[日本語] English
万見
- PDB-7rec: Structure of Thr354Asn, Glu355Gln, Thr412Asn, Ile414Met, Ile464Hi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rec
タイトルStructure of Thr354Asn, Glu355Gln, Thr412Asn, Ile414Met, Ile464His, and Phe467Met mutant human CaMKII alpha hub bound to 5-HDC
要素Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
キーワードSIGNALING PROTEIN / CaMKII hub / oligomer
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-threonine autophosphorylation / regulation of endocannabinoid signaling pathway / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / regulation of neuron migration / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / regulation of neurotransmitter secretion / dendritic spine development / Trafficking of AMPA receptors / positive regulation of calcium ion transport / negative regulation of hydrolase activity ...peptidyl-threonine autophosphorylation / regulation of endocannabinoid signaling pathway / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / regulation of neuron migration / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / regulation of neurotransmitter secretion / dendritic spine development / Trafficking of AMPA receptors / positive regulation of calcium ion transport / negative regulation of hydrolase activity / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of neuronal synaptic plasticity / Ion transport by P-type ATPases / Long-term potentiation / Regulation of MECP2 expression and activity / HSF1-dependent transactivation / cellular response to interferon-beta / glutamate receptor binding / Ion homeostasis / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / response to ischemia / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / RAF activation / cellular response to type II interferon / G1/S transition of mitotic cell cycle / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / calcium ion transport / endocytic vesicle membrane / Interferon gamma signaling / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / kinase activity / Ca2+ pathway / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / RAF/MAP kinase cascade / peptidyl-serine phosphorylation / dendritic spine / protein autophosphorylation / postsynaptic density / calmodulin binding / neuron projection / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / NTF2-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / NTF2-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
5-hydroxydiclofenac / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者McSpadden, E.D. / Chi, C.C. / Gee, C.L. / Kuriyan, J.
資金援助 米国, デンマーク, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
LundbeckfondenR83-2011-8000, R139-2012-12270, R192-2015-666, R303-2018-3162, and R277-2018-260 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF17OC0028664 and NNF19SA0057841 デンマーク
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: GHB analogs confer neuroprotection through specific interaction with the CaMKII alpha hub domain.
著者: Leurs, U. / Klein, A.B. / McSpadden, E.D. / Griem-Krey, N. / Solbak, S.M.O. / Houlton, J. / Villumsen, I.S. / Vogensen, S.B. / Hamborg, L. / Gauger, S.J. / Palmelund, L.B. / Larsen, A.S.G. / ...著者: Leurs, U. / Klein, A.B. / McSpadden, E.D. / Griem-Krey, N. / Solbak, S.M.O. / Houlton, J. / Villumsen, I.S. / Vogensen, S.B. / Hamborg, L. / Gauger, S.J. / Palmelund, L.B. / Larsen, A.S.G. / Shehata, M.A. / Kelstrup, C.D. / Olsen, J.V. / Bach, A. / Burnie, R.O. / Kerr, D.S. / Gowing, E.K. / Teurlings, S.M.W. / Chi, C.C. / Gee, C.L. / Frolund, B. / Kornum, B.R. / van Woerden, G.M. / Clausen, R.P. / Kuriyan, J. / Clarkson, A.N. / Wellendorph, P.
履歴
登録2021年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
G: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
D: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
B: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
C: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
E: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
F: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,75714
ポリマ－108,8617
非ポリマー1,8967
水1,56787
1
G: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
D: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
B: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
C: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
E: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
F: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
ヘテロ分子

G: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
D: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
B: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
C: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
E: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
F: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,51428
ポリマ－217,72214
非ポリマー3,79214
水25214
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area31260 Å2
ΔGint-258 kcal/mol
Surface area75610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.433, 182.958, 106.466
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha / CaMK-II subunit alpha


分子量: 15551.578 Da / 分子数: 7 / 断片: hub (UNP residues 345-475) / 変異: T354N, E355Q, T412N, I414M, I464H, F467M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAMK2A, CAMKA, KIAA0968 / プラスミド: pSKB2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UQM7
#2: 化合物
ChemComp-7ZV / 5-hydroxydiclofenac / 2-[2-[[2,6-bis(chloranyl)phenyl]amino]-5-oxidanyl-phenyl]ethanoic acid / 5-ヒドロキシジクロフェナク


分子量: 312.148 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H11Cl2NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: 100 nL protein + compound in 25 mM Tris, 150 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 10% v/v glycerol, pH 8.0, 10% DMSO + 100 nL well solution (200 mM potassium acetate, 20% w/v PEG3350, ...詳細: 100 nL protein + compound in 25 mM Tris, 150 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 10% v/v glycerol, pH 8.0, 10% DMSO + 100 nL well solution (200 mM potassium acetate, 20% w/v PEG3350, pH 8.1), equilibrated against 45 uL well solution

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月23日
放射モノクロメーター: S111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→106.47 Å / Num. obs: 50585 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 61.442 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 3.783 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 4349 / CC1/2: 0.292 / Rpim(I) all: 1.066 / Rrim(I) all: 3.933 / Χ2: 1.02 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6OF8

6of8


解像度: 2.2→91.479 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2437 1701 3.36 %
Rwork0.2088 --
obs0.21 50550 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→91.479 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7283 0 121 87 7491
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037621
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55210299
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5124475
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431045
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031349
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.26480.37141300.36424032X-RAY DIFFRACTION100
2.2648-2.33790.32911250.33944030X-RAY DIFFRACTION100
2.3379-2.42140.34411600.32244008X-RAY DIFFRACTION100
2.4214-2.51840.31781370.30614019X-RAY DIFFRACTION100
2.5184-2.6330.30671480.28644025X-RAY DIFFRACTION100
2.633-2.77180.311240.26354082X-RAY DIFFRACTION100
2.7718-2.94550.28151780.25183994X-RAY DIFFRACTION100
2.9455-3.17290.2751350.24234101X-RAY DIFFRACTION100
3.1729-3.49220.22861430.20594057X-RAY DIFFRACTION100
3.4922-3.99760.23761240.19674097X-RAY DIFFRACTION100
3.9976-5.03650.20571330.164143X-RAY DIFFRACTION100
5.0365-91.4790.22161640.19044261X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.51770.326-0.12981.75250.32980.7328-0.23561.41420.9643-1.02220.2444-0.1361-0.04140.9709-0.09520.76310.04580.26270.99190.18370.70431.598319.2769-2.4357
21.0320.35860.17170.18820.08290.25410.35741.3311-0.1064-0.978-0.6484-0.03320.5416-0.0245-0.00670.70480.15190.03761.00060.02360.502619.245610.6795-3.2536
30.463-0.0675-0.4934-0.0557-0.07570.36480.00120.48160.1172-0.23840.1243-0.09190.2255-0.1490.00010.50320.0750.00510.67740.07130.628113.334912.35477.2258
43.44262.56731.88348.49913.63691.78721.29350.82610.6126-2.23580.5937-2.2419-1.45370.08272.07811.02990.1260.10180.67520.5040.041418.398627.0619-0.9965
50.7168-0.21790.78820.2238-0.34150.7084-0.10020.2526-0.0567-0.35650.31-0.3548-0.11611.2174-0.03210.46390.08690.17940.91040.04260.859537.25916.34125.9743
60.63530.7344-0.89410.6481-1.00630.5339-0.39940.3747-0.5749-0.30850.50250.6965-0.07950.01090.00060.543-0.0368-0.07410.58730.12310.603623.546225.48374.4764
70.15850.09510.00560.23690.01260.0191-0.1595-0.27490.77090.3774-0.1189-0.1978-0.3930.30540.00041.08580.0849-0.67611.60.20452.14756.166737.32461.4616
81.16780.93390.9950.68070.37681.0517-0.35050.26590.0414-0.16690.20080.17240.05570.133700.62100.14210.59180.04010.466224.498519.90255.1631
90.3561-0.66810.32090.4017-0.5730.6767-0.18690.01020.0151-0.48290.1713-0.00650.2828-0.0972-0.00780.55830.04930.14210.58360.06990.489624.317113.8644.7543
101.11670.1044-0.14250.7807-0.47390.20550.0719-0.0048-0.28320.26340.0151-0.20750.41370.44120.00010.64450.2196-0.02280.71250.04940.767832.94193.045921.7175
110.1969-0.25650.16561.24880.72291.04920.0931-0.1336-0.05680.48890.2054-0.1057-0.3370.39730.00020.53020.021-0.00640.62750.00740.685435.181121.929524.0291
120.2051-0.4068-0.11631.57820.88620.408-0.2327-0.6991-1.69290.7657-1.428-0.1048-0.1077-1.5042-0.02250.88180.1663-0.16750.84190.0770.721824.056114.400233.7768
130.13240.3090.1690.8260.6420.60380.20460.2473-0.2293-0.0452-0.22480.14820.37150.24510.00010.60860.11780.09270.58210.05120.738228.2674.00513.9065
140.30990.3994-0.17560.28640.1855-0.016-0.0068-0.142-0.06090.4668-0.1963-0.3152-0.33190.617-0.02290.55740.03650.04750.51530.09250.501622.665511.833724.9772
150.85761.39450.65121.590.3671.27760.4533-0.40430.4360.5681-0.2781-0.33590.21630.11770.06670.5402-0.01980.06010.5674-0.02240.577224.91814.832324.9479
160.24750.10950.58540.83730.52521.19450.2616-0.5521-0.07930.57250.1944-0.56230.10030.20850.00090.49370.1342-0.00490.71230.07820.690732.412515.339719.7421
170.9051-0.07390.90970.93950.29471.78050.01470.09870.064-0.83580.16240.1714-0.3687-0.04890.03860.97060.01510.15220.51120.06520.535727.864847.3703-2.8679
180.9197-1.0628-0.9360.98041.03011.12920.09310.60120.1144-0.1153-0.62490.87590.2861-0.1776-0.04371.3312-0.0935-0.2220.68070.10490.814714.219952.2156-3.1092
190.85630.60710.67523.22440.89372.4347-0.23210.1707-0.1866-0.7081-0.04150.1406-0.24430.1064-0.04530.7777-0.17190.04110.55610.0220.570226.463154.09953.7492
201.01060.58741.10430.54510.52550.89180.33610.03660.1722-0.9698-0.04060.268-1.00530.1669-0.0120.9721-0.09520.09490.54820.0670.589831.10847.65020.7551
210.1664-0.20390.01560.2327-0.3540.2478-0.42420.05551.1048-0.21410.2005-0.17640.130.0333-0.00050.77470.340.06381.4347-0.06630.844846.143741.234916.6404
220.11270.523-0.60592.04652.47193.48550.0491-0.22510.12780.37090.3751-0.36560.01831.12480.08790.6249-0.1156-0.07860.8831-0.09330.60535.714952.414425.4498
230.8155-0.7836-0.39151.74350.53410.20380.0884-0.2354-0.32650.6173-0.1331-0.8696-0.09770.73140.01630.68380.02670.11290.7560.00960.762637.728539.118914.8513
240.1544-0.51550.01051.20261.76812.7434-0.26710.0610.24830.14960.1806-0.20940.30450.4186-0.00880.53330.00880.06540.63070.02320.596535.791645.220918.3068
251.2836-0.61640.02740.7494-0.47330.1865-0.2264-1.4926-0.00610.6197-0.27670.07990.76830.0468-0.07410.8171-0.1310.12691.01130.18240.7524-3.127-6.612641.4033
261.0831-0.33950.00710.54510.67740.90710.1055-0.4342-0.0140.287-0.1976-0.19950.1990.4262-00.56440.03370.01580.72110.08140.573211.75022.702435.9063
270.2516-0.24120.0450.1155-0.0202-0.1254-0.3878-0.68110.18650.960.51390.1321-0.11110.1972-0.00030.95120.14260.05291.01770.04130.7151-0.14459.011545.5448
280.49860.4090.29160.32280.24970.65350.0898-0.0323-0.9827-0.07560.01440.93360.347-0.6126-0.00690.7471-0.17870.12460.53390.05170.9912-6.5598-9.116931.3048
292.30530.4692-0.63241.5209-0.15040.54210.3867-0.97140.0763-0.1558-0.3817-0.5539-0.04760.02190.03950.4052-0.10620.05160.7461-0.03150.6022-1.56275.676738.0335
300.79090.0590.7310.24390.44950.81360.2589-0.3699-0.65520.70350.0120.3170.029-0.481-0.00670.6456-0.00810.10840.61350.09970.73014.241-1.691633.8696
311.64160.28351.36810.7441-0.3920.7113-0.1262-0.79950.17070.36460.0346-0.23470.07320.1273-0.06510.6371-0.0534-0.27230.5652-0.06650.657119.708876.104928.8253
320.18120.2460.54780.6680.39910.6513-0.16010.28450.5460.0870.1483-1.0248-0.27490.7794-0.01450.9101-0.1772-0.17490.7349-0.00040.83625.582372.300120.2781
331.1721-1.1394-0.04360.64541.01822.4315-0.2417-0.23610.2646-0.16650.3012-0.1648-0.0070.4923-0.0020.5718-0.0863-0.16110.56190.00060.632321.184970.995824.0947
341.83370.021-1.18911.66091.03883.3287-0.10760.65070.1615-1.2065-0.23260.0749-0.5459-0.4786-0.68330.9141-0.0186-0.34120.62860.07430.53368.324374.62945.8219
350.9672-0.1155-0.51390.11040.12630.20890.78350.97681.4304-0.1421-0.05660.3222-1.1067-0.89890.28740.73480.0264-0.43661.22230.28640.6651-4.293368.5878.1057
360.9976-0.6588-0.95161.55421.54633.1359-0.25290.10870.5487-0.5083-0.18590.3085-0.5462-0.2682-0.29630.74930.0325-0.32890.44830.01870.70623.831975.432714.6144
371.2033-0.1895-1.15550.76751.26442.3151-0.50750.65890.3626-0.6557-0.1668-0.3516-0.4767-0.5327-0.81330.8925-0.0683-0.22050.60360.17110.645310.484974.59089.1057
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'G' and (resid 343 through 362 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'G' and (resid 363 through 377 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'G' and (resid 378 through 400 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'G' and (resid 401 through 415 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'G' and (resid 416 through 425 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'G' and (resid 426 through 438 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and (resid 439 through 443 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'G' and (resid 444 through 458 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'G' and (resid 459 through 474 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 342 through 362 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 363 through 400 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 401 through 414 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 415 through 425 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 426 through 438 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 439 through 458 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 459 through 475 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 343 through 401 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 402 through 415 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 416 through 458 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 459 through 474 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 345 through 362 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 363 through 409 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 410 through 438 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'B' and (resid 439 through 475 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 343 through 363 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 364 through 400 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 401 through 415 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 416 through 425 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 426 through 458 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 459 through 474 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 344 through 401 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 402 through 425 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 426 through 473 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 342 through 400 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 401 through 415 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 416 through 458 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 459 through 475 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る