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万見
- PDB-7r9g: Catalytically inactive yeast Pseudouridine Synthase, PUS1, bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r9g
タイトルCatalytically inactive yeast Pseudouridine Synthase, PUS1, bound to RNA
要素
  • RNA (5'-R(*AP*AP*AP*UP*CP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*UP*A)-3')
  • tRNA pseudouridine synthase 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / pseudouridine (シュードウリジン) / pus / pus1 / rna (リボ核酸) / synthase / mRNA (伝令RNA) / yeast (酵母) / pseudo uracil / pseudouracil / uracil (ウラシル) / saccharomyces cerevisiae (出芽酵母) / inactive / catalytically inactive / dead (死) / pseudouridine synthase / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


snRNA pseudouridine synthesis / 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / mRNA pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / tRNA modification / 転写後修飾 / mRNA binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Pseudouridine synthase PUS1/ PUS2-like / Pseudouridine synthase I, TruA / Pseudouridine synthase I, TruA, C-terminal / Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain / tRNA pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase TruA/RsuA/RluB/E/F, N-terminal / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / tRNA pseudouridine synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Doyle, L.A. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2023
タイトル: The structural basis of mRNA recognition and binding by yeast pseudouridine synthase PUS1.
著者: Grunberg, S. / Doyle, L.A. / Wolf, E.J. / Dai, N. / Correa Jr., I.R. / Yigit, E. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2021年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: tRNA pseudouridine synthase 1
B: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*UP*CP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*UP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1264
ポリマ－67,9942
非ポリマー1322
水90150
1
A: tRNA pseudouridine synthase 1
B: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*UP*CP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*UP*A)-3')
ヘテロ分子

A: tRNA pseudouridine synthase 1
B: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*UP*CP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*UP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,2518
ポリマ－135,9884
非ポリマー2634
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area37360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.195, 98.344, 72.239
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.800, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-747-

HOH

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要素

#1: タンパク質 tRNA pseudouridine synthase 1 / tRNA pseudouridylate synthase 1 / tRNA-uridine isomerase 1


分子量: 62197.551 Da / 分子数: 1 / 変異: D134A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PUS1, YPL212C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q12211, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*AP*AP*UP*CP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*UP*A)-3')


分子量: 5796.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.05 M Ammonium sulfate, 0.05 M Bis-Tris pH 6.0, 26% Pentaerythritol ethoxylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 27638 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.74 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 178541
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.445.30.63213000.8130.2910.6980.45795.1
2.44-2.495.50.55913530.840.2540.6160.4497.4
2.49-2.536.10.52413480.8990.2260.5720.44298.9
2.53-2.596.30.44713910.9140.1910.4870.46499.7
2.59-2.646.20.39213770.9420.1710.4280.46899.9
2.64-2.76.80.33913590.9650.1390.3670.461100
2.7-2.776.90.31514070.970.1280.340.488100
2.77-2.856.70.28213700.970.1160.3060.49100
2.85-2.936.60.21313830.9830.090.2320.522100
2.93-3.026.30.17913860.9840.0770.1950.59100
3.02-3.136.70.14913980.990.0620.1610.658100
3.13-3.266.50.11313880.9930.0480.1230.752100
3.26-3.416.80.09413990.9950.0380.1020.897100
3.41-3.586.90.0813790.9970.0330.0861.021100
3.58-3.816.60.06713850.9970.0280.0730.921100
3.81-4.16.50.05913790.9980.0250.0651.011100
4.1-4.526.50.05714050.9970.0240.0621.12199.9
4.52-5.176.80.05314110.9980.0220.0571.098100
5.17-6.516.40.04913990.9980.0210.0541.08100
6.51-506.50.04114210.9980.0170.0441.193100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.4 Å49.17 Å
Translation2.4 Å49.17 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4J37

4j37


解像度: 2.4→49.17 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 1993 7.21 %
Rwork0.2216 25640 -
obs0.2247 27633 99.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.19 Å2 / Biso mean: 65.2741 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→49.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2919 254 6 50 3229
Biso mean--62.74 58.11 -
残基数----398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023277
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5094493
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.245552
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039500
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002537
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.460.32771270.28921732185995
2.46-2.530.37261430.27421809195298
2.53-2.60.29021400.255418281968100
2.6-2.690.30881450.253118181963100
2.69-2.780.26861420.248318281970100
2.78-2.890.32541460.262718722018100
2.89-3.030.28691400.25217891929100
3.03-3.190.32261440.270318371981100
3.19-3.380.30541340.247118411975100
3.38-3.650.2521480.232918642012100
3.65-4.010.2741470.204518411988100
4.01-4.590.21221410.187818311972100
4.59-5.790.22841510.19818652016100
5.79-49.170.2511450.205118852030100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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