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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rit | ||||||
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タイトル | Drug-free A. baumannii MsbA | ||||||
![]() | ATP-dependent lipid A-core flippase | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å | ||||||
![]() | Thelot, F. / Liao, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Distinct allosteric mechanisms of first-generation MsbA inhibitors. 著者: François A Thélot / Wenyi Zhang / KangKang Song / Chen Xu / Jing Huang / Maofu Liao / ![]() ![]() 要旨: ATP-binding cassette (ABC) transporters couple adenosine 5′-triphosphate (ATP) hydrolysis to substrate transport across biological membranes. Although many are promising drug targets, their ...ATP-binding cassette (ABC) transporters couple adenosine 5′-triphosphate (ATP) hydrolysis to substrate transport across biological membranes. Although many are promising drug targets, their mechanisms of modulation by small-molecule inhibitors remain largely unknown. Two first-generation inhibitors of the MsbA transporter, tetrahydrobenzothiophene 1 (TBT1) and G247, induce opposite effects on ATP hydrolysis. Using single-particle cryo–electron microscopy and functional assays, we show that TBT1 and G247 bind adjacent yet separate pockets in the MsbA transmembrane domains. Two TBT1 molecules asymmetrically occupy the substrate-binding site, which leads to a collapsed inward-facing conformation with decreased distance between the nucleotide-binding domains (NBDs). By contrast, two G247 molecules symmetrically increase NBD distance in a wide inward-open state of MsbA. The divergent mechanisms of action of these MsbA inhibitors provide important insights into ABC transporter pharmacology. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 165.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 112.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 699.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 701.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 23804MC ![]() 7metC ![]() 7mewC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data #1: motion-corrected micrographs for drug-free A. baumannii MsbA [micrographs - single frame]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67758.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: msbA, AWN74_06935, B9X95_12125, BS098_14620, D3X55_14335, DOL94_12040, IX87_02345, SI89_17920 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0B9X4I2, ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Drug-free A. baumannii MsbA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.13 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 52 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25417 / 対称性のタイプ: POINT |