PDB-7rbw: Structure of Biliverdin-binding Serpin of Boana punctata (polka-d...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rbw

タイトル

Structure of Biliverdin-binding Serpin of Boana punctata (polka-dot tree frog)

要素

Biliverdin bindin serpin

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / Serpin / Biliverdin-binding serpin / Near-infrared

機能・相同性

機能・相同性情報

serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Boana punctata (カエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Fedorov, E. / Manoilov, K.Y. / Verkhusha, V. / Almo, S.C. / Ghosh, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural and Functional Characterization of a Biliverdin-Binding Near-Infrared Fluorescent Protein From the Serpin Superfamily.
著者: Manoilov, K.Y. / Ghosh, A. / Almo, S.C. / Verkhusha, V.V.

履歴

登録	2021年7月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2021年12月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rbw.cif.gz	325.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rbw.ent.gz	264.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rbw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rbw_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rbw_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7rbw_validation.xml.gz	30 KB	表示
CIF形式データ	7rbw_validation.cif.gz	40.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/7rbw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/7rbw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nbuS 1atu S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7rbw-2 7b62-d 3zdb-d 7pmu-d 1ey2-d 1eyb-d 2p3f-d 4iyp-d 6fk6-d 6lqo-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Biliverdin bindin serpin

B: Biliverdin bindin serpin

ヘテロ分子

95.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Biliverdin bindin serpin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Superdex S200
47.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Biliverdin bindin serpin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.069, 75.910, 143.751
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Biliverdin bindin serpin 分子量: 47328.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Boana punctata (カエル) / 遺伝子: BBS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7D7FB99
#2: 化合物	ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略) 分子量: 582.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₄N₄O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.78 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.2 M Ammonium nitrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月20日 / 詳細: KB MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→19.97 Å / Num. obs: 50138 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.8 % / B_iso Wilson estimate: 37.51 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 13.1 % / R_merge(I) obs: 0.725 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.53 Å	19.97 Å
Translation	4.53 Å	19.97 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NBU

5nbu

解像度: 2.05→19.97 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	2481	4.95 %
R_work	0.199	-	-
obs	0.201	50072	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6147	0	86	134	6367

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.09	0.2729	128	0.2463	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.13	0.2802	140	0.247	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.18	0.3144	122	0.244	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.23	0.303	127	0.2328	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.28	0.2874	123	0.2447	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.35	0.267	155	0.2408	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.42	0.2489	137	0.2329	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.49	0.2713	139	0.2462	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.58	0.2796	132	0.2446	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.69	0.2664	134	0.2366	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.81	0.2757	133	0.2443	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.95	0.2793	183	0.2327	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.14	0.2952	173	0.2326	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.38	0.2276	136	0.2202	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.72	0.25	109	0.195	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-4.25	0.1959	141	0.1717	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
4.25-5.34	0.2013	128	0.1476	2696	X-RAY DIFFRACTION	99
5.34-19.97	0.19	141	0.1651	2843	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6138	-5.036	-0.6266	4.3705	0.1195	-0.0618	-0.4315	-0.3882	0.0916	0.4754	0.6681	-0.3543	-0.073	-0.068	-0.1251	0.549	0.0051	-0.1323	0.5038	-0.0114	0.3585	28.2306	30.2154	-15.0613
2	2.4808	-1.6828	1.8206	2.5062	-1.4185	2.924	0.2493	0.1163	-0.3901	-0.2129	-0.0143	0.2357	0.452	0.0345	-0.2454	0.3861	0.0271	-0.0259	0.2742	0.0452	0.3707	21.8625	-6.6423	-11.477
3	3.0302	-0.202	-0.3626	4.792	0.8738	3.78	0.0578	-0.1131	-0.0927	0.3659	0.1018	-0.384	0.2732	0.3198	-0.0704	0.3299	0.0737	-0.1023	0.3295	0.0444	0.3987	31.5187	-8.7059	-1.3752
4	5.5672	-0.8504	0.5592	4.9662	0.2922	3.4556	0.2331	-0.716	-0.0469	1.1661	-0.1381	0.6019	1.0498	-0.429	-0.0888	0.845	-0.1263	-0.0066	0.3886	0.0264	0.4358	20.6661	-13.8213	8.7004
5	0.9158	-0.9261	0.2474	3.2253	-0.4482	2.5781	-0.0315	0.0382	-0.1847	0.0002	0.1027	0.422	-0.0602	-0.2888	-0.0807	0.2183	0.005	-0.0067	0.2723	0.0618	0.3639	12.0807	8.4081	-11.0426
6	3.8626	-1.5162	0.147	4.3992	0.8545	3.3201	0.3684	0.2042	-0.9341	0.1262	-0.0907	0.3131	0.8313	0.1953	-0.3036	0.4744	-0.0059	-0.0994	0.3099	-0.0087	0.488	22.9645	-19.5885	-5.7917
7	0.6653	-1.5917	0.9872	3.8847	-1.3934	1.4947	-0.1287	-0.0964	-0.1074	0.2611	0.3202	0.5324	-0.2879	-0.2572	-0.2163	0.2853	0.052	0.0295	0.3102	0.0827	0.3458	12.5309	7.5951	-8.005
8	2.3339	1.8659	0.6946	1.4711	0.0614	0.4086	-0.1621	0.4203	-0.2359	-0.6101	0.4355	-0.4643	0.4405	-0.0009	-0.2595	0.5286	0.1328	0.0492	0.5218	-0.1124	0.4582	21.925	-61.7976	-33.5462
9	3.5517	0.9091	-1.7412	2.0401	-1.5194	4.0896	0.0721	0.0241	0.0774	-0.0242	-0.0685	-0.0633	-0.0183	0.3931	0.0132	0.2934	0.0395	-0.0143	0.3259	0.0378	0.2821	26.9531	-25.5052	-41.6727
10	4.7018	0.6981	-0.7256	3.2085	-1.9967	5.6066	0.147	0.7014	0.8125	0.0698	0.3617	0.582	-0.4042	-0.6342	-0.4046	0.4103	0.1008	0.0348	0.5129	0.1473	0.4929	17.5357	-14.8795	-52.0249
11	1.5126	0.4244	-0.6066	2.4463	-1.1118	2.3839	0.0012	0.057	0.1346	-0.0525	0.2111	0.2769	0.0377	-0.1103	-0.2275	0.2725	0.0457	-0.0164	0.2791	0.0295	0.2583	13.412	-34.1927	-32.6052

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 28 THROUGH 50 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 51 THROUGH 93 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 94 THROUGH 153 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 154 THROUGH 200 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 201 THROUGH 314 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 315 THROUGH 352 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 353 THROUGH 417 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 29 THROUGH 50 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 51 THROUGH 147 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 148 THROUGH 217 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 218 THROUGH 417 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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