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- PDB-7r96: Self-Assembled 3D DNA Hexagonal Tensegrity Triangle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r96
タイトルSelf-Assembled 3D DNA Hexagonal Tensegrity Triangle
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
キーワードDNA / Tensegrity triangle / synthetic construct / self-assembly
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.68 Å
データ登録者Lu, B. / Vecchioni, S. / Ohayon, Y.P. / Sha, R. / Mao, C. / Seeman, N.C.
資金援助 米国, 8件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-29554 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CTS1120890 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CCF-1117210 米国
National Science Foundation (NSF, United States)EFRI-1332411 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1708776 米国
Office of Naval Research (ONR)N000141110729 米国
Office of Naval Research (ONR)N000140911118 米国
Department of Energy (DOE, United States)DESC0007991 米国
引用ジャーナル: Acs Nano / 年: 2021
タイトル: 3D Hexagonal Arrangement of DNA Tensegrity Triangles.
著者: Lu, B. / Vecchioni, S. / Ohayon, Y.P. / Sha, R. / Woloszyn, K. / Yang, B. / Mao, C. / Seeman, N.C.
履歴
登録2021年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22022年6月1日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
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分子量 (理論値)分子数
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分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,39212
ポリマ－38,39212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
2
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C: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')

A: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')

A: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')

A: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')

A: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')

A: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')

A: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*TP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)691,061216
ポリマ－691,061216
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation1_546x,y-1,z+11
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
crystal symmetry operation1_656x+1,y,z+11
crystal symmetry operation1_547x,y-1,z+21
crystal symmetry operation1_557x,y,z+21
crystal symmetry operation1_657x+1,y,z+21
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation2_556-y,x-y,z+11
crystal symmetry operation2_566-y,x-y+1,z+11
crystal symmetry operation2_666-y+1,x-y+1,z+11
crystal symmetry operation2_557-y,x-y,z+21
crystal symmetry operation2_567-y,x-y+1,z+21
crystal symmetry operation2_667-y+1,x-y+1,z+21
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation3_446-x+y-1,-x-1,z+11
crystal symmetry operation3_456-x+y-1,-x,z+11
crystal symmetry operation3_556-x+y,-x,z+11
crystal symmetry operation3_447-x+y-1,-x-1,z+21
crystal symmetry operation3_457-x+y-1,-x,z+21
crystal symmetry operation3_557-x+y,-x,z+21
crystal symmetry operation4_455-x-1,-y,z+1/21
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z+1/21
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z+1/21
crystal symmetry operation4_456-x-1,-y,z+3/21
crystal symmetry operation4_556-x,-y,z+3/21
crystal symmetry operation4_566-x,-y+1,z+3/21
crystal symmetry operation4_457-x-1,-y,z+5/21
crystal symmetry operation4_557-x,-y,z+5/21
crystal symmetry operation4_567-x,-y+1,z+5/21
crystal symmetry operation5_445y-1,-x+y-1,z+1/21
crystal symmetry operation5_545y,-x+y-1,z+1/21
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z+1/21
crystal symmetry operation5_446y-1,-x+y-1,z+3/21
crystal symmetry operation5_546y,-x+y-1,z+3/21
crystal symmetry operation5_556y,-x+y,z+3/21
crystal symmetry operation5_447y-1,-x+y-1,z+5/21
crystal symmetry operation5_547y,-x+y-1,z+5/21
crystal symmetry operation5_557y,-x+y,z+5/21
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z+1/21
crystal symmetry operation6_655x-y+1,x,z+1/21
crystal symmetry operation6_665x-y+1,x+1,z+1/21
crystal symmetry operation6_556x-y,x,z+3/21
crystal symmetry operation6_656x-y+1,x,z+3/21
crystal symmetry operation6_666x-y+1,x+1,z+3/21
crystal symmetry operation6_557x-y,x,z+5/21
crystal symmetry operation6_657x-y+1,x,z+5/21
crystal symmetry operation6_667x-y+1,x+1,z+5/21
単位格子
Length a, b, c (Å)125.206, 125.206, 65.227
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')


分子量: 6457.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*TP*AP*CP*A)-3')


分子量: 2082.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*GP*C)-3')


分子量: 1825.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3')


分子量: 2432.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 11.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: Ammonium sulfate, Tris, Acetic Acid, EDTA, Cobalt Hexammine
Temp details: cooled from 338K-293K at -0.4 degrees/hr

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.60648 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.60648 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.68→54.22 Å / Num. obs: 1486 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 19.4 % / Biso Wilson estimate: 251.7 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.187 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.193 / Net I/av σ(I): 1.69 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
5.683-6.35417.70.92160.054157.4
11.831-55.89317.92110.9961100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
JDirectorデータ収集
STARANISOデータスケーリング
autoPROCデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GBI

3gbi


解像度: 5.68→54.22 Å / SU ML: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.2671
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.143 66 4.47 %
Rwork0.12 1412 -
obs-1478 82.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 87.4 Å2 / ksol: 0.07 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 333.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.68→54.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 855 0 0 855
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052956
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76541467
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002742
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d38.8561406
LS精密化 シェル解像度: 5.68→54.22 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.143 66 -
Rwork0.12 1412 -
obs--82.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.175962602284.18809931027-2.329253543915.93410654267-1.736978913090.6674929188531.655634850190.3396405802720.9990010210264.518147567620.216636462835-0.2207021864490.2087041352170.779897412236-1.854242841213.486774245440.513627526074-0.2103006838723.31580451003-0.04774252117941.68797494772-47.602881821930.659095942716.4316441174
28.56874326737-0.930890377009-4.414672095370.328717973334-0.3607824301745.29742017408-1.30814412562-2.315800050692.79770556541-0.7425297280511.79923294307-0.3131383916760.2390520111581.58865326009-0.9745574720092.85185611650.318347685418-0.4138056613672.97672073773-0.3899711445162.0846387088-50.472061767929.313815812214.0281292596
33.83132204324-1.270727136564.916003525062.66936595320.0260230281877.514007150591.932424993410.20245170585-0.171704991324-3.563815486332.51143438716-3.716267000981.16550172882-3.22785108585-3.859601618054.19904664536-0.882662720013-0.09524172751643.489139994290.3471271462262.9667518518-39.962908089143.264006683227.4844764589
42.009719536516.73831961576-5.058513418922.026361545084.511472682888.229563985861.372279569430.529552603815-8.238700887290.4884644188823.52862599342-0.005032677106831.31068042665-2.28785711901-5.015311736544.501359577111.23247118157-2.731010235982.453542152450.8721580443144.88203145304-59.789934575210.66298303192.30810954414
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 101 through 121)AA101 - 121
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 119 through 125)BB119 - 125
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 209 through 214)CC209 - 214
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 201 through 208)DD201 - 208

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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