PDB-7rlr: Crystal Structure of K83A Mutant of Class D beta-lactamase from C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rlr

タイトル

Crystal Structure of K83A Mutant of Class D beta-lactamase from Clostridium difficile 630

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / blaD

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridioides difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Rosas-Lemus, M. / Jedrzejczak, R. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of K83A Mutant of Class D beta-lactamase from Clostridium difficile 630
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Rosas-Lemus, M. / Jedrzejczak, R. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2021年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rlr.cif.gz	436.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rlr.ent.gz	358.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rlr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rlr_validation.pdf.gz	474.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rlr_full_validation.pdf.gz	481.8 KB	表示
XML形式データ	7rlr_validation.xml.gz	46.9 KB	表示
CIF形式データ	7rlr_validation.cif.gz	68 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/7rlr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/7rlr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ue2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7rl8-1 7lnr-d 6pqc-d 3sim-2 6edm-d 6wy4-1 4gk8-d 3p3c-d 3sim-1 6wy4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95825

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

117 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.534, 93.621, 138.067
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 29209.986 Da / 分子数: 4 / 変異: K83A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Class D beta-lactamase 由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア) 株: 630 / 遺伝子: CD630_04580 / プラスミド: pMCSG104 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: Q188Q3, beta-lactamase

#1: タンパク質

Beta-lactamase

分子量: 29209.986 Da / 分子数: 4 / 変異: K83A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Class D beta-lactamase
由来: (組換発現)

Clostridioides difficile (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: CD630_04580 / プラスミド: pMCSG104 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: Q188Q3, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 868分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 854 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein: 7.5 mg/ml, 0.01M Tris pH 8.3, 5mM DDT; Screen: PEGSs II (D1), 0.1M Sodium acetate, 0.1M HEPES pH 7.5, 22% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月14日 / 詳細: Be
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→30 Å / Num. obs: 90491 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 26.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.074 / R_sym value: 0.068 / Χ²: 1.008 / Net I/σ(I): 26.7
反射シェル	解像度: 1.88→1.91 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 4507 / CC_1/2: 0.779 / CC star: 0.936 / R_pim(I) all: 0.321 / R_rim(I) all: 0.853 / R_sym value: 0.79 / Χ²: 1.006 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6UE2

6ue2

解像度: 1.88→29.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 5.55 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1978	4441	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1684	-	-	-
obs	0.1699	85969	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 104.67 Å² / B_iso mean: 33.134 Å² / B_iso min: 14.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.44 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.88→29.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8114	0	33	886	9033
B_iso mean	-	-	39.75	36.73	-
残基数	-	-	-	-	1006

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	8460
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	7758
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.261	1.64	11397
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.345	1.59	18149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.698	5	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.764	25.057	437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.754	15	1607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.71	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.055	0.02	9489
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.051	0.02	1696

LS精密化シェル

解像度: 1.881→1.93 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	317	-
R_work	0.228	6132	-
all	-	6449	-
obs	-	-	97.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1981	0.5563	-0.286	2.3877	-0.4039	2.9214	0.0724	0.1574	0.0075	-0.1121	0.0037	-0.1605	-0.1136	0.2635	-0.0761	0.0201	0.012	0.0192	0.1671	-0.0021	0.0582	6.9632	-19.8125	-1.7635
2	1.1902	-0.3402	-0.3681	1.3125	0.242	0.9914	0.0669	0.0243	0.1775	0.0104	-0.024	0.0299	-0.096	-0.1273	-0.0429	0.0353	0.0104	0.0078	0.1244	0.0033	0.0325	-19.5603	-15.2951	0.3725
3	1.1071	0.2562	-0.0576	1.7095	-0.3772	1.3219	0.0646	0.0252	0.0483	-0.0242	-0.0252	-0.0116	-0.0033	-0.0614	-0.0395	0.0272	0.0057	0.0033	0.1207	-0.0047	0.0045	-12.879	-20.679	-2.2417
4	6.4263	0.6707	5.2263	2.3461	0.8784	7.5906	-0.1416	0.2621	0.5904	-0.1002	0.0339	-0.2331	-0.5112	0.2119	0.1077	0.0573	-0.0097	0.0362	0.0276	0.0235	0.1254	-7.9854	-3.0121	-2.9244
5	1.8745	0.5125	-0.1283	3.3421	-1.6294	2.4871	0.0554	0.0382	0.2485	0.0234	-0.0564	-0.0877	-0.1264	0.1278	0.001	0.0104	-0.0003	0.0096	0.0805	-0.0152	0.0482	-2.3142	-15.6479	2.3414
6	1.9614	0.6572	-1.1875	2.8908	-0.8246	2.1596	0.1255	-0.1105	0.1224	0.2542	-0.0281	-0.1103	-0.135	0.1132	-0.0974	0.056	-0.011	-0.0312	0.1154	-0.0298	0.0486	2.1739	-15.7562	8.8945
7	6.989	3.8697	-0.6153	6.5145	-1.0439	2.2946	-0.0238	0.3771	-0.2399	-0.6837	0.1192	-0.1565	0.3222	0.2142	-0.0955	0.1801	0.0792	0.0449	0.1149	-0.0377	0.1477	6.2166	-46.0563	-41.3926
8	0.4376	-0.1435	0.1483	5.6487	1.7906	2.3974	0.0343	-0.0738	-0.2086	0.0592	-0.0184	-0.2621	0.2674	0.1269	-0.0159	0.1081	0.0803	-0.0106	0.1062	0.0133	0.1766	6.1441	-48.6371	-32.5478
9	1.526	-0.487	0.2307	0.9787	-0.1422	1.3649	0.0035	-0.0232	0.0255	0.0287	-0.0067	-0.0113	-0.0244	-0.0367	0.0032	0.048	0.0113	0.0178	0.0499	-0.0087	0.0134	-9.1638	-26.9932	-28.6305
10	1.7255	-0.4352	0.0864	1.7165	0.2525	1.5499	0.0784	0.0816	-0.1822	-0.1509	-0.0695	0.0778	0.11	0.0372	-0.0089	0.0632	0.0295	0.0029	0.0273	-0.0106	0.0301	-5.7206	-35.4399	-33.3329
11	11.2729	7.5961	7.4065	6.857	4.4834	5.3095	0.1386	0.2341	-0.4866	-0.0724	0.0522	-0.4803	0.2179	0.2659	-0.1908	0.0499	0.0574	0.0113	0.0792	-0.017	0.0921	4.2379	-36.7333	-35.7174
12	3.8568	0.1473	1.1937	3.5697	0.3645	2.2012	0.0992	0.5076	-0.1799	-0.6213	-0.0804	-0.3501	0.0537	0.3991	-0.0188	0.161	0.0765	0.0695	0.1444	-0.0142	0.0717	4.7208	-38.6794	-43.004
13	4.6239	1.5755	-0.4717	4.043	-0.5307	2.5698	0.1246	0.0804	0.7835	0.0126	0.0208	0.4149	-0.1734	-0.2877	-0.1453	0.1238	0.1095	0.0747	0.1211	0.1209	0.3905	-46.4531	7.0437	-36.619
14	2.6079	-0.8187	-0.5903	1.5411	0.1952	0.736	0.1249	0.3145	-0.0092	-0.1328	-0.078	0.1113	0.0359	-0.1237	-0.0469	0.0708	0.0295	0.0092	0.1178	0.0219	0.0243	-33.35	-17.3217	-34.4992
15	2.4612	-0.7812	-0.046	1.5697	-0.5923	1.3428	0.1277	0.0298	0.1237	-0.0309	-0.025	0.0906	-0.022	-0.1169	-0.1027	0.0584	0.022	0.0528	0.0712	0.0223	0.0596	-42.8967	-13.4154	-25.1006
16	1.2699	0.6871	-0.5368	2.738	-1.4071	2.0638	0.0844	0.1758	0.3832	-0.0107	0.025	0.0227	-0.1928	0.0956	-0.1094	0.083	0.0327	0.0651	0.0848	0.0619	0.1675	-28.4896	-1.5226	-34.0851
17	3.7173	1.6244	-0.2828	3.196	-0.7293	2.1257	0.0515	0.5112	0.5603	-0.3595	0.0726	0.3178	-0.0562	-0.2731	-0.1241	0.0929	0.0826	0.0326	0.172	0.1447	0.1697	-44.0815	-2.2796	-41.0587
18	2.1323	-1.5328	0.3048	2.6208	-2.6252	12.2501	0.0147	-0.1148	-0.2099	0.0993	0.1983	0.3546	0.1466	0.3804	-0.213	0.0504	0.0047	0.0305	0.0942	0.0436	0.0704	-30.644	15.5328	-49.7552
19	2.9957	-0.3014	0.535	7.4187	-0.1714	3.4854	-0.0608	0.09	0.0884	0.0869	-0.2305	0.3748	0.4951	-0.6274	0.2913	0.1022	-0.1299	0.0902	0.1673	-0.1149	0.166	-15.1846	-66.1606	-8.6891
20	1.8305	0.7995	-0.1328	1.9477	0.9469	1.9966	-0.0562	-0.1454	-0.2174	0.4171	-0.1428	-0.1472	0.131	-0.0992	0.1989	0.1978	-0.038	-0.0235	0.0582	0.023	0.0771	3.3884	-52.3835	4.3875
21	7.7416	-2.9328	-4.163	12.171	-1.1761	3.8274	-0.2678	-0.8307	-0.444	0.6282	-0.091	0.0339	0.2062	0.2756	0.3588	0.4234	-0.0506	-0.0505	0.1917	0.0371	0.0704	4.1092	-60.8549	18.4735
22	1.0261	0.0295	0.476	1.4657	0.5069	2.9296	-0.0464	0.0224	-0.0716	0.2404	-0.2236	0.1337	0.2432	-0.2706	0.27	0.0841	-0.062	0.0527	0.0591	-0.0491	0.0484	-3.2557	-56.1898	-3.061
23	0.6919	0.2225	0.3368	0.5755	-0.2858	4.8896	0.0208	-0.0129	-0.2382	0.1812	-0.2049	0.1077	0.7003	-0.2263	0.1842	0.2626	-0.1177	0.129	0.1407	-0.0843	0.2307	-5.6147	-66.9343	-8.1505
24	5.2634	-0.2582	0.8809	10.3396	4.2502	1.9381	-0.1712	-0.2726	0.4066	0.1888	0.0766	0.0688	0.0556	-0.0357	0.0946	0.0842	-0.0009	0.0094	0.0683	0.018	0.0764	-5.5001	-66.3029	-29.8603

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	40 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	73 - 164
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	165 - 204
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	205 - 222
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	223 - 260
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	261 - 287
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	41 - 60
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	61 - 75
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	76 - 164
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	165 - 234
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	235 - 253
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	254 - 288
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	41 - 73
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	74 - 138
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	139 - 192
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	193 - 227
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	228 - 286
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	287 - 294
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	41 - 71
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	72 - 162
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	163 - 172
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	173 - 239
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	240 - 288
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	289 - 294

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 5種, 868分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-非ポリマー , 5種, 868分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 5種, 868分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)