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- PDB-7rah: Adenylate cyclase toxin RTX domain fragment bound to M1H5 Fab and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rah
タイトルAdenylate cyclase toxin RTX domain fragment bound to M1H5 Fab and M2B10 Fab
要素
  • Bifunctional adenylate cyclase toxin/hemolysin CyaA,Bifunctional adenylate cyclase toxin/hemolysin CyaA
  • M1H5 Fab Heavy Chain
  • M1H5 Fab Light Chain
  • M2B10 Fab Heavy Chain
  • M2B10 Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/TOXIN / RTX / Toxin / Complex / IMMUNE SYSTEM-TOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / channel activity / toxin activity / killing of cells of another organism / calcium ion binding / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
RTX, pore-forming domain / N-terminal domain in RTX protein / RTX toxin determinant A / Haemolysin-type calcium binding-related / Haemolysin-type calcium binding protein related domain / : / Anthrax toxin, edema factor, central / Anthrax toxin, edema factor, C-terminal / Anthrax toxin, edema factor, central domain superfamily / Anthrax toxin LF subunit ...RTX, pore-forming domain / N-terminal domain in RTX protein / RTX toxin determinant A / Haemolysin-type calcium binding-related / Haemolysin-type calcium binding protein related domain / : / Anthrax toxin, edema factor, central / Anthrax toxin, edema factor, C-terminal / Anthrax toxin, edema factor, central domain superfamily / Anthrax toxin LF subunit / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Cyclolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Bordetella pertussis (百日咳菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Goldsmith, J.A. / McLellan, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI122753 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for antibody binding to adenylate cyclase toxin reveals RTX linkers as neutralization-sensitive epitopes.
著者: Goldsmith, J.A. / DiVenere, A.M. / Maynard, J.A. / McLellan, J.S.
履歴
登録2021年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M1H5 Fab Light Chain
B: M1H5 Fab Heavy Chain
C: M2B10 Fab Light Chain
D: M2B10 Fab Heavy Chain
E: Bifunctional adenylate cyclase toxin/hemolysin CyaA,Bifunctional adenylate cyclase toxin/hemolysin CyaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,49425
ポリマ－145,6375
非ポリマー85620
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11000 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area51350 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)65.559, 117.020, 254.709
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 E

#5: タンパク質 Bifunctional adenylate cyclase toxin/hemolysin CyaA,Bifunctional adenylate cyclase toxin/hemolysin CyaA / Cyclolysin


分子量: 48447.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 遺伝子: cya, cyaA, FF138_04025, NCTC10911_01123 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A380ZZA1

-
抗体 , 4種, 4分子 ABCD

#1: 抗体 M1H5 Fab Light Chain


分子量: 23812.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 M1H5 Fab Heavy Chain


分子量: 25098.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 M2B10 Fab Light Chain


分子量: 23207.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 M2B10 Fab Heavy Chain


分子量: 25071.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 208分子

#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.1M sodium potassium phosphate pH 6.2, 10% PEG8000, 0.2M NaCl, 3% sucrose

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→86.17 Å / Num. obs: 61228 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 52.83 Å2 / CC1/2: 0.983 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4468 / CC1/2: 0.771 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Coot1.19.1_4122+SVNモデル構築
PHENIX1.19.1_4122+SVN精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5cvw

5cvw


解像度: 2.6→55.81 Å / SU ML: 0.2987 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.4337
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2176 3070 5.03 %
Rwork0.195 58023 -
obs0.1962 61093 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→55.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8971 0 24 188 9183
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00219163
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.547512442
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04321374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00391619
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.0321269
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.640.26731170.25622618X-RAY DIFFRACTION99.82
2.64-2.680.27621320.25912608X-RAY DIFFRACTION99.82
2.68-2.730.28031460.24422630X-RAY DIFFRACTION99.82
2.73-2.780.26641230.24582560X-RAY DIFFRACTION99.78
2.78-2.830.29541420.26292630X-RAY DIFFRACTION99.93
2.83-2.890.39261570.28792560X-RAY DIFFRACTION99.6
2.89-2.950.29691470.26842599X-RAY DIFFRACTION99.53
2.95-3.020.29131460.24792577X-RAY DIFFRACTION98.77
3.02-3.10.27581360.22722625X-RAY DIFFRACTION99.64
3.1-3.180.25211170.22232611X-RAY DIFFRACTION99.74
3.18-3.280.25051400.21732653X-RAY DIFFRACTION99.89
3.28-3.380.23631380.22072612X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.50.26231450.21652617X-RAY DIFFRACTION99.86
3.5-3.640.21881490.19752649X-RAY DIFFRACTION99.47
3.64-3.810.21671290.18652628X-RAY DIFFRACTION99.86
3.81-4.010.20251210.17422647X-RAY DIFFRACTION100
4.01-4.260.18581480.16582641X-RAY DIFFRACTION99.93
4.26-4.590.171390.14452653X-RAY DIFFRACTION99.61
4.59-5.050.1671540.14322676X-RAY DIFFRACTION99.51
5.05-5.780.17521530.16362673X-RAY DIFFRACTION100
5.78-7.280.21471380.20622740X-RAY DIFFRACTION99.58
7.28-55.810.17431530.18812816X-RAY DIFFRACTION98.31
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.188069158670.265951782922-0.8797254527283.73014152775-3.053520360135.72186965043-0.06611158680360.2148326143060.3039329547810.2574068723510.0865571188612-0.113240236344-0.7371770939010.1963513955360.01316115600850.657717493737-0.01785787486550.105280927550.366771257733-0.0537664064090.50588124674616.797689061247.390835871849.5902762384
21.405879020781.128118491710.5095473339013.133555163180.7046331918751.57086930423-0.03166202582130.04468033734230.154875959886-0.02750645723410.07497701200370.0238010373893-0.1984660272690.124942691025-0.0168629203760.5205857387080.02336166147750.05095557326930.321014471715-0.01121677279690.34110314152413.808667429328.466226287148.2821029054
31.199382452262.07671374376-0.9423418074123.18216937716-1.649319467310.752724716540.00381148724723-0.183325386454-0.2014818074290.268774329564-0.0729892125591-0.1305848743670.1052557864320.04755554995710.06584112586770.6703500289110.05552956086420.03650365674710.3703856811640.00285139057710.3741198290741.783358277160.81456502131764.7918229314
41.425594102210.0886567711528-0.5037363265890.906321132199-0.5326113975451.30449811091-0.0537377385971-0.398684706305-0.09557010191650.185155478809-0.363324576966-0.2153606041730.4405309342580.434113867636-0.05881874755450.6953100828680.1048579515360.08257174113120.5822398459460.1934278077360.6082733697543.122676276246.214245893535.0771439932
5-0.0803373748284-0.540894344936-0.005839088425733.70308397971-2.102304940672.39246259223-0.0880052781849-0.534016823032-0.5558363658850.018502649945-0.379413319237-0.4528753500011.032788256532.180222654360.4844074645591.10095147440.5512580485380.2369298974571.585886986180.3985094170621.5201363985268.071610402845.582644988412.5492222494
61.33318355779-0.75235368544-0.9310449099021.014612795211.4852619441.417167689240.0361702591510.04422638875430.06264453761450.2528409549150.0899610590553-0.1815677743770.08727165326520.234359839550.0001991392013650.4038451618380.0608929526451-0.05732158638630.417108025385-0.04697433952710.36072755497919.5631336203-1.8537860935734.6463758743
71.948579375430.3488359594150.1701144185251.480064253670.5539642260161.38074067407-0.03050682508260.203315169591-0.07108224210730.406832068894-0.1454904062730.2781069133730.112698476261-0.244059387649-0.0002461528899520.4419716344670.007394126471220.0459640130880.432057578043-0.09416497509190.396803006489-0.84769499489-8.5815409636533.2912396345
88.50503713052-2.38225702606-2.803753429822.388035794961.364062830092.6984468017-0.0780470630344-0.354537706737-0.2486913973040.134793986180.0591476004574-0.08482530730880.3732141132430.2166368440150.04423677481850.3518593129230.0267981696467-0.05124877172210.406654553376-0.02697835233250.34982885284912.2396688069-31.61801700997.22546870166
93.17750806281-0.1094103722512.114307897132.41686770801-0.03497469950755.50937252765-0.09824924893720.0532776334906-0.0555180347146-0.0565879214750.168676538287-0.3256687485480.1138083645920.382289329238-0.085209035880.2493558716370.04902416303720.02806190864320.414730553807-0.08524567569850.45444620317520.017506341-17.86197664235.18210251888
100.614698509051-0.00229081666312-1.353847152720.301278611663-0.9830788071012.24613640303-0.1896377362340.1444280866480.0699393094016-0.1502589927060.0709924257178-0.1026303636550.413190161096-0.147320974384-1.33800224229E-50.480350823828-0.02264307111080.09959109667970.4704094528050.02580276682220.50970142539234.042253656356.201899311817.3586801265
112.85233326182-4.144660010040.702402666135.7693843271-1.485944677050.420727276609-0.1318169743520.0142445797317-1.01761612931-0.301110828924-0.101943797222-0.1564328676491.900638997781.340891835070.1001325861691.472161085530.4541833902920.3971403107790.8541040059730.05204090726171.0881796171357.844231789644.5048724014-0.710916043246
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain E and resid 1056:1107EF1056 - 11071 - 52
22chain E and resid 1108:1251EF1108 - 125153 - 196
33chain E and resid 1252:1423EF - H1252 - 1423197
44chain D and resid :113DE2 - 1131 - 122
55chain D and resid 114:DE114 - 209123 - 199
66chain B and resid :113BC2 - 1131 - 120
77chain A and resid :107AA1 - 1071 - 107
88chain A and resid 108:215AA108 - 215108 - 215
99chain B and resid 114:BC114 - 216121 - 223
1010chain C and resid :107CD2 - 1071 - 107
1111chain C and resid 108:CD108 - 207108 - 185

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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