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Yorodumi- PDB-7rec: Structure of Thr354Asn, Glu355Gln, Thr412Asn, Ile414Met, Ile464Hi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7rec | ||||||||||||
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Title | Structure of Thr354Asn, Glu355Gln, Thr412Asn, Ile414Met, Ile464His, and Phe467Met mutant human CaMKII alpha hub bound to 5-HDC | ||||||||||||
Components | Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha | ||||||||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / CaMKII hub / oligomer | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information peptidyl-threonine autophosphorylation / regulation of endocannabinoid signaling pathway / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / regulation of neuron migration / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / regulation of neurotransmitter secretion / dendritic spine development / Trafficking of AMPA receptors / positive regulation of calcium ion transport / negative regulation of hydrolase activity ...peptidyl-threonine autophosphorylation / regulation of endocannabinoid signaling pathway / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / regulation of neuron migration / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / regulation of neurotransmitter secretion / dendritic spine development / Trafficking of AMPA receptors / positive regulation of calcium ion transport / negative regulation of hydrolase activity / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / calmodulin-dependent protein kinase activity / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / regulation of neuronal synaptic plasticity / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Phase 0 - rapid depolarisation / Long-term potentiation / Ion transport by P-type ATPases / Regulation of MECP2 expression and activity / HSF1-dependent transactivation / glutamate receptor binding / cellular response to interferon-beta / Ion homeostasis / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / response to ischemia / angiotensin-activated signaling pathway / G1/S transition of mitotic cell cycle / RAF activation / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / cellular response to type II interferon / endocytic vesicle membrane / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / calcium ion transport / Interferon gamma signaling / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Ca2+ pathway / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / kinase activity / RAF/MAP kinase cascade / peptidyl-serine phosphorylation / dendritic spine / postsynaptic density / protein autophosphorylation / calmodulin binding / neuron projection / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||||||||
Authors | McSpadden, E.D. / Chi, C.C. / Gee, C.L. / Kuriyan, J. | ||||||||||||
Funding support | United States, Denmark, 3items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2021 Title: GHB analogs confer neuroprotection through specific interaction with the CaMKII alpha hub domain. Authors: Leurs, U. / Klein, A.B. / McSpadden, E.D. / Griem-Krey, N. / Solbak, S.M.O. / Houlton, J. / Villumsen, I.S. / Vogensen, S.B. / Hamborg, L. / Gauger, S.J. / Palmelund, L.B. / Larsen, A.S.G. / ...Authors: Leurs, U. / Klein, A.B. / McSpadden, E.D. / Griem-Krey, N. / Solbak, S.M.O. / Houlton, J. / Villumsen, I.S. / Vogensen, S.B. / Hamborg, L. / Gauger, S.J. / Palmelund, L.B. / Larsen, A.S.G. / Shehata, M.A. / Kelstrup, C.D. / Olsen, J.V. / Bach, A. / Burnie, R.O. / Kerr, D.S. / Gowing, E.K. / Teurlings, S.M.W. / Chi, C.C. / Gee, C.L. / Frolund, B. / Kornum, B.R. / van Woerden, G.M. / Clausen, R.P. / Kuriyan, J. / Clarkson, A.N. / Wellendorph, P. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7rec.cif.gz | 387.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7rec.ent.gz | 321.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7rec.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/7rec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/7rec | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6of8S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15551.578 Da / Num. of mol.: 7 / Fragment: hub (UNP residues 345-475) / Mutation: T354N, E355Q, T412N, I414M, I464H, F467M Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CAMK2A, CAMKA, KIAA0968 / Plasmid: pSKB2 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9UQM7 #2: Chemical | ChemComp-7ZV / #3: Chemical | ChemComp-NA / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.1 Details: 100 nL protein + compound in 25 mM Tris, 150 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 10% v/v glycerol, pH 8.0, 10% DMSO + 100 nL well solution (200 mM potassium acetate, 20% w/v PEG3350, ...Details: 100 nL protein + compound in 25 mM Tris, 150 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 10% v/v glycerol, pH 8.0, 10% DMSO + 100 nL well solution (200 mM potassium acetate, 20% w/v PEG3350, pH 8.1), equilibrated against 45 uL well solution |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.11583 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 23, 2018 |
Radiation | Monochromator: S111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.11583 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→106.47 Å / Num. obs: 50585 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 61.442 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 22.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.27 Å / Redundancy: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 3.783 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 4349 / CC1/2: 0.292 / Rpim(I) all: 1.066 / Rrim(I) all: 3.933 / Χ2: 1.02 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 6OF8 Resolution: 2.2→91.479 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.01 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→91.479 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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