[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-7r9g: Catalytically inactive yeast Pseudouridine Synthase, PUS1, bound ... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7r9g | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Catalytically inactive yeast Pseudouridine Synthase, PUS1, bound to RNA | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN/RNA / pseudouridine / pus / pus1 / rna / synthase / mRNA / yeast / pseudo uracil / pseudouracil / uracil / saccharomyces cerevisiae / inactive / catalytically inactive / dead / pseudouridine synthase / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() Isomerases; Intramolecular transferases; Transferring other groups / snRNA pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / tRNA modification / mRNA processing / mRNA binding / nucleoplasm / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Doyle, L.A. / Stoddard, B.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: The structural basis of mRNA recognition and binding by yeast pseudouridine synthase PUS1. Authors: Grunberg, S. / Doyle, L.A. / Wolf, E.J. / Dai, N. / Correa Jr., I.R. / Yigit, E. / Stoddard, B.L. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 105.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 72.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 462.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 467 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 22.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7r9fC ![]() 4j37S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 62197.551 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: D134A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: PUS1, YPL212C / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q12211, Isomerases; Intramolecular transferases; Transferring other groups |
---|---|
#2: RNA chain | Mass: 5796.515 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#4: Chemical | ChemComp-CL / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.66 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 0.05 M Ammonium sulfate, 0.05 M Bis-Tris pH 6.0, 26% Pentaerythritol ethoxylate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 20, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.977 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→50 Å / Num. obs: 27638 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.74 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 178541 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR |
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4J37 Resolution: 2.4→49.17 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 28.12 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 124.19 Å2 / Biso mean: 65.2741 Å2 / Biso min: 30 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→49.17 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
|