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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rlm | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Potato Leafroll Virus (PLRV) Coat Protein | |||||||||
要素 | Coat protein | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / PLRV / polerovirus / icosahedral virus / quasi-equivalence / viral assembly / capsid / plant virus | |||||||||
機能・相同性 | Luteovirus group 1 coat protein / Luteovirus coat protein / Viral coat protein subunit / viral capsid / structural molecule activity / BROMIDE ION / Coat protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Potato leafroll virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Adams, M.C. / Chappie, J.S. / Schiltz, C.J. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021 タイトル: Crystal structure of the potato leafroll virus coat protein and implications for viral assembly. 著者: Adams, M.C. / Schiltz, C.J. / Heck, M.L. / Chappie, J.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rlm.cif.gz | 204.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rlm.ent.gz | 148.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rlm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7rlm_validation.pdf.gz | 447.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7rlm_full_validation.pdf.gz | 453.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7rlm_validation.xml.gz | 38.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7rlm_validation.cif.gz | 55.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/7rlm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/7rlm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6scoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15569.415 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 68-208 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Potato leafroll virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76QV9 #2: 化合物 | ChemComp-BR / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.93 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.7, 26% PEG3350, 0.1 M sodium bromide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.504→72.86 Å / Num. obs: 177750 / % possible obs: 89.13 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 20.79 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.504→1.558 Å / Num. unique obs: 6323 / CC1/2: 0.315 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 6SCO 解像度: 1.8→72.86 Å / SU ML: 0.2036 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.15 / 位相誤差: 22.5047 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.88 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→72.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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