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- PDB-7ra4: Crystal structure of Neisseria gonorrhoeae serine acetyltransfera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ra4
タイトルCrystal structure of Neisseria gonorrhoeae serine acetyltransferase (CysE) in complex with serine
要素Serine acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / CysE
機能・相同性
機能・相同性情報


serine O-acetyltransferase / serine O-acetyltransferase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine O-acetyltransferase / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / : / Serine acetyltransferase, N-terminal domain superfamily / Serine acetyltransferase, LbH domain / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat ...Serine O-acetyltransferase / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / : / Serine acetyltransferase, N-terminal domain superfamily / Serine acetyltransferase, LbH domain / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SERINE / Serine acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hicks, J.L. / Oldham, K.E. / Prentice, E.J. / Summers, E.L.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Health Research Council (HRC)19/602 ニュージーランド
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2022
タイトル: Serine acetyltransferase from Neisseria gonorrhoeae; structural and biochemical basis of inhibition.
著者: Oldham, K.E.A. / Prentice, E.J. / Summers, E.L. / Hicks, J.L.
履歴
登録2021年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine acetyltransferase
B: Serine acetyltransferase
C: Serine acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,1885
ポリマ－94,9773
非ポリマー2102
水70339
1
A: Serine acetyltransferase
B: Serine acetyltransferase
C: Serine acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Serine acetyltransferase
B: Serine acetyltransferase
C: Serine acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,37510
ポリマ－189,9556
非ポリマー4204
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area17840 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area46230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.857, 94.587, 79.254
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.178, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 3 through 6 or (resid 7...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 3 through 6 or (resid 7...
d_3ens_1(chain "C" and ((resid 3 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LYSLEUA1 - 70
d_12ens_1SERSERA72 - 184
d_13ens_1GLUILEA187 - 219
d_14ens_1ALAPROA221 - 242
d_21ens_1LYSASNB1 - 5
d_22ens_1PHELEUB7 - 71
d_23ens_1SERILEB73 - 218
d_24ens_1ALAPROB220 - 241
d_31ens_1LYSSERC2 - 184
d_32ens_1GLUPROC186 - 240

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要素

#1: タンパク質 Serine acetyltransferase


分子量: 31659.129 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (strain ATCC 700825 / FA 1090) (淋菌)
株: ATCC 700825 / FA 1090 / 遺伝子: NGO_1423 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5F6X0, serine O-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SER / SERINE / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.35 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 / 詳細: 0.1M TRIS pH 8.4, 26% (v/v) PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→43.88 Å / Num. obs: 18772 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 58.13 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.915 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2723 / CC1/2: 0.829 / Rpim(I) all: 0.367 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874モデル構築
PHASER1.18.2_3874位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6WYE

6wye


解像度: 2.8→43.88 Å / SU ML: 0.3655 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.4247
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2672 1873 9.99 %
Rwork0.2345 16874 -
obs0.2378 18747 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→43.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5001 0 14 39 5054
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00225118
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58326956
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0506766
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046940
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.55691616
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.313028864659
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.321861100235
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.880.30061490.28811273X-RAY DIFFRACTION100
2.88-2.960.34431340.27161303X-RAY DIFFRACTION99.93
2.96-3.060.30671510.27481304X-RAY DIFFRACTION99.79
3.06-3.160.26741440.24691297X-RAY DIFFRACTION99.93
3.17-3.290.28491360.23321268X-RAY DIFFRACTION99.86
3.29-3.440.27481470.24231302X-RAY DIFFRACTION100
3.44-3.620.29511390.22821290X-RAY DIFFRACTION99.86
3.62-3.850.22041460.1991307X-RAY DIFFRACTION99.93
3.85-4.150.21911430.2161296X-RAY DIFFRACTION100
4.15-4.560.24281420.21431299X-RAY DIFFRACTION99.86
4.56-5.220.29121490.23621298X-RAY DIFFRACTION99.38
5.22-6.580.3011450.27321309X-RAY DIFFRACTION99.86
6.58-43.880.25581480.22961328X-RAY DIFFRACTION99.26
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.259230890020.2892321718580.462238425882.070121511960.5001342833651.438251036110.0379385779262-0.04136481142930.1211571532140.1600107617990.0622426505371-0.6619858960680.002249135786170.2644470813830.0001309547592560.348855824294-0.03902516952070.02793432452160.4500976494950.00391886848830.59298218340826.14362681271.509243696554.23986794225
22.343017962170.208753237460.2956099665491.79894576247-0.317249201011.586530612120.0411155039533-0.191953826856-0.2478009410620.318219832444-0.0458482402779-0.5077119866830.1052289440930.0978818243734-0.0002431047153120.4673989125880.0157345872221-0.06571338173120.3758180727010.002304692171920.43230521583715.0940758261-20.754500442316.337566769
31.4130153445-0.1490387271420.5275797321232.50122602281-0.3643606994660.701049545932-0.0436684273497-0.321912087520.1941054359340.704735437217-0.0335110458082-0.312404859847-0.05035595056580.01644566408920.0001989377669160.6280646524090.003732150578450.003487288195370.528034340652-0.08436109597420.3802072541338.049366846694.6887247555224.2661662302
40.473474082559-0.486212665508-0.3963190550281.46552243130.446480741680.8188443501820.241308444748-0.302324104291-0.07907189137440.1622545771550.0453303716774-0.0635768190822-0.242673829091-0.218842829260.2927638865130.880609262033-0.303965403617-0.0746287598130.5969834263190.08672542539970.50705578852127.668286323-0.54791979569215.295925533
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resseq 3:248)AA3 - 2481 - 243
22(chain B and resseq 3:251)BB3 - 2471 - 241
33(chain C and resseq 2:251)CC2 - 2491 - 242
44(chain A and resseq 301:302)AD301 - 3021 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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