å2 / Biso min: 37.49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.67→45.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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