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万見
- PDB-7rjf: MOPD-1 mutant-L47W -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rjf
タイトルMOPD-1 mutant-L47W
要素[L47W]MOPD-1
キーワードANTITUMOR PROTEIN / Synthetic peptide / disulfide-rich peptide / antitumor peptide / peptide mimetic
機能・相同性MALONATE ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Huawu, Y. / Conan, K.W. / Gordon, J.K. / Brett, M.C. / Yen-Hua, H. / David, J.C.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)CE200100012 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1136021 オーストラリア
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Rational Design of Potent Peptide Inhibitors of the PD-1:PD-L1 Interaction for Cancer Immunotherapy.
著者: Yin, H. / Zhou, X. / Huang, Y.H. / King, G.J. / Collins, B.M. / Gao, Y. / Craik, D.J. / Wang, C.K.
履歴
登録2021年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: [L47W]MOPD-1
B: [L47W]MOPD-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9346
ポリマ－11,5992
非ポリマー3354
水45025
1
A: [L47W]MOPD-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1355
ポリマ－5,8001
非ポリマー3354
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: [L47W]MOPD-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8001
ポリマ－5,8001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.377, 41.377, 127.399
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド [L47W]MOPD-1


分子量: 5799.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.67 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 200 nL 5 mg/mL peptide + 200 nL 0.1 M zinc chloride, 8% v/v Tacsimate, pH 6.0, 16% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→42.47 Å / Num. obs: 10906 / % possible obs: 99.53 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 28.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.55
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 0.231 / Num. unique obs: 1010

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5JG9 (scaffold)

5jg9


解像度: 1.8→39.35 Å / SU ML: 0.2044 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.6433
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2767 1091 10.01 %
Rwork0.2322 9808 -
obs0.2366 10899 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数802 0 16 25 843
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0119826
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1341096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0762102
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d32.632330
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.880.34161280.31031148X-RAY DIFFRACTION95.44
1.88-1.980.29461320.26461181X-RAY DIFFRACTION99.85
1.98-2.10.2371330.25551203X-RAY DIFFRACTION99.78
2.1-2.270.28561340.2561205X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.490.26971360.25631220X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.860.30721360.24631230X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.60.31191400.23671256X-RAY DIFFRACTION100
3.6-39.350.24821520.20381365X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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