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- PDB-7rdl: Crystal structure of PCDN-22A, an anti-HIV antibody from the PCDN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rdl
タイトルCrystal structure of PCDN-22A, an anti-HIV antibody from the PCDN bnAb lineage
要素
  • PCDN-22A Fab heavy chain
  • PCDN-22A Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Immunoglobulin / Broadly Neutralizing
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Omorodion, O. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI144462 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP119635 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Cysteinylation in Broadly Neutralizing Antibodies to HIV-1.
著者: Omorodion, O. / Wilson, I.A.
履歴
登録2021年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PCDN-22A Fab light chain
B: PCDN-22A Fab heavy chain
C: PCDN-22A Fab light chain
D: PCDN-22A Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,1506
ポリマ－96,9064
非ポリマー2442
水1629
1
A: PCDN-22A Fab light chain
B: PCDN-22A Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5753
ポリマ－48,4532
非ポリマー1221
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: PCDN-22A Fab light chain
D: PCDN-22A Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5753
ポリマ－48,4532
非ポリマー1221
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.079, 105.471, 145.926
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "C"
d_1ens_2(chain "B" and (resid 2 through 25 or resid 28 through 213))
d_2ens_2(chain "D" and (resid 2 through 126 or resid 135 through 205 or resid 208 through 213))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1VALGLUA1 - 215
d_21ens_1VALGLUC1 - 215
d_11ens_2VALTYRB1 - 24
d_12ens_2SERPROB27 - 217
d_21ens_2VALPROD1 - 138
d_22ens_2THRTHRD144 - 214
d_23ens_2ASPPROD217 - 222

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.992467371328, -0.0966249944392, -0.075313526667), (0.0703088954623, 0.0541980942836, -0.99605181883), (0.100325351075, -0.993844141214, -0.0469962435316)132.753543125, 92.0183196283, 75.7772745874
2given(-0.993592181847, -0.0991871240947, -0.054189395512), (0.0568935199669, -0.0246383929212, -0.998076187964), (0.0976611670928, -0.994763722704, 0.0301236192049)133.386449746, 98.2786806743, 72.4645559789

-
要素

#1: 抗体 PCDN-22A Fab light chain


分子量: 23538.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 PCDN-22A Fab heavy chain


分子量: 24914.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.8 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.37
詳細: 0.1 M Tris, 0.2 M magnesium chloride, 8% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 29990 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 72.15 Å2 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.07 / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1464 / CC1/2: 0.51 / Rpim(I) all: 0.7 / Rsym value: 1.59 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-20002.3.10データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BZD

5bzd


解像度: 2.71→45.58 Å / SU ML: 0.417 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.3222
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2582 1502 5.02 %
Rwork0.2299 28417 -
obs0.2314 29919 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 104.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→45.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6645 0 16 9 6670
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00226823
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57849291
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04271045
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00441181
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.75032429
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.41824758265
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.43323045193
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.71-2.790.41731480.39212448X-RAY DIFFRACTION96.4
2.79-2.890.47951250.36732551X-RAY DIFFRACTION99.37
2.89-3.010.35961360.34482568X-RAY DIFFRACTION99.48
3.01-3.150.34181340.30722528X-RAY DIFFRACTION99.14
3.15-3.310.32231320.2742595X-RAY DIFFRACTION99.74
3.31-3.520.32871660.24882569X-RAY DIFFRACTION99.6
3.52-3.790.2651310.25072552X-RAY DIFFRACTION98.97
3.79-4.170.26321360.20262605X-RAY DIFFRACTION99.78
4.17-4.770.21311280.16852613X-RAY DIFFRACTION99.56
4.78-6.010.18951330.19312654X-RAY DIFFRACTION99.15
6.01-45.580.2161330.22152734X-RAY DIFFRACTION97.95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.50961840515-0.383095454520.3331526779733.29175560859-1.595944795855.88420042702-0.0773147406885-0.418756040236-0.4797631820140.06241600199010.0733554563719-0.04917054185370.7396616180431.017344093920.0307374261210.5597981638570.1534101579170.009868148730031.31651654975-0.09996394632520.46053821076356.458170780564.143874671859.2804192052
25.260833001141.38623652039-2.095509451683.9748482951-0.1983811565651.80841180366-0.3029600415970.04915888705110.678621693564-0.1962640996830.603764496198-0.152665965662-0.06389313137980.738268319328-0.3457134014770.6492930574380.197835709859-0.05583783595822.11204795691-0.2492783089740.58708388711782.819679953668.809410607240.1864515798
35.856481223584.71291080031-1.333153076869.60485176351-1.190433351932.4115519119-0.249470300294-0.1512400972910.09013557338890.2205263284380.52646102513-0.239456855612-0.4604475219020.709180977906-0.1736295738640.6776539696570.162849917939-0.03572309631822.02839920931-0.2219789076640.62112886817786.289539300669.548296038839.2682563873
41.95779438549-0.374269515176-0.7659967954653.20165780645-0.3613091525456.45179306463-0.01167981664910.2534813106910.226623583206-0.1724806586250.0350461455893-0.0830916418629-0.544950771612-0.1124289708940.05908604446770.5171748728580.0212883764031-0.08627661886361.25993301673-0.09903596246410.38192058438747.519948458979.489123977346.3717393946
52.95828627376-3.685031718360.7683587566948.25642985241-0.7246781175955.50782456611-0.5051687420060.34678170018-0.844787005747-0.2928279605381.099256023720.7522017313930.754475911650.353268141035-1.099556403250.681574010879-0.167347365349-0.1354476958222.31728684627-0.1510703544270.61695043626576.159229025365.341369165226.0759317288
62.25848240344-0.367434891367-0.7788174132121.22329644283-0.1350248722630.341448466635-0.322151494388-0.387060989898-1.067161669380.9985625338930.6898972541040.71781790476-0.793959522224-0.2418929666690.4581852029861.110790449240.4056534239550.1156194648211.454140664610.2786480011410.13846741869966.466536114340.073732366914.8239689548
72.9878267019-0.0764976327152-0.7233421921534.91392346226-1.954036765964.89759402115-0.6457279225220.277511673218-0.0749647095689-2.294989149750.3983621478331.018157520021.26299452288-0.414367963614-0.2180436725611.339504122680.0156162905908-0.3309855740461.250537010250.07199780433530.64962742335538.948881958562.39601024813.7323891511
86.85602975863-2.179735589970.3283263677416.81527665334-2.064791753048.225003184890.3706305633850.1817445725110.668013594537-0.451308815470.0272416699594-0.362844141703-0.9657559778170.277699108127-0.4648038606671.30484805088-0.09417244788120.1413426184181.098980401460.03010169885860.38024990114975.098500741854.2385608571-2.70974454451
91.34984282134-0.3621279891750.2197135352510.4614409235440.6913506759810.346794942060.66981898386-0.284050270682-0.161318275422-0.865910108224-0.198932215502-0.286843477021-0.607503935490.1790222338970.1481686510941.151795955680.07815069503630.1846865623541.231522917410.09946840670220.21596016419269.213732917755.02644693156.01961144193
101.0008395881-0.168635855826-1.510674764822.62547992154-0.8543015150996.845713408070.577715670244-0.9112394720480.0832575697927-1.24214678895-0.655632630007-0.487260094844-0.4835498122711.870470207010.1533507871791.3066007242-0.1187783176240.01602708067321.766850702560.03558332040750.51363458029250.493193468274.842937154215.8973768432
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -1 through 102 )AA-1 - 1021 - 104
22chain 'A' and (resid 103 through 163 )AA103 - 163105 - 165
33chain 'A' and (resid 164 through 213 )AA164 - 213166 - 215
44chain 'B' and (resid 2 through 119 )BB2 - 1191 - 133
55chain 'B' and (resid 120 through 213 )BB120 - 213134 - 217
66chain 'C' and (resid -1 through 102 )CC-1 - 1021 - 104
77chain 'C' and (resid 103 through 213 )CC103 - 213105 - 215
88chain 'D' and (resid 2 through 87 )DD2 - 871 - 87
99chain 'D' and (resid 88 through 134 )DD88 - 13488 - 143
1010chain 'D' and (resid 135 through 214 )DD135 - 214144 - 223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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