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- PDB-7rjk: Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7rjk | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with hnRNPK | ||||||||||||
![]() |
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![]() | SIGNALING PROTEIN / Brd3 / hnRNPK / acetyllysine | ||||||||||||
Function / homology | ![]() regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / SUMOylation of RNA binding proteins / podosome / lncRNA binding / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / endodermal cell differentiation / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA ...regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / SUMOylation of RNA binding proteins / podosome / lncRNA binding / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / endodermal cell differentiation / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA processing / protein localization to chromatin / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / HCMV Late Events / molecular condensate scaffold activity / cell projection / lysine-acetylated histone binding / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic stress granule / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / chromatin remodeling / ribonucleoprotein complex / cadherin binding / protein domain specific binding / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Fedorov, E. / Islam, K. / Ghosh, A. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Uncovering the Bromodomain Interactome using Site-Specific Azide-Acetyllysine Photochemistry, Proteomic Profiling and Structural Characterization Authors: Wagner, S. / Fedorov, E. / Sudhamalla, B. / Jnawali, H.N. / Debiec, R. / Ghosh, A. / Islam, K. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 97.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 487.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 489.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 21.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7rjlC ![]() 7rjmC ![]() 7rjnC ![]() 7rjoC ![]() 6qjuS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein / Protein/peptide , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 14586.843 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 24-144 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 1098.317 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 57-66 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
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-Non-polymers , 4 types, 263 molecules ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-GOL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.2 M potassium/sodium tartrate tetrahydrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 31, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→24.83 Å / Num. obs: 28702 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 25.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 20.9 / Num. measured all: 735477 / Scaling rejects: 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 6QJU Resolution: 1.85→24.83 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.65 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 92.18 Å2 / Biso mean: 18.2007 Å2 / Biso min: 5.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→24.83 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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