PDB-7re4: Apo Hemophilin from A. baumannii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7re4

タイトル

Apo Hemophilin from A. baumannii

要素

Hemophilin

キーワード

METAL TRANSPORT / Heme Binding / Secreted

機能・相同性

Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Acinetobacter baumannii NIPH 201 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Bateman, T.J. / Shah, M. / Moraes, T.F.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: A Slam-dependent hemophore contributes to heme acquisition in the bacterial pathogen Acinetobacter baumannii.
著者: Bateman, T.J. / Shah, M. / Ho, T.P. / Shin, H.E. / Pan, C. / Harris, G. / Fegan, J.E. / Islam, E.A. / Ahn, S.K. / Hooda, Y. / Gray-Owen, S.D. / Chen, W. / Moraes, T.F.

履歴

登録	2021年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7re4.cif.gz	260.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7re4.ent.gz	209.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7re4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7re4_validation.pdf.gz	439.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7re4_full_validation.pdf.gz	440.6 KB	表示
XML形式データ	7re4_validation.xml.gz	29.5 KB	表示
CIF形式データ	7re4_validation.cif.gz	44.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/7re4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/7re4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7reaC 7redSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7re4-2 4lpf-d 7re4-3 3akc-d 4wrz-d 6kzk-1 4pml-2 4wpk-d 5zqr-d 6sdu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemophilin

C: Hemophilin

E: Hemophilin

75.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hemophilin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Hemophilin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Hemophilin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.110, 145.560, 153.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Hemophilin 分子量: 25128.086 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii NIPH 201 (バクテリア) 遺伝子: F922_02812 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: N9GH75
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM Hepes pH 7, 10% (w/v) PEG 6K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 105 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月19日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→39.87 Å / Num. obs: 65838 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 15 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.93
反射シェル	解像度: 1.87→1.937 Å / Num. unique obs: 6505 / CC_1/2: 0.61

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7RED

7red

解像度: 1.87→39.87 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.209	3289	5 %
R_work	0.172	62537	-
obs	0.1739	65826	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.08 Å² / B_iso mean: 22.8368 Å² / B_iso min: 6.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.87→39.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5011	0	0	497	5508
B_iso mean	-	-	-	30.01	-
残基数	-	-	-	-	722

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
1.87-1.8979	0.3368	140	0.2945	2659
1.8979-1.9276	0.3267	141	0.2684	2709
1.9276-1.9592	0.2637	141	0.2355	2675
1.9592-1.993	0.2653	142	0.2204	2699
1.993-2.0292	0.2719	143	0.2207	2711
2.0292-2.0682	0.2308	140	0.1917	2672
2.0682-2.1104	0.2557	142	0.1925	2693
2.1104-2.1563	0.2106	142	0.1896	2699
2.1563-2.2065	0.2368	141	0.1827	2685
2.2065-2.2617	0.2286	143	0.1823	2706
2.2617-2.3228	0.2007	143	0.1836	2710
2.3228-2.3911	0.2111	142	0.1818	2707
2.3911-2.4683	0.2471	142	0.1812	2697
2.4683-2.5565	0.2147	142	0.177	2702
2.5565-2.6589	0.2257	143	0.1804	2710
2.6589-2.7798	0.235	143	0.1719	2724
2.7798-2.9264	0.2161	143	0.1689	2721
2.9264-3.1096	0.2079	144	0.1662	2732
3.1096-3.3496	0.189	144	0.1605	2733
3.3496-3.6865	0.1856	146	0.1517	2765
3.6865-4.2194	0.2036	144	0.1489	2743
4.2194-5.3141	0.1416	146	0.1216	2781
5.3141-39.87	0.1591	152	0.1584	2904

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2841	-0.1311	-2.1339	3.4744	-1.896	3.1978	-0.0407	-0.0835	-0.1338	0.0257	0.0075	0.0146	0.1302	-0.0658	0.0402	0.1163	0.0205	-0.0251	0.1853	-0.0149	0.0842	13.864	-1.602	28.18
2	1.0167	-0.4102	-0.3623	0.5697	0.1007	0.66	0.0047	0.0161	0.0216	0.0414	-0.0153	0.0121	-0.0031	-0.0419	0.0106	0.1285	-0.011	-0.0052	0.1253	0.0077	0.1066	16.267	0.796	15.466
3	3.282	0.8326	2.0394	5.648	2.2951	4.1481	-0.0935	-0.6301	0.4056	0.6752	0.0446	-0.2113	-0.0773	0.1355	0.0396	0.2992	0.0889	-0.0374	0.4318	-0.0836	0.1745	21.878	7.067	62.95
4	2.2819	-0.6017	0.2751	0.8788	-0.128	0.4909	-0.0447	-0.1917	0.1928	0.1528	0.0231	-0.1279	-0.0194	0.0121	0.0257	0.1457	0.002	-0.0158	0.1626	-0.024	0.1096	19.037	4.678	49.781
5	4.8387	-4.7345	1.4905	8.924	-4.6908	5.4524	0.0485	0.1239	-0.4106	-0.3164	-0.2311	-0.0695	0.7963	0.1972	0.054	0.3231	-0.0072	0.0364	0.1464	0.0001	0.2703	11.524	27.525	0.54
6	2.4826	-0.5314	-0.8734	0.5139	-0.0634	1.7308	-0.0178	-0.0151	-0.028	-0.0066	-0.0169	-0.0515	0.0536	0.0594	0.0362	0.137	0.0105	0.0017	0.0882	0.0322	0.165	8.799	40.713	4.333

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 22:48 )	A	22 - 48
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 49:251 )	A	49 - 251
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND RESID 22:49 )	C	22 - 49
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN C AND RESID 50:251 )	C	50 - 251
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN E AND RESID 22:47 )	E	22 - 47
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN E AND RESID 48:251 )	E	48 - 251

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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