PDB-7rj1: Crystal structure of Aro7p chorismate mutase from Candida albican...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rj1

タイトル

Crystal structure of Aro7p chorismate mutase from Candida albicans, complex with L-Trp

要素

Chorismate mutase

キーワード

TRANSFERASE / structural genomics / CSGID / center for structural genomics of infectious diseases / niaid / national institute of allergy and infectious diseases / CHORISMATE PYRUVATE MUTASE / ALLOSTERIC PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophan binding / L-tyrosine binding / tyrosine biosynthetic process / chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / L-phenylalanine biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Tan, K. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Aro7p chorismate mutase from Candida albicans, complex with L-Trp
著者: Stogios, P.J.

履歴

登録	2021年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rj1.cif.gz	511.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rj1.ent.gz	375 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rj1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7rj1_validation.pdf.gz	490.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rj1_full_validation.pdf.gz	503.3 KB	表示
XML形式データ	7rj1_validation.xml.gz	42.8 KB	表示
CIF形式データ	7rj1_validation.cif.gz	60.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/7rj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/7rj1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5csmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7rj1-2 6f2g-d 2f9y-d 5bro-d 1hqv-3 2zn9-2 6a4b-3 6a47-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP98476

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chorismate mutase

B: Chorismate mutase

C: Chorismate mutase

D: Chorismate mutase

ヘテロ分子

126 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chorismate mutase

B: Chorismate mutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Chorismate mutase

ヘテロ分子

D: Chorismate mutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.751, 93.154, 99.709
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.959, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Chorismate mutase 分子量: 31102.691 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母) 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: ARO7, orf19.1170, CAALFM_C111500CA / プラスミド: plasmid / 詳細 (発現宿主): BL21(DE3)-Gold / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): -Gold / 参照: UniProt: Q59TS4, chorismate mutase

#1: タンパク質

Chorismate mutase

分子量: 31102.691 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: ARO7, orf19.1170, CAALFM_C111500CA / プラスミド: plasmid / 詳細 (発現宿主): BL21(DE3)-Gold / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): -Gold / 参照: UniProt: Q59TS4, chorismate mutase

-
非ポリマー , 5種, 495分子

#2: 化合物	ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.88 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M magnesium chloride, 25% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 56277 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 40.41 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / R_merge(I) obs: 0.701 / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / Num. unique obs: 2850 / CC_1/2: 0.882 / R_pim(I) all: 0.451 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5csm

5csm

解像度: 2.16→41.85 Å / SU ML: 0.2914 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.5992
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2406	2008	3.57 %
R_work	0.1838	54227	-
obs	0.1858	56235	97.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.16→41.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8633	0	21	483	9137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0034	8827
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6776	11939
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0462	1338
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	1529
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.3276	3402

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.16-2.22	0.3508	128	0.2721	3446	X-RAY DIFFRACTION	86.5
2.22-2.27	0.3015	149	0.2488	3954	X-RAY DIFFRACTION	99.06
2.27-2.34	0.31	143	0.2365	3889	X-RAY DIFFRACTION	98.92
2.34-2.42	0.2836	153	0.22	3912	X-RAY DIFFRACTION	98.83
2.42-2.5	0.2877	137	0.2118	3905	X-RAY DIFFRACTION	98.25
2.5-2.6	0.265	139	0.201	3845	X-RAY DIFFRACTION	96.42
2.6-2.72	0.2766	148	0.2002	3906	X-RAY DIFFRACTION	98.09
2.72-2.87	0.2771	142	0.2065	3955	X-RAY DIFFRACTION	99.06
2.87-3.05	0.2625	147	0.1995	3922	X-RAY DIFFRACTION	98.86
3.05-3.28	0.2621	145	0.1944	3950	X-RAY DIFFRACTION	99.08
3.28-3.61	0.2438	139	0.1756	3864	X-RAY DIFFRACTION	96.46
3.61-4.13	0.1924	145	0.1474	3936	X-RAY DIFFRACTION	98.36
4.13-5.21	0.1859	144	0.1543	3835	X-RAY DIFFRACTION	95.67
5.21-41.85	0.2435	149	0.1823	3908	X-RAY DIFFRACTION	95.91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.40126494357	0.101398021777	-0.635914417933	0.408837913365	0.72355059891	1.80629366545	0.108667915131	-0.164078777976	-0.0232033800595	0.0438007326908	-0.0854863043646	-0.130934856004	-0.183195292091	0.0297540977511	-0.0383171594901	0.321989645913	0.0461895209307	-0.0342039749206	0.246916889161	-0.030717203765	0.280067055377	19.6839422379	-4.05640201378	8.81231494978
2	2.07261980822	1.52507161675	0.0666750626198	6.29910479377	1.16208134851	0.435434859106	-0.015447792204	0.100428933518	-0.202681143121	-0.303037591258	-0.00716610744622	0.0798876580918	-0.0554430486749	-0.0242565375404	0.0374320108978	0.415294634686	0.0225860512224	0.0351092006938	0.293530334173	-0.0248587078406	0.416509810382	25.1011570206	-9.18601347245	-2.72795489755
3	5.1984627562	5.23932854997	4.85959014974	5.23839974599	4.88003480362	4.54724574548	-0.0850248541322	0.0615745556194	0.3580141045	-0.645504284022	0.124637726997	0.0142918114795	-0.487949178307	-0.0143238165169	-0.00471697107069	0.437223147218	0.0467087698304	0.0693362789159	0.297210983771	0.0271566523325	0.507705311641	12.4053768874	-2.36756529549	-0.254214688395
4	5.49715436119	3.2749351971	1.48746346887	6.58365639843	1.46666616987	1.26160563282	0.0639022152345	-0.0629550860503	0.0627345076953	0.363088898223	0.0639259086379	-0.212147354131	-0.0182405265807	0.0515713587338	-0.100101600232	0.322282900418	0.0310262303658	0.0710434742237	0.21119902095	0.0206587230385	0.239093804271	17.7048075893	-1.40155897265	8.58097742837
5	5.76010805181	1.62688101457	4.01585681269	1.15119950191	1.85759550711	5.79396901061	0.147105355415	-0.489894836159	-0.39665612284	0.143253053029	-0.0235175474637	0.286472140368	-0.0316999028601	-0.700842208964	-0.0785159455014	0.317559856146	0.0202471996361	0.0595706946803	0.297394035763	0.034822438405	0.525320894902	-0.430117278736	-11.1784207513	9.8109363265
6	7.00077601403	-1.06537379413	4.55805383473	3.42239453408	-1.17916107906	3.07718208864	-0.554827076382	-0.797279825115	0.852077437804	0.578158607933	-0.106000245427	0.0554036937574	-0.99530796237	-0.276276579526	0.650293092516	0.56883611811	-0.0541757301946	0.0928407032572	0.527496387739	-0.122044443998	0.57423474745	14.6783974988	3.05280266508	24.3247899567
7	5.43486573582	0.51985660353	1.55357973902	3.59289397921	1.47891320718	5.62137572189	0.184664002019	0.486577448833	-0.484402881951	-0.228844976155	-0.478593113158	0.380283544942	0.601639817954	-0.370396489117	0.233534478236	0.372568523655	0.0368463088103	0.0400981023448	0.279884892513	-0.0513591734045	0.502018587171	2.57992477297	-16.0002331139	-3.42059269163
8	1.6695301564	0.97852139273	-0.0634835829992	2.65991044177	-0.291486185662	2.04477528668	0.0728325321536	-0.134980904453	0.298518235083	0.0500480843204	-0.109453603983	-0.17491308506	-0.245142877932	0.278017332566	0.0168964634686	0.303574214794	-0.0179703226597	-0.00100668020157	0.289810303333	0.00749497072728	0.397453448422	38.9865441484	-0.284354290594	12.5556204379
9	7.31184804476	6.20508811984	0.992180782155	7.985985597	1.63557008629	2.86398767168	0.139996268837	-0.100156166313	-0.34369169502	0.0242041956453	-0.0948977643743	-0.367633115781	0.225318772162	0.199123065088	-0.0167992433832	0.326883515884	0.0693078737024	-0.00903439065449	0.325300015483	0.0392325825674	0.374264831693	41.0550330066	-12.5184434793	17.630411278
10	7.20214955728	7.5194870777	6.24390321775	9.07726320199	6.87745924388	5.55429115846	0.125368905107	-0.12181817121	0.333852656392	0.265775463088	-0.292715742026	0.254278855811	0.0536513806437	0.234822365353	0.211191466404	0.447207294507	-0.0821578773158	0.0236523259014	0.422136139208	0.00432488160092	0.39708714635	38.9729339301	-1.88582151725	18.3988760325
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 56 )	A	A	0 - 56	1 - 57
2	2	chain 'A' and (resid 57 through 102 )	A	A	57 - 102	58 - 103
3	3	chain 'A' and (resid 103 through 122 )	A	A	103 - 122	104 - 123
4	4	chain 'A' and (resid 123 through 169 )	A	A	123 - 169	124 - 170
5	5	chain 'A' and (resid 170 through 209 )	A	A	170 - 209	171 - 210
6	6	chain 'A' and (resid 210 through 238 )	A	A	210 - 238	211 - 237
7	7	chain 'A' and (resid 239 through 301 )	A	A	239 - 301	238 - 266
8	8	chain 'B' and (resid 0 through 105 )	B	B	0 - 105	1 - 106
9	9	chain 'B' and (resid 106 through 134 )	B	B	106 - 134	107 - 135
10	10	chain 'B' and (resid 135 through 169 )	B	B	135 - 169	136 - 170
11	11	chain 'B' and (resid 170 through 211 )	B	B	170 - 211	171 - 212
12	12	chain 'B' and (resid 212 through 238 )	B	B	212 - 238	213 - 237
13	13	chain 'B' and (resid 239 through 301 )	B	B	239 - 301	238 - 266
14	14	chain 'C' and (resid 0 through 56 )	C	C	0 - 56	1 - 57
15	15	chain 'C' and (resid 57 through 102 )	C	C	57 - 102	58 - 103
16	16	chain 'C' and (resid 103 through 122 )	C	C	103 - 122	104 - 123
17	17	chain 'C' and (resid 123 through 169 )	C	C	123 - 169	124 - 170
18	18	chain 'C' and (resid 170 through 209 )	C	C	170 - 209	171 - 210
19	19	chain 'C' and (resid 210 through 238 )	C	C	210 - 238	211 - 235
20	20	chain 'C' and (resid 239 through 301 )	C	C	239 - 301	236 - 264
21	21	chain 'D' and (resid 0 through 238 )	D	D	0 - 238	1 - 233
22	22	chain 'D' and (resid 239 through 301 )	D	D	239 - 301	234 - 262

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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