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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rk0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Thermovibrio ammonificans THI4 | ||||||
![]() | Thiamine thiazole synthase | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / suicide enzyme / thiamin / thiazole | ||||||
機能・相同性 | ![]() sulfide-dependent adenosine diphosphate thiazole synthase / thiazole biosynthetic process / pentosyltransferase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / iron ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, Q. / Bruner, S.D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and function of aerotolerant, multiple-turnover THI4 thiazole synthases. 著者: Joshi, J. / Li, Q. / Garcia-Garcia, J.D. / Leong, B.J. / Hu, Y. / Bruner, S.D. / Hanson, A.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 254.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 167.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28766.074 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: thi4, Theam_0077 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: E8T346, sulfide-dependent adenosine diphosphate thiazole synthase #2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 化合物 | ChemComp-48H / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.33 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 200 mM NaCl, 35% 2-methyl-2,4-pentanediol, 10 mM praseodymium acetate hydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.28→44.84 Å / Num. obs: 47059 / % possible obs: 99.46 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 44.41 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 8.23 |
反射 シェル | 解像度: 2.28→2.36 Å / Num. unique obs: 4604 / CC1/2: 0.125 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4Y4N 解像度: 2.28→44.84 Å / SU ML: 0.429 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 34.7624 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.13 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.28→44.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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