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- PDB-7rgr: Lysozyme 056 from Deep neural language modeling -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rgr
タイトルLysozyme 056 from Deep neural language modeling
要素Artificial protein L056
キーワードHYDROLASE / Lysozyme / designed proteins
機能・相同性Lysozyme - #40 / Lysozyme / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Fraser, J.S. / Holton, J.M. / Olmos Jr., J.L. / Greene, E.R.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM123159 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124149 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124169 米国
引用ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2023
タイトル: Large language models generate functional protein sequences across diverse families.
著者: Madani, A. / Krause, B. / Greene, E.R. / Subramanian, S. / Mohr, B.P. / Holton, J.M. / Olmos Jr., J.L. / Xiong, C. / Sun, Z.Z. / Socher, R. / Fraser, J.S. / Naik, N.
履歴
登録2021年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Artificial protein L056
A: Artificial protein L056
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5294
ポリマ－38,2862
非ポリマー2432
水46826
1
B: Artificial protein L056
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3502
ポリマ－19,1431
非ポリマー2071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Artificial protein L056
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1792
ポリマ－19,1431
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.150, 68.100, 95.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1(chain "B" and resid 2 through 167)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALAASNC1 - 166
d_21ens_1ALAASNB1 - 166

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.99007503263, 0.140529839986, 0.00167147725017), (0.140537704996, 0.990055018785, 0.00634139197371), (-0.000763699640964, 0.00651335944198, -0.999978496225) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99007503263, 0.140529839986, 0.00167147725017), (0.140537704996, 0.990055018785, 0.00634139197371), (-0.000763699640964, 0.00651335944198, -0.999978496225)
ベクター: -1.97108344926, 0.122004708997, 47.3327418722)

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要素

#1: タンパク質 Artificial protein L056


分子量: 19143.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1 M CHES 9.5 pH, 30 %w/v PEG 3K

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データ収集

回折平均測定温度: 92.5 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11636 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月25日 / 詳細: Pt/Rh mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11636 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.475→55.43 Å / Num. obs: 14751 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.78 % / Biso Wilson estimate: 59.48 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/av σ(I): 13.72 / Net I/σ(I): 13.72
反射 シェル解像度: 2.475→2.54 Å / 冗長度: 11.97 % / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 1088 / CC1/2: 0.721 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
BUCCANEER1.6.10モデル構築
XDSFeb 5, 2021データ削減
XSCALEFeb 5, 2021データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: trRosetta prediction

解像度: 2.48→55.43 Å / SU ML: 0.4536 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 31.926
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2964 762 5.17 %
Rwork0.2589 13978 -
obs0.2608 14740 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→55.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2664 0 14 26 2704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00392719
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63243664
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0464413
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037461
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.05041019
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.779894696822 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.48-2.670.38011550.34562731X-RAY DIFFRACTION99.76
2.67-2.930.30681570.29492750X-RAY DIFFRACTION99.93
2.93-3.360.36011400.30612770X-RAY DIFFRACTION99.97
3.36-4.230.271600.25162799X-RAY DIFFRACTION99.9
4.23-55.430.28031500.22832928X-RAY DIFFRACTION99.52
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.219675069621 Å / Origin y: 11.8413365775 Å / Origin z: 23.7149049276 Å
111213212223313233
T0.417178132204 Å2-0.00939862924678 Å20.0150175396562 Å2-0.337962173381 Å2-0.0260455280895 Å2--0.498926219856 Å2
L0.619774365714 °2-0.0425927924702 °20.141893545396 °2-0.29918684394 °2-0.301661934929 °2--3.11273420859 °2
S-0.0483622549773 Å °-0.0222451717862 Å °-0.0260005021491 Å °0.0557450328277 Å °0.0143401030695 Å °-0.0121311131018 Å °0.10269741044 Å °0.00408711723389 Å °0.0260360668475 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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