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Yorodumi- PDB-7ri1: Crystal structure of anti-HIV llama VHH antibody J3 in complex wi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ri1 | ||||||
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Title | Crystal structure of anti-HIV llama VHH antibody J3 in complex with HIV-1 C1086 gp120 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Llama / antibody / VHH / HIV-1 / gp120 | ||||||
Function / homology | Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / viral envelope / ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 of HIV-1 clade C Function and homology information | ||||||
Biological species | Human immunodeficiency virus 1 Lama glama (llama) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.55 Å | ||||||
Authors | Zhou, T. / Kwong, P.D. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2022 Title: Structural basis for llama nanobody recognition and neutralization of HIV-1 at the CD4-binding site. Authors: Tongqing Zhou / Lei Chen / Jason Gorman / Shuishu Wang / Young D Kwon / Bob C Lin / Mark K Louder / Reda Rawi / Erik-Stephane D Stancofski / Yongping Yang / Baoshan Zhang / Anna Forsman ...Authors: Tongqing Zhou / Lei Chen / Jason Gorman / Shuishu Wang / Young D Kwon / Bob C Lin / Mark K Louder / Reda Rawi / Erik-Stephane D Stancofski / Yongping Yang / Baoshan Zhang / Anna Forsman Quigley / Laura E McCoy / Lucy Rutten / Theo Verrips / Robin A Weiss / / Nicole A Doria-Rose / Lawrence Shapiro / Peter D Kwong / Abstract: Nanobodies can achieve remarkable neutralization of genetically diverse pathogens, including HIV-1. To gain insight into their recognition, we determined crystal structures of four llama nanobodies ...Nanobodies can achieve remarkable neutralization of genetically diverse pathogens, including HIV-1. To gain insight into their recognition, we determined crystal structures of four llama nanobodies (J3, A12, C8, and D7), all of which targeted the CD4-binding site, in complex with the HIV-1 envelope (Env) gp120 core, and determined a cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of J3 with the Env trimer. Crystal and cryo-EM structures of J3 complexes revealed this nanobody to mimic binding to the prefusion-closed trimer for the primary site of CD4 recognition as well as a secondary quaternary site. In contrast, crystal structures of A12, C8, and D7 with gp120 revealed epitopes that included portions of the gp120 inner domain, inaccessible on the prefusion-closed trimer. Overall, these structures explain the broad and potent neutralization of J3 and limited neutralization of A12, C8, and D7, which utilized binding modes incompatible with the neutralization-targeted prefusion-closed conformation of Env. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ri1.cif.gz | 209.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ri1.ent.gz | 166.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ri1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/7ri1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/7ri1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7lpnC 7r73C 7r74C 7ri2C 3ngbS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42324.707 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus 1 / Plasmid: plasmid / Cell line (production host): HEK 293F / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: R4GRV3 | ||||||
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#2: Antibody | Mass: 14489.186 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lama glama (llama) / Plasmid: plasmid / Cell line (production host): HEK 293F / Production host: Homo sapiens (human) | ||||||
#3: Sugar | ChemComp-NAG / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.45 Å3/Da / Density % sol: 64.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M OF HEPES BUFFER PH 7.5 AND 1 M OF LITHIUM SULFATE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 24, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→50 Å / Num. obs: 31504 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 40.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 1.037 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 209127 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3NGB Resolution: 2.55→46.2 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.51 / Phase error: 21.22 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 128.68 Å2 / Biso mean: 50.7382 Å2 / Biso min: 22.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.55→46.2 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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