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- PDB-7rch: Crystal structure of NS1-ED of Vietnam influenza A virus in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rch
タイトルCrystal structure of NS1-ED of Vietnam influenza A virus in complex with the p85-beta-iSH2 domain of human PI3K
要素
  • Non-structural protein 1
  • Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta
キーワードVIRAL PROTEIN / Vietnam influenza A virus / NS1 / PI3K
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / regulation of actin filament polymerization / IRS-mediated signalling / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / regulation of stress fiber assembly / RHOD GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA ...symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / regulation of actin filament polymerization / IRS-mediated signalling / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / regulation of stress fiber assembly / RHOD GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / Nephrin family interactions / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / Signaling by LTK in cancer / Regulation of T cell activation by CD28 family / Signaling by LTK / PI3K/AKT activation / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / Signaling by ALK / RHOB GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / intracellular glucose homeostasis / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / RHOU GTPase cycle / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / CDC42 GTPase cycle / RET signaling / T cell differentiation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K Cascade / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / RAC3 GTPase cycle / Role of phospholipids in phagocytosis / Interleukin receptor SHC signaling / negative regulation of MAPK cascade / regulation of protein localization to plasma membrane / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / GPVI-mediated activation cascade / Tie2 Signaling / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / RAC1 GTPase cycle / phosphotyrosine residue binding / response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of cell adhesion / Interleukin-7 signaling / Downstream signal transduction / B cell differentiation / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / regulation of autophagy / Regulation of signaling by CBL / Signaling by SCF-KIT / receptor tyrosine kinase binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of protein import into nucleus / cellular response to insulin stimulus / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Downstream TCR signaling / protein transport / insulin receptor signaling pathway / PIP3 activates AKT signaling / DAP12 signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / protein phosphatase binding / G alpha (q) signalling events / host cell cytoplasm / Extra-nuclear estrogen signaling / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / immune response / protein heterodimerization activity / focal adhesion / symbiont-mediated suppression of host gene expression / : / host cell nucleus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta, SH3 domain / Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / Rho GTPase-activating protein domain ...Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta, SH3 domain / Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / S15/NS1, RNA-binding
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural protein 1 / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kim, I. / Zhao, B. / Li, P. / Cho, J.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01 GM127723 01A1 米国
Welch FoundationA-2028-20200401 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Energy landscape reshaped by strain-specific mutations underlies epistasis in NS1 evolution of influenza A virus.
著者: Kim, I. / Dubrow, A. / Zuniga, B. / Zhao, B. / Sherer, N. / Bastiray, A. / Li, P. / Cho, J.H.
履歴
登録2021年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 1
C: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta
B: Non-structural protein 1
D: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0254
ポリマ－68,0254
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area28740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.440, 92.840, 67.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 1 / NS1


分子量: 14103.206 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 81-206 / 変異: W182A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Viet Nam/1203/2004(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Viet Nam/1203/2004(H5N1) / 遺伝子: NS1, NS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5A5U1
#2: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta / PI3-kinase regulatory subunit beta / PI3K regulatory subunit beta / PtdIns-3-kinase regulatory ...PI3-kinase regulatory subunit beta / PI3K regulatory subunit beta / PtdIns-3-kinase regulatory subunit beta / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit beta / PI3-kinase subunit p85-beta / PtdIns-3-kinase regulatory subunit p85-beta


分子量: 19909.453 Da / 分子数: 2 / 断片: iSH2 (UNP residues 435-597) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3R2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00459

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.06 %
結晶化温度: 278 K / 手法: small tubes
詳細: 20 mM sodium phosphate, pH 7.0, 80 mM sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→64.82 Å / Num. obs: 13030 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.52 % / Biso Wilson estimate: 74.29 Å2 / CC1/2: 0.975 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / Num. unique obs: 2318 / CC1/2: 0.614

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
MOSFLMデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6OX7

6ox7


解像度: 3.1→50 Å / SU ML: 0.5456 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.3639
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2762 625 4.8 %
Rwork0.2429 12401 -
obs0.2444 13026 97.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 81.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4204 0 0 0 4204
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024258
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.44695716
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0363636
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0029738
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.86531658
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.410.34011820.3153022X-RAY DIFFRACTION97
3.41-3.910.32571570.27743072X-RAY DIFFRACTION97.58
3.91-4.920.26111330.22263138X-RAY DIFFRACTION98.23
4.92-500.23781530.21973169X-RAY DIFFRACTION98.6
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.584689559970.8512530429520.9151570617847.54446156417-0.9485431771017.17996888847-0.173621219325-0.6536729294220.8979167800460.6988568549160.1751320613920.135760722088-0.7093246903160.00488944001290.006934801572190.6304366662250.04401267472280.1219942510870.423973622645-0.04436066510270.49982252143820.811871278333.566322658411.4260579017
29.345330581961.855069527961.770398193112.01396484202-1.185959117153.854407533930.03021431417730.5458552393480.58459667650.0385941490091-0.355037181219-0.2427701972690.1794090320730.5326108348080.2947038795350.5056794061420.1648466649910.07447197294370.3937843670990.05820960243940.50301653841624.034293022327.33342142448.35835663534
33.189965531092.335487123783.414071416115.027070446221.203371324574.29120693722-0.9440044164451.371639290190.738954554036-1.640557274191.67013088769-1.35623111681-1.454931715072.56017627973-0.5555751876340.762022270974-0.2405896568420.042520031150.7216141020010.03503499803350.69771577695527.152484270235.25810956051.81141999805
46.55853837223.244744122991.701221198277.005475525454.363093005763.930853993570.81612509120.4526843886290.1452932347450.4914120142020.240448903759-2.85964247193-0.07829623789121.62808066505-1.095127930210.646450299258-0.07649038677330.08105570227071.06720574819-0.1898571339391.0206276828834.552772943832.855029995410.0443978619
51.11690577764-0.3245489316730.3227329712230.572469294575-1.674523445965.30690382582-0.509454076735-0.2307258671330.0904695960772-0.2796136041240.0193125370412-0.0428507011927-0.8762122082541.17626757822-0.9332538924220.341613086161-0.4368462879840.9520112651812.17524793654-0.4381768774581.1734196059136.297246148637.48434450746.39113512372
63.13263862943-2.39329779983-1.19970694124.072946250480.02312959776922.80919553237-0.251138817748-1.28018473088-0.8513429647280.6949597951350.7712199775840.2232500884540.5155021010550.676977238732-0.3926686292890.9310933304470.2592693026210.0132112991460.968033158604-0.100099567130.65339329424928.25669656310.53581428613323.5957475111
71.998912904530.011827590998-0.01105224166670.0179768373716-0.0135940483892.09290478602-0.409547805291-0.364561985794-0.5928242951660.824122250410.5175350754580.2257360379430.4781052159590.651813237101-0.2116051430680.944616927440.3133010566040.06730518380350.764274460184-0.0165198046170.63244619190826.40071028661.7226794863120.4034203753
84.66267070988-0.3237509550221.510632548387.20679752826-2.878099783972.642630356120.7413086114660.2805137095420.531230977441-0.725577354436-0.779146776361-0.4130589416121.07439124929-0.1515000940770.2918869066910.3992133647750.1423006957720.1467892620150.645018947419-0.0856976767010.51165190730215.65550572697.0533901561-10.5625171515
97.294965797534.51441530787-6.230349957872.90336505175-3.846375528525.48946946381-0.0732498813141-0.01297454793061.92264429973-1.07369977650.575801250521.439031749741.502068842990.812079499582-0.545813932510.558553641268-0.000234364889981-0.2679420864671.04142888223-0.1104611599080.930943360115-4.067772709897.76514223894-11.960626112
105.75354826854-1.237410795772.264930984266.51796747505-0.9127884668457.163255999920.314767778716-0.149738305588-0.8338324897280.14384443166-0.07794260371910.6811792243090.505884181042-0.118493318119-0.1760168122840.414004097640.06798379688810.1747349148470.428621650102-0.04230149019440.5085248271565.996376336833.44074833456-3.32341516225
112.280960711391.6940891099-0.07929844274534.59206274802-2.449495543422.480086933260.5586071442170.154525692211-0.4401766172290.261100801663-0.380873121410.1551009442110.0173782086318-0.3132904144-0.04644710437680.4116574697450.185032053401-0.02137136692760.519821974101-0.01991274866140.5436959380554.998641265638.60798695899-3.86873079712
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144.99524618169-1.81329607418-4.310979311673.782546891952.84812630614.2522687249-1.96315593895-0.0968078715756-2.678495400310.6237648528421.20432141582-0.06193792030523.443222256150.610231805730.6458576766580.959083897938-0.01831768757020.1052084222430.572765299154-0.05612931321890.8575615724415.8783333825-4.62245359624-1.58270379766
156.09280799221-2.74292867843-1.681099129052.334811656891.349911857333.358375822510.3321546490470.423762364865-0.24365240646-0.4671648152370.0779573557779-0.009744897471810.2356617830930.914064815318-0.2285980043290.6916282385950.1685180044410.03563274930040.88747485471-0.1280590962790.67437275205542.63929364195.72128508085-21.0559192512
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 81 through 121 )AA81 - 1211 - 41
22chain 'A' and (resid 122 through 165 )AA122 - 16542 - 85
33chain 'A' and (resid 166 through 183 )AA166 - 18386 - 103
44chain 'A' and (resid 184 through 195 )AA184 - 195104 - 115
55chain 'A' and (resid 196 through 206 )AA196 - 206116 - 126
66chain 'C' and (resid 433 through 492 )CB433 - 4921 - 60
77chain 'C' and (resid 493 through 597 )CB493 - 59761 - 129
88chain 'B' and (resid 81 through 94 )BC81 - 941 - 14
99chain 'B' and (resid 95 through 101 )BC95 - 10115 - 21
1010chain 'B' and (resid 102 through 146 )BC102 - 14622 - 66
1111chain 'B' and (resid 147 through 165 )BC147 - 16567 - 85
1212chain 'B' and (resid 166 through 182 )BC166 - 18286 - 102
1313chain 'B' and (resid 183 through 190 )BC183 - 190103 - 110
1414chain 'B' and (resid 191 through 199 )BC191 - 199111 - 119
1515chain 'D' and (resid 433 through 527 )DD433 - 5271 - 74
1616chain 'D' and (resid 528 through 597 )DD528 - 59775 - 144

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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