[日本語] English
万見
- PDB-7rcb: Crystal Structure of a PMS2 VUS -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rcb
タイトルCrystal Structure of a PMS2 VUS
要素Mismatch repair endonuclease PMS2
キーワードHYDROLASE / Mismatch Repair / Variant of Uncertain Significance / ATPase Domain / DNA Repair Enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


single base insertion or deletion binding / Defective Mismatch Repair Associated With MLH1 / Defective Mismatch Repair Associated With PMS2 / MutLalpha complex / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / ATP-dependent DNA damage sensor activity ...single base insertion or deletion binding / Defective Mismatch Repair Associated With MLH1 / Defective Mismatch Repair Associated With PMS2 / MutLalpha complex / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mismatch repair / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / response to xenobiotic stimulus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
MutL, C-terminal domain, regulatory subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / MutL, C-terminal, dimerisation / MutL, C-terminal domain superfamily / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / DNA mismatch repair protein family, N-terminal / DNA mismatch repair protein, S5 domain 2-like / DNA mismatch repair, conserved site / DNA mismatch repair protein MutL/Mlh/Pms ...MutL, C-terminal domain, regulatory subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / MutL, C-terminal, dimerisation / MutL, C-terminal domain superfamily / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / DNA mismatch repair protein family, N-terminal / DNA mismatch repair protein, S5 domain 2-like / DNA mismatch repair, conserved site / DNA mismatch repair protein MutL/Mlh/Pms / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / DNA mismatch repair proteins mutL / hexB / PMS1 signature. / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Mismatch repair endonuclease PMS2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者D'Arcy, B.M. / Prakash, A.
引用ジャーナル: Mol Genet Genomic Med / 年: 2022
タイトル: PMS2 variant results in loss of ATPase activity without compromising mismatch repair.
著者: D'Arcy, B.M. / Arrington, J. / Weisman, J. / McClellan, S.B. / Yang, Z. / Deivanayagam, C. / Blount, J. / Prakash, A.
履歴
登録2021年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mismatch repair endonuclease PMS2
B: Mismatch repair endonuclease PMS2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,9722
ポリマ－80,9722
非ポリマー00
水7,224401
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.219, 75.262, 134.872
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 33 through 44 or resid 46...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 33 through 44 or resid 46...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LEUGLUA2 - 13
d_12ens_1SERTHRA15 - 53
d_13ens_1ALAASPA58 - 281
d_14ens_1GLUASPA286 - 303
d_21ens_1LEUGLUB1 - 12
d_22ens_1SERTHRB14 - 52
d_23ens_1ALAASPB54 - 295

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.00682959365487, 0.99986708062, -0.0148046527549), (0.999447839435, 0.00634380433234, -0.0326155238337), (-0.0325172707782, -0.0150192289841, -0.999358319054) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.00682959365487, 0.99986708062, -0.0148046527549), (0.999447839435, 0.00634380433234, -0.0326155238337), (-0.0325172707782, -0.0150192289841, -0.999358319054)
ベクター: -16.1617809975, 17.6195503895, -100.853549334)

-
要素

#1: タンパク質 Mismatch repair endonuclease PMS2 / DNA mismatch repair protein PMS2 / PMS1 protein homolog 2


分子量: 40486.207 Da / 分子数: 2 / 変異: N335S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PMS2, PMSL2 / プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3 pLysS)
参照: UniProt: P54278, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.82 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 1:1 7.5 mg/mL protein with 8% v/v Tacsimate, pH 5.8, 25% w/v PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER IMUS MICROFOCUS / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→34.34 Å / Num. obs: 51950 / % possible obs: 98.83 % / 冗長度: 7.9 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07765 / Rpim(I) all: 0.02862 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 19.71
反射 シェル解像度: 2→2.071 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.8954 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 5160 / CC1/2: 0.739 / CC star: 0.922 / Rpim(I) all: 0.3435 / Rrim(I) all: 0.9616 / Χ2: 1 / % possible all: 99.46

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXV1.19精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1H7S

1h7s


解像度: 2→34.34 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 15.57 / 位相誤差: 24.2702
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1979 5321 10.24 %
Rwork0.1617 46629 -
obs0.167 51950 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4487 0 0 401 4888
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034571
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57796202
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0438736
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047801
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.52051635
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.825705043177 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.030.32862450.26942232X-RAY DIFFRACTION85.95
2.03-2.070.29412570.25942305X-RAY DIFFRACTION89.65
2.07-2.110.28812880.23932282X-RAY DIFFRACTION88.42
2.11-2.150.23232760.23072370X-RAY DIFFRACTION89.5
2.15-2.20.24472690.21472295X-RAY DIFFRACTION89.33
2.2-2.250.21842870.20572303X-RAY DIFFRACTION88.65
2.25-2.310.21382330.20212362X-RAY DIFFRACTION90.85
2.31-2.370.23212370.19932392X-RAY DIFFRACTION90.71
2.37-2.440.23242820.18662292X-RAY DIFFRACTION88.8
2.44-2.520.23312520.1842356X-RAY DIFFRACTION89.96
2.52-2.610.19392620.17162353X-RAY DIFFRACTION89.64
2.61-2.710.24272750.16982321X-RAY DIFFRACTION88.96
2.71-2.830.20542640.17372334X-RAY DIFFRACTION89.36
2.83-2.980.18952670.1632355X-RAY DIFFRACTION89.2
2.98-3.170.19712320.15662378X-RAY DIFFRACTION89.87
3.17-3.410.17222250.14512382X-RAY DIFFRACTION89.95
3.42-3.760.19352820.13792327X-RAY DIFFRACTION87.51
3.76-4.30.15762940.12662323X-RAY DIFFRACTION87.07
4.3-5.420.15112880.12012325X-RAY DIFFRACTION85.76
5.42-34.340.2022520.16082396X-RAY DIFFRACTION84.57
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.56395605117-0.5709828386660.02966690572461.92052651333-0.4067108285621.07662227917-0.0460890843316-0.0941692511304-0.09676456457790.0892561684051-0.0164831021914-0.08223978190290.01373844509570.1156112196620.06036445314350.202707708917-0.00670284525865-0.008407227500770.1291281216513.66301397892E-50.1246481019584.763686938375.44969592043-38.3090555527
21.57708494367-0.765804967035-0.9382455866013.002743667641.826176273822.18133603619-0.0148112414719-0.143418044249-0.02825693443360.441673215459-0.1443032642230.3736718009270.30598921822-0.2187595821970.1077708527420.248653493438-0.03789653411140.04071734439910.1828727571570.0007141523008840.218860121273-18.550815236119.8223835085-28.4890067983
34.950875821620.08757697181980.278885227121.7604101342-0.03548662569241.26927309039-0.08426955620860.04866115430790.313067073951-0.003819879073380.124414696817-0.146900003326-0.02842460167060.105806209728-0.001611343207210.237245669386-0.00854288240844-0.01640431898820.231817722621-0.01069564781850.167894252742-6.5857564624420.1452996278-61.576038217
44.310627199740.6320168840232.248709675161.333651745371.262542523131.87424347552-0.1087308965370.5678146066390.634257101225-0.2553814722120.168898081522-0.33389867471-0.536554923570.3967062358940.05507984694390.346923511788-0.0877756501458-0.01702527964260.3826755568070.06767770519180.365175584562-8.3110144253933.2618266099-67.3325853236
53.04947977927-1.071769304360.1384257285251.50364380685-0.3177527466061.09920553947-0.131893896063-0.01737977590520.2691467178940.01620426048860.134871066318-0.0112378773622-0.1688978472270.03786126196990.002885257903760.220089632604-0.00710532707418-0.01601496262160.203819822529-0.002068171474160.110617042832-12.183823940123.5704859933-62.0924850376
62.47734816007-0.605241516996-1.199516463471.546341526320.669341227211.81638963915-0.244032825380.280314200722-0.335856994633-0.2061505150490.0934865427932-0.09460342478240.1936202950340.0226113618910.154064147460.261242046946-0.05268123516360.04737896840170.216930107739-0.03298943822140.1812334733984.588541506962.30639569681-67.1029890082
71.83840327204-0.28095352462-0.9509366924651.649155071511.214943764481.47979229975-0.3449256165440.617673553088-0.52712990789-0.3634299453130.05081349645260.1738313397920.50034030115-0.556557311870.3587421076430.458859588211-0.1586798948690.04779233601350.478067851714-0.1343860517690.327850069088-0.68190588309-4.37763131258-73.8909546147
83.72315043276-0.317742283824-1.259536271990.9791727555311.592890046392.78171945802-0.3136367164360.722825016122-0.388010112622-0.579212496993-0.0493366126973-0.1897699294230.206815973192-0.3975514759740.1097020080130.419518938469-0.07526049144570.08778634468810.397369017819-0.08954341888970.2489651912249.814016084970.404078434862-79.1067529146
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 32 through 194 )AA32 - 1941 - 142
22chain 'A' and (resid 195 through 365 )AA195 - 365143 - 304
33chain 'B' and (resid 33 through 76 )BB33 - 761 - 44
44chain 'B' and (resid 77 through 117 )BB77 - 11745 - 61
55chain 'B' and (resid 118 through 194 )BB118 - 19462 - 138
66chain 'B' and (resid 195 through 274 )BB195 - 274139 - 218
77chain 'B' and (resid 275 through 320 )BB275 - 320219 - 264
88chain 'B' and (resid 321 through 364 )BB321 - 364265 - 295

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る