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- PDB-7rge: Crystal structure of phosphoadenylyl-sulfate (PAPS) reductase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rge
タイトルCrystal structure of phosphoadenylyl-sulfate (PAPS) reductase from Candida auris, phosphate complex
要素3'-phosphoadenylylsulfate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / sulfate reduction / PAPS reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) / phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) activity / sulfate assimilation, phosphoadenylyl sulfate reduction by phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) / hydrogen sulfide biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Phosphoadenosine phosphosulphate reductase CysH / Phosphoadenosine phosphosulphate/adenosine 5'-phosphosulphate reductase / Phosphoadenosine phosphosulphate reductase / Phosphoadenosine phosphosulfate reductase family / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 3'-phosphoadenylylsulfate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida auris (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of phosphoadenylyl-sulfate (PAPS) reductase from Candida auris, phosphate complex
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2021年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3'-phosphoadenylylsulfate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8774
ポリマ－27,5981
非ポリマー2793
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area520 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.508, 132.000, 44.617
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-440-

HOH

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要素

#1: タンパク質 3'-phosphoadenylylsulfate reductase / PAPS reductase / thioredoxin dependent / PAdoPS reductase


分子量: 27598.096 Da / 分子数: 1 / 変異: Q80A+E80A+K82A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida auris (菌類) / 遺伝子: CAJCM15448_15210, CJI96_0004094 / プラスミド: pMCSG68SBPTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Gold
参照: UniProt: A0A510P1R8, phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin)
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% w/v PEG3350, 1 mM AMP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→30 Å / Num. obs: 13451 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 57.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 24.78
反射 シェル解像度: 2.38→2.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.863 / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 662 / CC1/2: 0.875 / Rpim(I) all: 0.437

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2OQ2

2oq2


解像度: 2.38→28.26 Å / SU ML: 0.1867 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.5221
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2211 673 5.01 %RANDOM
Rwork0.1859 12768 --
obs0.1877 13441 99.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→28.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1632 0 17 105 1754
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031687
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58232295
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0428259
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048287
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.4866608
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.38-2.560.28041310.24032490X-RAY DIFFRACTION99.7
2.56-2.820.27781330.23712526X-RAY DIFFRACTION99.96
2.82-3.220.25091330.22122529X-RAY DIFFRACTION100
3.23-4.060.24751350.1792560X-RAY DIFFRACTION100
4.06-28.260.18081410.16452663X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.868406606621.47383127130.4420138399296.43734146425-3.083895120427.5430352575-0.4019632956831.36845710798-0.512091444424-1.526265991270.3927260180740.0594875479627-0.630555445015-1.02754207955-0.1179439666691.150027593970.223803361489-0.1191701056391.00487876662-0.1329569421610.65086834216-34.6607743314-10.8196545901-17.841876656
20.815960475223-1.99846174268-0.8466119195796.867670275254.843647561514.420229336850.07100296304480.2447219331890.102954251355-0.751106128099-0.190220889430.118351170823-0.910045150371-0.3472746764240.1065321154750.5930812173390.08803076323460.007317301381790.5252483182820.05265456768680.369162362821-30.948934591-19.0459781935-14.9419635554
31.978258459750.0952522134303-0.01116617514538.709385410152.081525472083.569819575490.16469089874-0.03228763180830.178410781325-0.188044931386-0.245923325083-0.105574735007-0.69273044416-0.02744431837760.05640438513410.4758927478440.0232100098447-0.02035554986160.480870265327-0.003999904504810.333872590236-33.6373040423-15.9280819447-4.7758464066
48.538789493286.071272750542.746871816836.613081452942.734089112425.049132445460.1081002131740.0454276706903-0.0686463571370.18724413522-0.2330804153940.4047660134470.174497464331-0.3131638091160.1251738487870.3209667503060.05120003740020.03395917229410.536791352368-0.0005360068521920.428325593605-46.8683099903-31.2951892251-8.96396942641
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 140 through 155 )140 - 155141 - 151
22chain 'A' and (resid 156 through 207 )156 - 207152 - 203
33chain 'A' and (resid 0 through 91 )0 - 911 - 92
44chain 'A' and (resid 92 through 139 )92 - 13993 - 140

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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