[日本語] English
万見
- PDB-7rew: Crystal Structure of IL-13 in complex with MMAb3 Fab -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rew
タイトルCrystal Structure of IL-13 in complex with MMAb3 Fab
要素
  • IL13
  • anti-cyno interleukin 13 Fab heavy chain
  • anti-cyno interleukin 13 Fab light chain
キーワードCYTOKINE / alpha-helical bundle / protein-Fab complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cytokine receptor binding / immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-13 / Interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13, conserved site / Interleukins -4 and -13 signature. / Interleukins 4 and 13 / Four-helical cytokine-like, core
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Macaca fascicularis (カニクイザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
Model detailsFc
データ登録者Sudom, A. / Min, X.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Development of a potent high-affinity human therapeutic antibody via novel application of recombination signal sequence-based affinity maturation.
著者: Kielczewska, A. / D'Angelo, I. / Amador, M.S. / Wang, T. / Sudom, A. / Min, X. / Rathanaswami, P. / Pigott, C. / Foltz, I.N.
履歴
登録2021年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: anti-cyno interleukin 13 Fab heavy chain
L: anti-cyno interleukin 13 Fab light chain
A: anti-cyno interleukin 13 Fab heavy chain
B: anti-cyno interleukin 13 Fab light chain
G: IL13
I: IL13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,2966
ポリマ－118,2966
非ポリマー00
水2,360131
1
H: anti-cyno interleukin 13 Fab heavy chain
L: anti-cyno interleukin 13 Fab light chain
I: IL13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1483
ポリマ－59,1483
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: anti-cyno interleukin 13 Fab heavy chain
B: anti-cyno interleukin 13 Fab light chain
G: IL13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1483
ポリマ－59,1483
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.790, 74.352, 76.530
Angle α, β, γ (deg.)96.848, 109.890, 112.494
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1

-
要素

#1: 抗体 anti-cyno interleukin 13 Fab heavy chain


分子量: 24108.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): kidney
#2: 抗体 anti-cyno interleukin 13 Fab light chain


分子量: 22737.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): kidney
#3: タンパク質 IL13


分子量: 12302.288 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 22-132 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Macaca fascicularis (カニクイザル)
遺伝子: IL13 / 細胞株 (発現宿主): 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): kidney / 参照: UniProt: Q0PW92
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.83 % / Mosaicity: 0.3 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M LiSO4, 0.1 M Tris HCl pH 8.5, 25% PEG 5,000 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月4日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→68.94 Å / Num. obs: 54189 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 39.04 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 115864 / Scaling rejects: 418
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2.1 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.170.381976045980.8320.3510.5192.890.4
8.93-68.940.04816617850.9760.0430.06511.896.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimless0.6.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CQI

4cqi


解像度: 2.1→35.96 Å / SU ML: 0.3344 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 36.4314 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2909 2617 4.83 %
Rwork0.245 51516 -
obs0.2473 54133 87.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→35.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7581 0 0 131 7712
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00317768
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.679310576
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04381203
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00481334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.0444597
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.140.40671490.3772829X-RAY DIFFRACTION90.74
2.14-2.180.39981600.36432787X-RAY DIFFRACTION90.37
2.18-2.230.39041350.33822730X-RAY DIFFRACTION89.81
2.23-2.280.4231440.34992737X-RAY DIFFRACTION88.95
2.28-2.330.37881490.3232750X-RAY DIFFRACTION88.49
2.33-2.390.38371510.3112667X-RAY DIFFRACTION86.92
2.39-2.450.41661390.29932580X-RAY DIFFRACTION84.49
2.45-2.520.34411320.29032461X-RAY DIFFRACTION80.33
2.52-2.610.37071140.292355X-RAY DIFFRACTION76.16
2.61-2.70.38561310.29352851X-RAY DIFFRACTION92.58
2.7-2.810.39571080.282913X-RAY DIFFRACTION92.7
2.81-2.930.34171360.29152820X-RAY DIFFRACTION91.6
2.93-3.090.37581460.28472780X-RAY DIFFRACTION90.59
3.09-3.280.34131060.26722790X-RAY DIFFRACTION89.22
3.28-3.540.32281350.25142630X-RAY DIFFRACTION85
3.54-3.890.23791630.23332375X-RAY DIFFRACTION78.33
3.89-4.450.24141140.19062961X-RAY DIFFRACTION94.85
4.45-5.610.20321460.17992848X-RAY DIFFRACTION92.61
5.61-35.960.22481590.20112652X-RAY DIFFRACTION86.87

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る