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- PDB-7rk0: Crystal structure of Thermovibrio ammonificans THI4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rk0
タイトルCrystal structure of Thermovibrio ammonificans THI4
要素Thiamine thiazole synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / suicide enzyme / thiamin / thiazole
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfide-dependent adenosine diphosphate thiazole synthase / thiazole biosynthetic process / pentosyltransferase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Thiazole biosynthetic enzyme, prokaryotic / Thiazole biosynthetic enzyme Thi4 family / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-48H / : / Thiamine thiazole synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermovibrio ammonificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Li, Q. / Bruner, S.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0020153 米国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2021
タイトル: Structure and function of aerotolerant, multiple-turnover THI4 thiazole synthases.
著者: Joshi, J. / Li, Q. / Garcia-Garcia, J.D. / Leong, B.J. / Hu, Y. / Bruner, S.D. / Hanson, A.D.
履歴
登録2021年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiamine thiazole synthase
B: Thiamine thiazole synthase
C: Thiamine thiazole synthase
D: Thiamine thiazole synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,68112
ポリマ－115,0644
非ポリマー2,6178
水61334
1
A: Thiamine thiazole synthase
B: Thiamine thiazole synthase
C: Thiamine thiazole synthase
D: Thiamine thiazole synthase
ヘテロ分子

A: Thiamine thiazole synthase
B: Thiamine thiazole synthase
C: Thiamine thiazole synthase
D: Thiamine thiazole synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,36224
ポリマ－230,1298
非ポリマー5,23416
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area45510 Å2
ΔGint-462 kcal/mol
Surface area57600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.889, 89.685, 131.813
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.979, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Thiamine thiazole synthase


分子量: 28766.074 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermovibrio ammonificans (バクテリア)
遺伝子: thi4, Theam_0077 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: E8T346, sulfide-dependent adenosine diphosphate thiazole synthase
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-48H / 2-[(E)-[(4R)-5-[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-4-oxidanyl-3-oxidanylidene-pentan-2-ylidene]amino]ethanoic acid


分子量: 598.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H24N6O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.33 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 200 mM NaCl, 35% 2-methyl-2,4-pentanediol, 10 mM praseodymium acetate hydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→44.84 Å / Num. obs: 47059 / % possible obs: 99.46 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 44.41 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 8.23
反射 シェル解像度: 2.28→2.36 Å / Num. unique obs: 4604 / CC1/2: 0.125

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Y4N

4y4n


解像度: 2.28→44.84 Å / SU ML: 0.429 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 34.7624
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2774 2512 5.34 %
Rwork0.2179 44500 -
obs0.2212 47012 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→44.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7835 0 160 34 8029
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00988130
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.298811020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06261270
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00771385
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.66661134
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.330.39991140.35322358X-RAY DIFFRACTION93.92
2.33-2.380.40521460.33862482X-RAY DIFFRACTION99.96
2.38-2.430.38111420.33642458X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.480.38791670.32532438X-RAY DIFFRACTION99.92
2.48-2.550.37191210.32132460X-RAY DIFFRACTION99.88
2.55-2.610.39431690.30362444X-RAY DIFFRACTION99.85
2.61-2.690.33261390.29652476X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.780.34121460.27032460X-RAY DIFFRACTION99.89
2.78-2.880.32061290.25922508X-RAY DIFFRACTION99.85
2.88-2.990.34141110.23492521X-RAY DIFFRACTION99.7
2.99-3.130.32241170.23282473X-RAY DIFFRACTION99.88
3.13-3.290.33611330.21832467X-RAY DIFFRACTION99.81
3.29-3.50.30011440.21362496X-RAY DIFFRACTION99.74
3.5-3.770.26231510.19032454X-RAY DIFFRACTION99.62
3.77-4.150.20651300.17522501X-RAY DIFFRACTION100
4.15-4.750.21841690.15622461X-RAY DIFFRACTION99.73
4.75-5.980.24961450.19172520X-RAY DIFFRACTION99.96
5.98-44.840.22561390.18922523X-RAY DIFFRACTION98.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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