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- PDB-7rle: Crystal structure of PPAR gamma in complex with CREB-binding prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rle
タイトルCrystal structure of PPAR gamma in complex with CREB-binding protein and agonist GW1929
要素
  • CREB-binding protein
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Nuclear Receptor / Transcription Factor
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / Phosphorylation of CLOCK, acetylation of BMAL1 (ARNTL) at target gene promoters / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / The CRY:PER:kinase complex represses transactivation by the BMAL:CLOCK (ARNTL:CLOCK) complex / histone H3K18 acetyltransferase activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production ...peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / Phosphorylation of CLOCK, acetylation of BMAL1 (ARNTL) at target gene promoters / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / The CRY:PER:kinase complex represses transactivation by the BMAL:CLOCK (ARNTL:CLOCK) complex / histone H3K18 acetyltransferase activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / regulation of smoothened signaling pathway / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / MRF binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / RUNX3 regulates NOTCH signaling / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / prostaglandin receptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / Regulation of NFE2L2 gene expression / MECP2 regulates transcription factors / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Nuclear events mediated by NFE2L2 / beige fat cell differentiation / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / Phosphorylated BMAL1:CLOCK (ARNTL:CLOCK) activates expression of core clock genes / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / positive regulation of cholesterol transport / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / TRAF6 mediated IRF7 activation / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / arachidonate binding / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / positive regulation of adiponectin secretion / embryonic digit morphogenesis / protein acetylation / DNA binding domain binding / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of fatty acid metabolic process / positive regulation of lipid metabolic process / STAT family protein binding / Notch-HLH transcription pathway / WW domain binding / Formation of paraxial mesoderm / acetyltransferase activity / histone acetyltransferase activity / response to lipid / FOXO-mediated transcription of cell death genes / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / LBD domain binding / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of lipoprotein transport / Zygotic genome activation (ZGA) / negative regulation of SMAD protein signal transduction / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / lipid homeostasis / E-box binding / homeostatic process / alpha-actinin binding / R-SMAD binding / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / white fat cell differentiation / histone acetyltransferase complex / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of BMP signaling pathway / monocyte differentiation / cell fate commitment / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / Attenuation phase / BMP signaling pathway / cAMP/PKA signal transduction / long-chain fatty acid transport / negative regulation of mitochondrial fission / protein-lysine-acetyltransferase activity / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of fat cell differentiation / nuclear retinoid X receptor binding / fat cell differentiation / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / histone acetyltransferase / retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / regulation of cellular response to heat / intracellular receptor signaling pathway / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / NPAS4 regulates expression of target genes / negative regulation of MAPK cascade / cell maturation / peptide binding
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain ...Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc finger, ZZ type / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, interlocking / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EDK / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / CREB-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Nemetchek, M.D. / Sprang, S.R. / Hughes, T.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM103546 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R00DK103116 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: A structural mechanism of nuclear receptor biased agonism.
著者: Nemetchek, M.D. / Chrisman, I.M. / Rayl, M.L. / Voss, A.H. / Hughes, T.S.
履歴
登録2021年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: CREB-binding protein
C: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
D: CREB-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8566
ポリマ－67,8654
非ポリマー9912
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area25660 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)59.890, 99.422, 109.179
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 31506.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231
#2: タンパク質・ペプチド CREB-binding protein / Histone lysine acetyltransferase CREBBP / Protein-lysine acetyltransferase CREBBP


分子量: 2425.699 Da / 分子数: 2 / Fragment: Residues 57-80 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q92793, histone acetyltransferase, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#3: 化合物 ChemComp-EDK / (2~{S})-3-[4-[2-[methyl(pyridin-2-yl)amino]ethoxy]phenyl]-2-[[2-(phenylcarbonyl)phenyl]amino]propanoic acid


分子量: 495.569 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H29N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 % / 解説: 100um x 50um pentagonal prisms
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.71 Å / Num. obs: 22792 / % possible obs: 98.19 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 57.55 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1343 / Rpim(I) all: 0.04009 / Rrim(I) all: 0.1404 / Net I/σ(I): 13.49
反射 シェル解像度: 2.5→2.589 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.5342 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique obs: 2104 / CC1/2: 0.737 / CC star: 0.921 / Rpim(I) all: 0.2083 / Rrim(I) all: 0.5765 / % possible all: 93.02

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6D94

6d94


解像度: 2.5→49.71 Å / SU ML: 0.3388 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 29.0831
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2749 1594 6.99 %
Rwork0.2323 21198 -
obs0.2353 22792 98.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4451 0 74 23 4548
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00794602
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20816190
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0673708
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0098783
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.96471739
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.580.31231330.2811771X-RAY DIFFRACTION92.74
2.58-2.670.33721390.28061852X-RAY DIFFRACTION96.56
2.67-2.780.35531430.27631893X-RAY DIFFRACTION97.98
2.78-2.910.36511450.26971935X-RAY DIFFRACTION99.62
2.91-3.060.31731470.28171943X-RAY DIFFRACTION99.76
3.06-3.250.31731430.27631911X-RAY DIFFRACTION98.89
3.25-3.50.31521440.26371907X-RAY DIFFRACTION97.62
3.5-3.850.28121460.23411954X-RAY DIFFRACTION99.67
3.85-4.410.27751480.20271958X-RAY DIFFRACTION99.06
4.41-5.560.21861510.21332004X-RAY DIFFRACTION99.68
5.56-49.710.24241550.2082070X-RAY DIFFRACTION98.63
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -25.682983496 Å / Origin y: 15.0090468547 Å / Origin z: -29.2334192563 Å
111213212223313233
T0.344242158084 Å2-0.0310357471526 Å20.0962608541502 Å2-0.322364594156 Å2-0.0512055383416 Å2--0.478917886588 Å2
L2.45497950736 °2-0.636290436233 °20.710081463161 °2-1.80378864937 °2-1.09384974053 °2--2.86270757583 °2
S-0.104438702385 Å °0.0075113841636 Å °0.272312597122 Å °-0.0819808407579 Å °0.00263898070697 Å °-0.31551325354 Å °-0.0805439894097 Å °0.36213758843 Å °0.097690781328 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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