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- PDB-6o30: Lipid A transporter MsbA from Salmonella typhimurium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o30
タイトルLipid A transporter MsbA from Salmonella typhimurium
要素Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MSBA / LIPID A CO-CRYSTALLIZATION / ABC TRANSPORTERS / STAPHYLOCOCCUS TYPHIMURIUM
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA family profile. / ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA family profile. / ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Lipid A ABC transporter ATP-binding protein/permease MsbA / ATP-dependent lipid A-core flippase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.47 Å
データ登録者Padayatti, P.S. / Zhang, Q. / Wilson, I.A. / Lee, S.C. / Stanfield, R.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM09853 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM118594 米国
引用ジャーナル: Structure / : 2019
タイトル: Structural Insights into the Lipid A Transport Pathway in MsbA.
著者: Padayatti, P.S. / Lee, S.C. / Stanfield, R.L. / Wen, P.C. / Tajkhorshid, E. / Wilson, I.A. / Zhang, Q.
履歴
登録2019年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年3月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
B: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,3312
ポリマ-127,3312
非ポリマー00
00
1
A: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA

A: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,3312
ポリマ-127,3312
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
Buried area10110 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area54220 Å2
手法PISA
2
B: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA

B: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,3312
ポリマ-127,3312
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area10480 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area53960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.257, 153.200, 232.483
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA


分子量: 63665.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: msbA, DD95_15660, EIL76_15590 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0K6RU95, UniProt: P63359*PLUS, ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MSBA PURIFIED IN DETERGENT MICELLES (UDM/FA231) IS MIXED 1: 1 WITH WELL SOLUTION (20 MM TRIS-HCL (PH 7.5) AND 27.5% PEG 300).

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.47→46.8 Å / Num. obs: 15470 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 194 Å2 / CC1/2: 0.95 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.138 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 4.47→4.81 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 1.66 / Num. unique obs: 683 / Rpim(I) all: 1.11 / Rrim(I) all: 2.01 / % possible all: 75.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BL6
解像度: 4.47→46.754 Å / SU ML: 0.89 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 52.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3395 719 4.8 %
Rwork0.3068 --
obs0.3083 14965 80.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.47→46.754 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8894 0 0 0 8894
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039028
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77912202
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1685484
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481452
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081542
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.465-4.80940.44221110.39862190X-RAY DIFFRACTION63
4.8094-5.29280.41211240.37562700X-RAY DIFFRACTION78
5.2928-6.05730.43511370.3962741X-RAY DIFFRACTION78
6.0573-7.62620.39421640.34953223X-RAY DIFFRACTION91
7.6262-46.75640.29851830.27253392X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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