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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rh6 | ||||||||||||
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タイトル | Mycobacterial CIII2CIV2 supercomplex, inhibitor free, -Lpqe cyt cc open | ||||||||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / Electron transport chain / CIII2CIV2 supercomplex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / : / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain ...aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / : / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||
![]() | Di Trani, J.M. / Yanofsky, D.J. / Rubinstein, J.L. | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of mycobacterial CIIICIV respiratory supercomplex bound to the tuberculosis drug candidate telacebec (Q203). 著者: David J Yanofsky / Justin M Di Trani / Sylwia Król / Rana Abdelaziz / Stephanie A Bueler / Peter Imming / Peter Brzezinski / John L Rubinstein / ![]() ![]() ![]() 要旨: The imidazopyridine telacebec, also known as Q203, is one of only a few new classes of compounds in more than 50 years with demonstrated antituberculosis activity in humans. Telacebec inhibits the ...The imidazopyridine telacebec, also known as Q203, is one of only a few new classes of compounds in more than 50 years with demonstrated antituberculosis activity in humans. Telacebec inhibits the mycobacterial respiratory supercomplex composed of complexes III and IV (CIIICIV). In mycobacterial electron transport chains, CIIICIV replaces canonical CIII and CIV, transferring electrons from the intermediate carrier menaquinol to the final acceptor, molecular oxygen, while simultaneously transferring protons across the inner membrane to power ATP synthesis. We show that telacebec inhibits the menaquinol:oxygen oxidoreductase activity of purified CIIICIV at concentrations similar to those needed to inhibit electron transfer in mycobacterial membranes and growth in culture. We then used electron cryomicroscopy (cryoEM) to determine structures of CIIICIV both in the presence and absence of telacebec. The structures suggest that telacebec prevents menaquinol oxidation by blocking two different menaquinol binding modes to prevent CIIICIV activity. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 198.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 262.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Cytochrome bc1 complex cytochrome ... , 2種, 4分子 OIEF
#1: タンパク質 | 分子量: 23183.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7FPH1, quinol-cytochrome-c reductase #5: タンパク質 | 分子量: 59110.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7FGS8, quinol-cytochrome-c reductase |
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-Cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 4分子 RLUa
#2: タンパク質 | 分子量: 61733.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: cytochrome-c oxidase #10: タンパク質 | 分子量: 8365.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7FQK8 |
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-タンパク質 , 6種, 11分子 MYJPDGTZVbc
#3: タンパク質 | 分子量: 42210.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7GD61 #6: タンパク質 | 分子量: 11329.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 #7: タンパク質 | 分子量: 21221.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7G2H6, superoxide dismutase #9: タンパク質 | 分子量: 15177.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7FPH7, cytochrome-c oxidase #11: タンパク質 | 分子量: 14808.747 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R1B5 #12: タンパク質 | | 分子量: 16412.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7GFE1 |
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-Cytochrome aa3 subunit ... , 2種, 4分子 SXQK
#4: タンパク質 | 分子量: 22196.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R049 #8: タンパク質 | 分子量: 35201.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7GD63, cytochrome-c oxidase |
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-非ポリマー , 11種, 60分子 ![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/9YF.gif)
![](data/chem/img/MQ9.gif)
![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/HEA.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/9Y0.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/PLM.gif)
![](data/chem/img/9XX.gif)
![](data/chem/img/9YF.gif)
![](data/chem/img/MQ9.gif)
![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/HEA.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/9Y0.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/PLM.gif)
![](data/chem/img/9XX.gif)
#13: 化合物 | ChemComp-HEC / #14: 化合物 | ChemComp-9YF / ( #15: 化合物 | ChemComp-MQ9 / #16: 化合物 | ChemComp-CU / #17: 化合物 | ChemComp-HEA / #18: 化合物 | ChemComp-CDL / #19: 化合物 | #20: 化合物 | ChemComp-9Y0 / ( #21: 化合物 | ChemComp-HEM / #22: 化合物 | #23: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Respiratory Complex CIII2CIV2SOD2 from Mycobacterium smegmatis タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1, #8-#12 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 43.5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 150885 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | 空間: REAL |