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- PDB-7rco: Crystal structure of human TGF-beta-2 bound to 4A11.V2 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rco
タイトルCrystal structure of human TGF-beta-2 bound to 4A11.V2 Fab
要素
  • 4A11.V2 Fab Heavy Chain
  • 4A11.V2 Fab Light Chain
  • Transforming growth factor beta-2
キーワードIMMUNE SYSTEM / TGF-beta-2 / Conformational antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of timing of catagen / regulation of apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / substantia propria of cornea development / ascending aorta morphogenesis / positive regulation of activation-induced cell death of T cells / cardioblast differentiation / uterine wall breakdown / positive regulation of timing of catagen / positive regulation of cardioblast differentiation ...regulation of timing of catagen / regulation of apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / substantia propria of cornea development / ascending aorta morphogenesis / positive regulation of activation-induced cell death of T cells / cardioblast differentiation / uterine wall breakdown / positive regulation of timing of catagen / positive regulation of cardioblast differentiation / cardiac right ventricle morphogenesis / regulation of transforming growth factor beta2 production / atrial septum morphogenesis / pharyngeal arch artery morphogenesis / positive regulation of heart contraction / type III transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / activation-induced cell death of T cells / glial cell migration / positive regulation of extracellular matrix disassembly / negative regulation of macrophage cytokine production / secondary palate development / somatic stem cell division / positive regulation of integrin biosynthetic process / atrial septum primum morphogenesis / endocardial cushion fusion / heart valve morphogenesis / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / membranous septum morphogenesis / negative regulation of cartilage development / cardiac epithelial to mesenchymal transition / signaling / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / neuron fate commitment / pericyte cell differentiation / embryonic digestive tract development / transforming growth factor beta receptor binding / eye development / neural retina development / pulmonary valve morphogenesis / type II transforming growth factor beta receptor binding / cranial skeletal system development / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / negative regulation of Ras protein signal transduction / embryo development ending in birth or egg hatching / outflow tract septum morphogenesis / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cell-cell junction organization / collagen fibril organization / embryonic limb morphogenesis / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / atrioventricular valve morphogenesis / face morphogenesis / odontogenesis / endocardial cushion morphogenesis / Molecules associated with elastic fibres / dopamine biosynthetic process / hair follicle morphogenesis / cartilage condensation / ventricular septum morphogenesis / generation of neurons / positive regulation of Notch signaling pathway / uterus development / inner ear development / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / hemopoiesis / positive regulation of cell division / positive regulation of SMAD protein signal transduction / positive regulation of epithelial cell migration / epithelial to mesenchymal transition / blood vessel remodeling / hair follicle development / cardiac muscle cell proliferation / ECM proteoglycans / neuron development / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / heart morphogenesis / salivary gland morphogenesis / positive regulation of cell cycle / extrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / neutrophil chemotaxis / epithelial cell differentiation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / axon guidance / response to progesterone / negative regulation of angiogenesis / platelet alpha granule lumen / cytokine activity / skeletal system development / positive regulation of protein secretion / regulation of actin cytoskeleton organization / neural tube closure / growth factor activity / kidney development / wound healing / negative regulation of cell growth / positive regulation of immune response / positive regulation of miRNA transcription / response to wounding
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-2 proprotein / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain ...Transforming growth factor beta-2 proprotein / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta-2 proprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Yin, J. / Lupardus, P.J. / Sudhamsu, J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Dramatic activation of an antibody by a single amino acid change in framework.
著者: Liang, W.C. / Yin, J. / Lupardus, P. / Zhang, J. / Loyet, K.M. / Sudhamsu, J. / Wu, Y.
履歴
登録2021年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transforming growth factor beta-2
B: Transforming growth factor beta-2
C: 4A11.V2 Fab Light Chain
D: 4A11.V2 Fab Heavy Chain
E: 4A11.V2 Fab Light Chain
F: 4A11.V2 Fab Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,3806
ポリマ－121,3806
非ポリマー00
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.154, 103.479, 196.253
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Transforming growth factor beta-2 / Cetermin / Glioblastoma-derived T-cell suppressor factor / G-TSF / TGF-beta-2


分子量: 12732.597 Da / 分子数: 2 / 断片: mature domain (UNP residues 303-414) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFB2
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P61812
#2: 抗体 4A11.V2 Fab Light Chain


分子量: 23567.932 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 4A11.V2 Fab Heavy Chain


分子量: 24389.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15% PEG4000, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→49.06 Å / Num. obs: 27630 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 78.09 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 111744 / Scaling rejects: 73
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.9-3.084.30.7311890544290.6630.3890.8311.999.7
8.7-49.063.30.033356110740.9980.0210.03929.593.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12-2829_final精密化
Aimless0.5.28データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
AutoProcessデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1TFG

1tfg


解像度: 2.9→45.951 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 1335 4.84 %
Rwork0.2082 26247 -
obs0.2119 27582 98.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.34 Å2 / Biso mean: 77.5052 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→45.951 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8152 0 0 48 8200
Biso mean---64.9 -
残基数----1076
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0138369
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22911398
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591261
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071455
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.0254945
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9-3.00370.34721230.31962630100
3.0037-3.12390.30551140.28852603100
3.1239-3.2660.35871580.26192569100
3.266-3.43820.32571350.25282623100
3.4382-3.65350.36971290.2398263699
3.6535-3.93540.32281260.2208261699
3.9354-4.33120.28231490.193262199
4.3312-4.95730.27321270.1692262298
4.9573-6.24320.2691330.191262597
6.2432-45.9510.2271410.1852270295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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