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- PDB-7rcu: Synthetic Max homodimer mimic in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rcu
タイトルSynthetic Max homodimer mimic in complex with DNA
要素
  • (Protein max) x 2
  • DNA (5'-D(*A*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*G*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*A)-3')
キーワードTRANSCRIPTION / synthetic protein / complex / transcription factor mimic / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein dimerization activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETAMIDE / 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / 2-(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl)acetamide / DNA / DNA (> 10) / Protein max
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Speltz, T. / Qiao, Z. / Shangguan, S. / Fanning, S. / Greene, J. / Moellering, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2023
タイトル: Targeting MYC with modular synthetic transcriptional repressors derived from bHLH DNA-binding domains.
著者: Speltz, T.E. / Qiao, Z. / Swenson, C.S. / Shangguan, X. / Coukos, J.S. / Lee, C.W. / Thomas, D.M. / Santana, J. / Fanning, S.W. / Greene, G.L. / Moellering, R.E.
履歴
登録2021年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn
改定 2.02024年4月17日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 3.02024年5月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id
改定 3.12024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein max
S: Protein max
B: Protein max
Q: Protein max
C: DNA (5'-D(*A*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*G*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*A)-3')
E: Protein max
V: Protein max
F: Protein max
R: Protein max
G: DNA (5'-D(*A*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*A*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*A)-3')
I: Protein max
W: Protein max
J: Protein max
T: Protein max
K: DNA (5'-D(*A*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*A)-3')
L: DNA (5'-D(*A*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*A)-3')
M: Protein max
X: Protein max
N: Protein max
U: Protein max
O: DNA (5'-D(*A*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*A)-3')
P: DNA (5'-D(*A*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,42532
ポリマ－89,09724
非ポリマー1,3278
水86548
1
A: Protein max
S: Protein max
B: Protein max
Q: Protein max
C: DNA (5'-D(*A*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*G*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6839
ポリマ－22,0396
非ポリマー6443
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7750 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area10120 Å2
手法PISA
2
E: Protein max
V: Protein max
F: Protein max
R: Protein max
G: DNA (5'-D(*A*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*A*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7249
ポリマ－22,3536
非ポリマー3713
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7830 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area10450 Å2
手法PISA
3
I: Protein max
W: Protein max
J: Protein max
T: Protein max
K: DNA (5'-D(*A*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*A)-3')
L: DNA (5'-D(*A*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5097
ポリマ－22,3536
非ポリマー1561
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7480 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area10390 Å2
手法PISA
4
M: Protein max
X: Protein max
N: Protein max
U: Protein max
O: DNA (5'-D(*A*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*A)-3')
P: DNA (5'-D(*A*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5097
ポリマ－22,3536
非ポリマー1561
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7420 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area10520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)25.666, 46.266, 166.017
Angle α, β, γ (deg.)90.050, 90.050, 90.020
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 16分子 ABEFIJMNSQVRWTXU

#1: タンパク質・ペプチド
Protein max / Myc-associated factor X


分子量: 3460.975 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6V3B1
#2: タンパク質・ペプチド
Protein max / Myc-associated factor X


分子量: 2503.965 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6V3B1

-
DNA鎖 , 2種, 8分子 CGHKLOPD

#3: DNA鎖
DNA (5'-D(*A*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*A)-3')


分子量: 5211.398 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*G*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*A)-3')


分子量: 4898.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 56分子

#5: 化合物
ChemComp-V7J / 2-(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl)acetamide


分子量: 156.139 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-D5M / 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dAMP


分子量: 331.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6P
#7: 化合物 ChemComp-ACM / ACETAMIDE / アセトアミド


分子量: 59.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50 mM Tris pH 7.0, 30% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 50 mM NaCl and 10 mM MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→50 Å / Num. obs: 18936 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.042 / Χ2: 0.875 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.751.80.5149060.6020.5140.7270.75681
2.75-2.81.80.3668810.7280.3660.5170.74784.8
2.8-2.851.80.3149460.7480.3140.4440.76886.9
2.85-2.911.80.2758850.8410.2750.390.78181.9
2.91-2.971.80.238210.8670.230.3250.77385.7
2.97-3.041.80.1618960.9290.1610.2280.75284
3.04-3.121.80.1089240.9790.1080.1530.85881.6
3.12-3.21.80.0788980.9890.0780.1110.91187.6
3.2-3.31.80.0429140.9970.0420.0590.95483.8
3.3-3.41.80.0438930.9970.0430.0611.04891.9
3.4-3.521.80.0349420.9990.0340.0471.0684.7
3.52-3.661.80.0439810.9950.0430.0611.50790.3
3.66-3.831.80.0459500.9940.0450.0631.40593
3.83-4.031.80.02610170.9990.0260.0370.84696.7
4.03-4.291.90.02410560.9950.0240.0340.83395.4
4.29-4.621.90.0229920.9970.0220.0310.73498.6
4.62-5.081.90.0210380.9970.020.0280.69897.7
5.08-5.8120.01910370.9970.0190.0260.63498.4
5.81-7.3220.01810160.9980.0180.0260.69498.3
7.32-501.90.0189430.9970.0180.0260.8987.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1hlo

1hlo


解像度: 2.69→46.27 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 30.09 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2757 1832 9.98 %
Rwork0.2353 16518 -
obs0.2395 18350 86.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 145.26 Å2 / Biso mean: 54.2789 Å2 / Biso min: 15.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.69→46.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3033 2678 74 48 5833
Biso mean--64.31 39.15 -
残基数----500
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.69-2.760.34731090.3098904101360
2.76-2.840.35261020.30371106120873
2.84-2.940.40111430.2991169131282
2.94-3.040.29491320.29931238137085
3.04-3.160.25961410.26911242138383
3.16-3.310.29121260.23331298142485
3.31-3.480.29211350.23111252138788
3.48-3.70.27841400.23741346148689
3.7-3.980.3461510.24091335148695
3.98-4.380.25721680.20331441160996
4.39-5.020.2721590.22511436159598
5.02-6.320.27471550.22871437159298
6.32-46.270.20931710.20951314148591
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7171-0.9337-0.39272.49550.08512.4026-0.3407-0.4272-0.38670.45680.2022-0.1882-0.14490.40410.10930.2146-0.03470.05620.67460.19350.50548.64227.64365.5643
25.6081-0.4715-2.72532.8213-0.08715.268-0.17960.4104-0.692-0.301-0.0687-0.18830.19330.29030.15040.2329-0.09290.27630.4779-0.13230.33182.9497-1.9103-9.3019
32.5093-0.0259-0.50065.97482.43133.9259-0.12560.6943-0.2262-0.96520.04540.0946-0.2069-0.18650.16350.3258-0.08510.08740.301-0.03610.2867-0.31037.4017-13.3105
42.4754-0.9564-1.10113.21353.03634.6322-0.09190.28990.27470.2053-0.13110.4161-0.382-0.5610.25070.52780.1270.11550.38740.15630.5866-6.179619.74920.777
51.34830.66720.0492.09990.76320.8939-0.00320.3459-0.04040.1753-0.06060.2560.2118-0.41490.33850.0626-0.07170.38880.3616-0.00530.5236-6.61482.7652-5.9542
62-6.838222223.2708-4.16932.6489-1.1302-3.973112.0752-1.673-6.87340.69450.73570.11870.11271.0305-0.05920.6642-2.444-5.5999-24.01
75.6533-0.53141.65892.16480.82494.61220.127-0.05880.64590.17220.38940.6357-0.8751-0.2743-0.47870.6388-0.05680.12860.41630.23250.48252.651922.9523.1994
86.29144.428-2.58315.8008-4.04477.3369-0.2628-0.0666-0.4503-0.0361-0.2355-0.13830.3190.37150.34491.17550.06140.46290.70010.2380.683-5.30735.318717.887
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101.53920.03331.15490.0028-0.01782.6710.5153-0.3285-0.42870.9911-0.2058-0.18420.552-0.0565-0.02061.10360.11010.18990.3350.99970.60061.94640.533317.1162
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203.2566-0.2965-2.29773.61261.43163.9970.10880.9748-0.6066-0.5568-0.0903-0.343-0.051-0.96740.00961.6202-0.2552-0.32121.0572-0.30630.7937-16.6946-16.2586-85.6766
212.9315-0.2836-0.46791.57171.17463.18730.2021-0.0604-0.58290.61620.2996-0.4071.02490.135-0.22260.9668-0.1718-0.26630.4871-0.21080.4089-13.2485-10.6853-79.8474
223.97462.2877-0.19965.30151.73956.83550.5247-0.43840.26930.3651-0.2445-0.1931-0.2207-0.1542-0.31741.19120.1451-0.23860.6368-0.24870.6228-7.113511.0126-64.6037
230.61491.00010.77082.77240.67856.2264-0.5275-0.11820.4098-0.20310.1864-0.23040.16670.83390.22360.23730.0761-0.07320.5820.09670.40938.839128.0645-123.2255
243.67181.99181.67212.6971.024.6822-0.0412-0.98660.38830.4779-0.0236-0.15-0.4258-0.05250.16520.43730.1674-0.18390.6022-0.06110.3553.481338.088-107.7225
253.1945-0.2489-0.45727.96592.71364.5077-0.181-0.56220.36081.10240.2950.09040.49230.2686-0.12760.2690.0474-0.07550.3629-0.05170.3266-0.968328.489-104.6415
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272.5948-1.12080.26531.5671-0.25873.314-0.0850.2018-0.1556-0.90980.09310.58950.87020.0823-0.17950.86360.1087-0.20780.32940.17730.30180.126318.4095-126.2028
284.1703-0.2476-2.57223.7157-0.76975.47080.48430.68160.4116-1.1994-0.4792-0.2425-0.76890.28130.34710.9801-0.0627-0.24360.82920.55620.63792.2735.0765-135.9349
292.0558-1.13661.51414.0517-3.58773.77490.3323-0.3632-0.4521-0.247-0.0580.26681.18350.8288-0.30560.85820.1156-0.19190.52390.10950.45662.095812.0306-120.5267
300.29490.697-1.03922.3884-0.95976.6725-0.52890.1061-0.4522-0.28970.31160.3173-0.0908-0.87310.24480.24690.02680.05250.6299-0.08950.4328-19.308330.6679-39.677
316.11171.6166-3.25957.2026-3.77588.1672-0.7785-0.1363-0.77010.53550.2588-0.02280.9423-1.10270.4340.330.01450.11810.42710.05170.4237-14.058120.8898-24.8821
323.2070.423-0.73925.4512-4.56643.9251-0.2417-0.5116-0.52940.88180.08220.0191-0.79030.01350.06620.39550.05970.05010.4126-0.04530.245-9.093129.5937-20.8799
332.45850.94550.24027.8671-2.68616.5243-0.2848-0.32610.1649-0.4499-0.2073-0.3387-0.65960.24250.32890.2303-0.02780.08830.3887-0.06240.4199-4.144537.4706-34.4089
345.18650.72221.62272.96761.75163.96840.11760.08590.6355-0.48580.294-0.3546-1.21820.3961-0.37050.91650.13930.12010.4113-0.13870.3941-13.235646.392-38.2552
353.0776-0.5840.9064.49873.99814.22350.30330.2408-0.2894-0.223-0.1852-0.17030.37080.0448-0.09611.1731-0.14910.25310.5121-0.41620.6402-6.420924.2469-53.1012
362.198-0.5849-1.41784.78860.97423.7041-0.06690.703-0.5572-0.9957-0.32360.3339-0.08-0.82120.50830.5264-0.07960.18470.5533-0.5130.5076-12.002725.6458-49.4566
372.39650.2167-1.25527.3894-0.38022.08220.09880.73180.2649-0.3743-0.2589-0.0624-0.8253-0.4945-0.04780.8226-00.25220.3896-0.00020.4329-8.981443.5296-45.0671
383.84841.48031.9763.29773.70834.34190.3332-0.79050.5007-0.0928-0.05970.0175-0.9526-0.5183-0.20111.15480.17960.15520.8161-0.23750.6416-16.463452.235-30.0944
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 14 through 39 )A14 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 67 )A40 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 49 through 64 )B49 - 64
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 65 through 29 )B65 - 29
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 30 through 41 )B30 - 41
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 67 through 67 )B67
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 100 through 109 )C100 - 109
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 110 through 114 )C110 - 114
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 115 through 115 )C115
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 113 through 117 )D113 - 117
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 118 through 122 )D118 - 122
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 123 through 129 )D123 - 129
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 15 through 39 )E15 - 39
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 40 through 68 )E40 - 68
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 14 through 15 )F14 - 15
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 16 through 41 )F16 - 41
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 67 through 67 )F67
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'G' and (resid 100 through 104 )G100 - 104
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'G' and (resid 105 through 109 )G105 - 109
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'G' and (resid 110 through 116 )G110 - 116
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 113 through 122 )H113 - 122
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 123 through 129 )H123 - 129
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'I' and (resid 15 through 39 )I15 - 39
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'I' and (resid 40 through 68 )I40 - 68
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'J' and (resid 49 through 14 )J49 - 14
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'J' and (resid 15 through 41 )J15 - 41
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'K' and (resid 100 through 114 )K100 - 114
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'L' and (resid 113 through 117 )L113 - 117
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'L' and (resid 118 through 129 )L118 - 129
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'M' and (resid 15 through 39 )M15 - 39
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'M' and (resid 40 through 68 )M40 - 68
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'N' and (resid 49 through 14 )N49 - 14
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'N' and (resid 15 through 41 )N15 - 41
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'O' and (resid 100 through 109 )O100 - 109
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'O' and (resid 110 through 116 )O110 - 116
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'P' and (resid 114 through 118 )P114 - 118
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'P' and (resid 119 through 123 )P119 - 123
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'P' and (resid 124 through 129 )P124 - 129

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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