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- PDB-7rh2: IRF4 Transcription factor mutant -K59R -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rh2
タイトルIRF4 Transcription factor mutant -K59R
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*G)-3')
  • ICSAT transcription factor
キーワードTRANSCRIPTION / IRF4 / Cancer / Homodimer complex / protein/DNA interaction / Transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-4 production / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of interleukin-2 production / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleus
類似検索 - 分子機能
Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / SMAD-like domain superfamily ...Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / SMAD-like domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / ICSAT transcription factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Williams, S.J. / Sundararaj, S. / Casarotto, M.G.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: The molecular basis for the development of adult T-cell leukemia/lymphoma in patients with an IRF4 K59R mutation.
著者: Sundararaj, S. / Seneviratne, S. / Williams, S.J. / Enders, A. / Casarotto, M.G.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021
タイトル: Structural determinants of the IRF4/DNA homodimeric complex
著者: Sundararaj, S. / Seneviratne, S. / Williams, S.J. / Enders, A. / Casarotto, M.G.
履歴
登録2021年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ICSAT transcription factor
B: ICSAT transcription factor
C: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*G)-3')
G: ICSAT transcription factor
H: ICSAT transcription factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8308
ポリマ－75,8308
非ポリマー00
水23413
1
A: ICSAT transcription factor
B: ICSAT transcription factor
D: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9154
ポリマ－37,9154
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*G)-3')
G: ICSAT transcription factor
H: ICSAT transcription factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9154
ポリマ－37,9154
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.874, 114.874, 154.788
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1(chain "B" and resid 22 through 129)
d_3ens_1(chain "G" and resid 22 through 129)
d_4ens_1(chain "H" and resid 22 through 129)
d_1ens_2chain "C"
d_2ens_2(chain "D" and ((resid 1 and (name O5" or name...
d_1ens_3(chain "E" and resid 2 through 19)
d_2ens_3chain "F"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLYPROA1 - 108
d_21ens_1GLYPROB2 - 109
d_31ens_1GLYPROG2 - 109
d_41ens_1GLYPROH2 - 109
d_11ens_2DCDCC
d_21ens_2DCDCD
d_11ens_3DCDGE
d_21ens_3DCDGF

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.914694951883, 0.312828226006, -0.25587427775), (0.184803635247, -0.886811953901, -0.423570743582), (-0.359417252507, 0.340151524225, -0.868974210876)-17.1293888222, -78.6863499542, -44.7641555081
2given(-0.930817389297, -0.127619917636, 0.342479407272), (-0.00512373920554, 0.9415200807, 0.336917920175), (-0.365448676396, 0.311854283698, -0.877037154663)61.1645517177, 9.43469142215, -44.7877528349
3given(-0.979937343872, -0.197498287239, -0.0267811243849), (0.197078604934, -0.980231085412, 0.0175226330411), (-0.0297123806379, 0.0118930958476, 0.999487733145)27.2970686867, -62.5965716806, 2.7460917285
4given(-0.977626776703, 0.20934153049, -0.0205428597003), (-0.209550728272, -0.977759971077, 0.00859832770426), (-0.0182859988252, 0.0127107266095, 0.999751999086)40.3187862349, -56.6400922293, -0.649998000519
5given(-0.980670783371, -0.194544756257, 0.0209081911129), (0.193944141858, -0.980621162392, -0.0277093072461), (0.0258937150969, -0.0231186868605, 0.999397339318)29.8903709243, -64.6830564494, -1.32819292307

-
要素

#1: タンパク質
ICSAT transcription factor


分子量: 13132.837 Da / 分子数: 4 / 変異: K59R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99419
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*C)-3')


分子量: 5840.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*G)-3')


分子量: 5808.741 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3-9 % PEG 4000, 0.1M Na acetate pH 4.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2021年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→47.36 Å / Num. obs: 42630 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 59.8 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.07493 / Χ2: 0.53 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.47→2.57 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4323 / CC1/2: 0.832 / Rpim(I) all: 0.38 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JM4

7jm4


解像度: 2.47→46.12 Å / SU ML: 0.3629 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.099
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2405 2001 4.7 %
Rwork0.2034 40579 -
obs0.2052 42580 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.47→46.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3668 1528 0 13 5209
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01115483
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28647725
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0596796
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0318737
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.61541216
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.71052610992
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.72278354424
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.898205237038
ens_2d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.36870786032
ens_3d_2EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.3551424805
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.47-2.540.35231370.29522760X-RAY DIFFRACTION96.31
2.54-2.60.33091400.26422878X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.680.30691390.27872872X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.770.37421400.30422853X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.870.34381390.3012893X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.980.35651430.26672860X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.120.2691470.25882904X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.280.26941420.22462872X-RAY DIFFRACTION99.93
3.28-3.490.32041450.22342889X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.760.22291400.20312911X-RAY DIFFRACTION100
3.76-4.130.19391440.19012924X-RAY DIFFRACTION100
4.13-4.730.18751440.17072919X-RAY DIFFRACTION100
4.73-5.960.21791480.16812962X-RAY DIFFRACTION99.97
5.96-46.120.19721530.15973082X-RAY DIFFRACTION99.69
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.01263791058-0.6041481493660.9491589318833.54636020738-1.331365517842.599743160670.02380290249710.18653963172-0.32107697697-0.496985181691-0.265691004179-0.3908399636760.8472755314130.7610450239320.3078009114820.6570361813660.1445606572140.2420678784850.673574470242-0.01975687134020.70371301906556.1262504458-40.168232402-60.3325582524
27.06460636275-0.426714520494-5.097413644166.41855900215-0.3281522515116.74688526877-0.736892589902-0.371622405232-0.3819737376080.2954773131920.1755143411320.00729394462331.34166740069-0.09559324475590.4269911948820.6365600242140.01619862692450.1161709005770.455770850781-0.02559799892030.79661588531343.2598450436-40.4874796461-44.9028201502
35.799750981511.56868544588-1.528340263115.77789145506-1.041360672867.060588678930.02157212002240.079271793906-0.0810106519085-0.0134392647641-0.472311675064-1.290492155430.7552593955421.300219866720.4167053498350.5812322146070.1763803623750.1057041170470.5231404939330.1588068055940.69469129912459.0029625379-42.7041857271-41.4478382605
42.17534479217-0.9228418756111.455384874623.04840734612-0.6883789036214.13460423951-0.1895460203830.2937781775320.0216002945854-0.24135425267-0.180598809152-0.252740373818-0.005213085886170.2646887794650.3190918407530.4290238469910.06660068195210.140328821520.4762868617890.03973934307430.58577305338951.5166988486-31.5751761644-54.6697392119
56.49743301078-3.65692404977-1.643890338062.406576710262.093853445466.713534744350.205205403758-0.008851991112260.306324001463-0.357255416442-0.00793441957175-0.938257859504-0.3167877251160.299934718833-0.2523038337450.471948821053-0.07892673923360.003366539899530.380338472630.0222639599960.5506814372542.1039171244-7.6924637037-31.3993820921
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313.176687123561.26271542484-2.916974466345.380806510410.2844950112143.139455440810.4391819639110.2447576162990.0247332888049-0.606452084183-0.1117569435450.617197124005-0.785077887328-0.777995068547-0.2296036082580.5382880519470.118810463098-0.004766855943550.611687548901-0.006039578686860.694104940245-17.1733021811-22.269373803-60.2466352393
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 22 through 53 )AA22 - 531 - 32
22chain 'A' and (resid 54 through 67 )AA54 - 6733 - 46
33chain 'A' and (resid 68 through 89 )AA68 - 8947 - 68
44chain 'A' and (resid 90 through 129 )AA90 - 12969 - 108
55chain 'B' and (resid 21 through 34 )BB21 - 341 - 14
66chain 'B' and (resid 35 through 53 )BB35 - 5315 - 33
77chain 'B' and (resid 54 through 68 )BB54 - 6834 - 48
88chain 'B' and (resid 69 through 109 )BB69 - 10949 - 89
99chain 'B' and (resid 110 through 129 )BB110 - 12990 - 109
1010chain 'C' and (resid 1 through 10 )CC1 - 10
1111chain 'C' and (resid 11 through 19 )CC11 - 19
1212chain 'D' and (resid 1 through 5 )DD1 - 5
1313chain 'D' and (resid 6 through 19 )DD6 - 19
1414chain 'E' and (resid 1 through 5 )EE1 - 5
1515chain 'E' and (resid 6 through 15 )EE6 - 15
1616chain 'E' and (resid 16 through 19 )EE16 - 19
1717chain 'F' and (resid 2 through 6 )FF2 - 6
1818chain 'F' and (resid 7 through 16 )FF7 - 16
1919chain 'F' and (resid 17 through 19 )FF17 - 19
2020chain 'G' and (resid 21 through 33 )GG21 - 331 - 13
2121chain 'G' and (resid 34 through 48 )GG34 - 4814 - 28
2222chain 'G' and (resid 49 through 53 )GG49 - 5329 - 33
2323chain 'G' and (resid 54 through 68 )GG54 - 6834 - 48
2424chain 'G' and (resid 69 through 103 )GG69 - 10349 - 83
2525chain 'G' and (resid 104 through 129 )GG104 - 12984 - 109
2626chain 'H' and (resid 21 through 34 )HH21 - 341 - 14
2727chain 'H' and (resid 35 through 53 )HH35 - 5315 - 33
2828chain 'H' and (resid 54 through 67 )HH54 - 6734 - 47
2929chain 'H' and (resid 68 through 89 )HH68 - 8948 - 69
3030chain 'H' and (resid 90 through 121 )HH90 - 12170 - 101
3131chain 'H' and (resid 122 through 129 )HH122 - 129102 - 109

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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