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- PDB-7rks: Structure of the SARS-CoV receptor binding domain in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rks
タイトルStructure of the SARS-CoV receptor binding domain in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, C118
要素
  • C118 Antibody Fab Heavy Chain
  • C118 Antibody Fab Light Chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Antibody / Surface protein / Fab / coronavirus / fusion protein / binding domain / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / endocytosis involved in viral entry into host cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / endocytosis involved in viral entry into host cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Jette, C.A. / Bjorkman, P.J. / Barnes, C.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01-AI138938-S1 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Broad cross-reactivity across sarbecoviruses exhibited by a subset of COVID-19 donor-derived neutralizing antibodies.
著者: Claudia A Jette / Alexander A Cohen / Priyanthi N P Gnanapragasam / Frauke Muecksch / Yu E Lee / Kathryn E Huey-Tubman / Fabian Schmidt / Theodora Hatziioannou / Paul D Bieniasz / Michel C ...著者: Claudia A Jette / Alexander A Cohen / Priyanthi N P Gnanapragasam / Frauke Muecksch / Yu E Lee / Kathryn E Huey-Tubman / Fabian Schmidt / Theodora Hatziioannou / Paul D Bieniasz / Michel C Nussenzweig / Anthony P West / Jennifer R Keeffe / Pamela J Bjorkman / Christopher O Barnes /
要旨: Many anti-severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (anti-SARS-CoV-2) neutralizing antibodies target the angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) binding site on viral spike receptor-binding ...Many anti-severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (anti-SARS-CoV-2) neutralizing antibodies target the angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) binding site on viral spike receptor-binding domains (RBDs). Potent antibodies recognize exposed variable epitopes, often rendering them ineffective against other sarbecoviruses and SARS-CoV-2 variants. Class 4 anti-RBD antibodies against a less-exposed, but more-conserved, cryptic epitope could recognize newly emergent zoonotic sarbecoviruses and variants, but they usually show only weak neutralization potencies. Here, we characterize two class 4 anti-RBD antibodies derived from coronavirus disease 2019 (COVID-19) donors that exhibit breadth and potent neutralization of zoonotic coronaviruses and SARS-CoV-2 variants. C118-RBD and C022-RBD structures reveal orientations that extend from the cryptic epitope to occlude ACE2 binding and CDRH3-RBD main-chain H-bond interactions that extend an RBD β sheet, thus reducing sensitivity to RBD side-chain changes. A C118-spike trimer structure reveals rotated RBDs that allow access to the cryptic epitope and the potential for intra-spike crosslinking to increase avidity. These studies facilitate vaccine design and illustrate potential advantages of class 4 RBD-binding antibody therapeutics.
履歴
登録2021年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32021年12月29日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: C118 Antibody Fab Heavy Chain
I: C118 Antibody Fab Heavy Chain
L: C118 Antibody Fab Light Chain
M: C118 Antibody Fab Light Chain
R: Spike protein S1
S: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,5878
ポリマ－141,5926
非ポリマー9952
水00
1
H: C118 Antibody Fab Heavy Chain
L: C118 Antibody Fab Light Chain
R: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2204
ポリマ－70,7963
非ポリマー4241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: C118 Antibody Fab Heavy Chain
M: C118 Antibody Fab Light Chain
S: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3664
ポリマ－70,7963
非ポリマー5711
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.923, 89.993, 93.865
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.334, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "H"
d_2ens_1(chain "I" and (resid 1 through 126 or resid 135 through 214))
d_1ens_2chain "L"
d_2ens_2(chain "M" and ((resid 1 and (name N or name...
d_1ens_3(chain "R" and (resid 321 through 502 or resid 600))
d_2ens_3(chain "S" and (resid 321 through 502 or resid 538))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLNLYSA1 - 220
d_21ens_1GLNPROB1 - 140
d_22ens_1THRLYSB142 - 221
d_11ens_2GLNTHRC1 - 214
d_21ens_2GLNTHRD1 - 214
d_11ens_3ASNGLUE1 - 182
d_21ens_3ASNGLUH1 - 182

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99912321205, 0.039441154924, -0.0140428786682), (0.0386445963901, 0.997842422254, 0.0530763178854), (0.0161059713422, 0.0524870998311, -0.998491713555)71.454837768, -0.422184497905, -32.0201056644
2given(-0.99933278559, 0.0298245319911, 0.0210827165539), (0.0308546252566, 0.998254813553, 0.0503519544669), (-0.0195441998059, 0.050968858236, -0.998508988314)71.5397504514, 0.263484924633, -30.4190710453
3given(-0.997020849819, 0.0771263166684, 0.00097790806622), (0.0771016769865, 0.996900599928, -0.0156373037544), (-0.00218092477909, -0.0155153195263, -0.99987725168)70.5973578272, -0.567025533467, -30.8106529604

-
要素

#1: 抗体 C118 Antibody Fab Heavy Chain


分子量: 25700.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 C118 Antibody Fab Light Chain


分子量: 22736.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 22359.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P59594
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.67 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M sodium fluoride, 20% PEG 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→46.61 Å / Num. obs: 72486 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 59.53 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.0622 / Rpim(I) all: 0.0396 / Net I/σ(I): 13.14
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / Num. unique obs: 3085 / CC1/2: 0.918 / Rpim(I) all: 0.28 / % possible all: 79.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
Coot0.8.9.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7K8M

7k8m


解像度: 2.7→46.61 Å / SU ML: 0.4387 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.905
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2467 3606 4.97 %
Rwork0.1946 68880 -
obs0.1972 72486 94.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9516 0 66 0 9582
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00959839
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16613413
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06041486
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00971712
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.16883484
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.08941338455
ens_2d_2MX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.52371244827
ens_3d_2SX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.811934711001
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.740.48371010.40972007X-RAY DIFFRACTION70.79
2.74-2.770.37581120.37392269X-RAY DIFFRACTION81.15
2.77-2.810.42221310.34962387X-RAY DIFFRACTION85.53
2.81-2.860.40571420.31782596X-RAY DIFFRACTION94.19
2.86-2.90.41371470.28952771X-RAY DIFFRACTION98.02
2.9-2.950.33421520.27252715X-RAY DIFFRACTION97.98
2.95-30.2951410.26562747X-RAY DIFFRACTION97.44
3-3.050.3261310.24312693X-RAY DIFFRACTION97.41
3.05-3.110.29791550.25112768X-RAY DIFFRACTION97.05
3.11-3.180.32461410.23532661X-RAY DIFFRACTION97.02
3.18-3.240.28021440.23972738X-RAY DIFFRACTION96.42
3.24-3.320.27371390.23432639X-RAY DIFFRACTION94.33
3.32-3.40.31071380.2622697X-RAY DIFFRACTION96.13
3.4-3.50.2751440.2182698X-RAY DIFFRACTION97.6
3.5-3.60.27411480.22122751X-RAY DIFFRACTION97.87
3.6-3.710.36571320.20182742X-RAY DIFFRACTION97.49
3.71-3.850.24811390.20622667X-RAY DIFFRACTION97.03
3.85-40.24631340.18482727X-RAY DIFFRACTION96.36
4-4.180.20951350.18222619X-RAY DIFFRACTION93.9
4.18-4.40.21541360.15392757X-RAY DIFFRACTION97.64
4.4-4.680.1921440.13682738X-RAY DIFFRACTION97.63
4.68-5.040.17711470.13522688X-RAY DIFFRACTION97.19
5.04-5.550.19091300.15112687X-RAY DIFFRACTION95.3
5.55-6.350.1891480.15842720X-RAY DIFFRACTION97.85
6.35-7.990.19771550.17052710X-RAY DIFFRACTION96.69
7.99-46.610.19431400.14952688X-RAY DIFFRACTION96.06

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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