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万見
- PDB-7r7q: Immature HIV-1 CACTD-SP1 lattice with Inositol hexakisphosphate (IP6) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r7q
タイトルImmature HIV-1 CACTD-SP1 lattice with Inositol hexakisphosphate (IP6)
要素Gag polyprotein
キーワードPROTEIN BINDING / HIV-1 capsid / maturation inhibitors / HIV-AIDS
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal ...Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法個体NMR / simulated annealing
データ登録者Sarkar, S. / Zadrozny, K.K. / Zadorozhnyi, R. / Russell, R.W. / Quinn, C.M. / Kleinpeter, A. / Ablan, S. / Meshkin, H. / Perilla, J.R. / Ganser-Pornillos, B.K. ...Sarkar, S. / Zadrozny, K.K. / Zadorozhnyi, R. / Russell, R.W. / Quinn, C.M. / Kleinpeter, A. / Ablan, S. / Meshkin, H. / Perilla, J.R. / Ganser-Pornillos, B.K. / Pornillos, O. / Freed, E.O. / Gronenborn, A.M. / Polenova, T.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5P50AI1504817 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5P30GM110758 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5P50GM082251 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE0959496 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10-OD012213 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM104316 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI129678 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of HIV-1 maturation inhibitor binding and activity.
著者: Sarkar, S. / Zadrozny, K.K. / Zadorozhnyi, R. / Russell, R.W. / Quinn, C.M. / Kleinpeter, A. / Ablan, S. / Meshkin, H. / Perilla, J.R. / Freed, E.O. / Ganser-Pornillos, B.K. / Pornillos, O. / ...著者: Sarkar, S. / Zadrozny, K.K. / Zadorozhnyi, R. / Russell, R.W. / Quinn, C.M. / Kleinpeter, A. / Ablan, S. / Meshkin, H. / Perilla, J.R. / Freed, E.O. / Ganser-Pornillos, B.K. / Pornillos, O. / Gronenborn, A.M. / Polenova, T.
履歴
登録2021年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Gag polyprotein
H: Gag polyprotein
I: Gag polyprotein
J: Gag polyprotein
K: Gag polyprotein
L: Gag polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2287
ポリマ－66,5686
非ポリマー6601
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area9870 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area32000 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)5 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質
Gag polyprotein


分子量: 11094.672 Da / 分子数: 6 / 変異: P241T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q72497
#2: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D CORD 50 ms
121isotropic12D CORD 100 ms
131isotropic12D NCACX 50 ms
241isotropic12D NCACX 50 ms
151isotropic13D NCOCX 25 ms
161isotropic22D CORD 25 ms
171isotropic22D CORD 50 ms
181isotropic22D NCACX 25 ms
191isotropic22D NCOCX 25 ms
1101isotropic23D NCACX 25 ms
3111isotropic32D NCACX 25 ms
3121isotropic32D NCOCX 25 ms
5132isotropic12D CORD 50 ms
4142isotropic12D HC CP HETCOR
4152isotropic12D doubleREDOR HETCOR
4162isotropic11D 31P direct polarization
4172isotropic11D 31P cross polarization
4182isotropic11D doubleREDOR
6193isotropic12D hNH HETCOR
6203isotropic12D HC CP HETCOR
NMR実験の詳細Text: magic angle spinning

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
gel solid1400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] HIV-1 CACTD-SP1, 400 uM IP6, Protein bufferImmature HIV-1 CACTD-SP1 lattice with Inositol hexakisphosphate (IP6). Protein is uniformly 13C, 15N labeled, IP6 is in natural abundance form.100% [U-13C; U-15N] HIV-1 CACTD-SP1/IP6Protein buffer
gel solid2400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N; 99.9%-2H] HIV-1 CACTD-SP1, 400 uM IP6, Protein bufferImmature HIV-1 CACTD-SP1 crystalline array with Inositol hexakisphosphate (IP6). Protein is uniformly 13C, 15N labeled, deuterium exchanged, IP6 is in natural abundance form.100% [U-13C; U-15N], 99.9%-2H HIV-1 CACTD-SP1/IP6Protein buffer
gel solid3400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N; 99.9%-2H] HIV-1 CACTD-SP1, 400 uM IP6 S2, Protein bufferImmature HIV-1 CACTD-SP1 crystalline array with Inositol hexakisphosphate (IP6). Protein is uniformly 13C, 15N labeled, deuterium exchanged, IP6 is in natural abundance form. (IP6 was dissolved in water)100% [U-13C; U-15N], 99.9%-2H HIV-1 CACTD-SP1/IP6 S2Protein buffer
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
400 uMHIV-1 CACTD-SP1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
400 uMIP6natural abundance1
400 uMHIV-1 CACTD-SP1[U-100% 13C; U-100% 15N; 99.9%-2H]2
400 uMIP6natural abundance2
400 uMHIV-1 CACTD-SP1[U-100% 13C; U-100% 15N; 99.9%-2H]3
400 uMIP6 S2natural abundance3
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1Immature HIV-1 CACTD-SP1 lattice with Inositol hexakisphosphate (IP6). Protein is uniformly 13C, 15N labeled, IP6 is in natural abundance form. 4 degree C.250 mM100% [U-13C; U-15N] HIV-1 CACTD-SP1/IP6 (4C)81 atm277.15 K
2Immature HIV-1 CACTD-SP1 lattice with Inositol hexakisphosphate (IP6). Protein is uniformly 13C, 15N labeled, IP6 is in natural abundance form. -10 degree C.250 mM100% [U-13C; U-15N] HIV-1 CACTD-SP1/IP6 (-10C)81 atm263.15 K
3Immature HIV-1 CACTD-SP1 lattice with Inositol hexakisphosphate (IP6). Protein is uniformly 13C, 15N labeled, IP6 is in natural abundance form. -79 degree C.250 mM100% [U-13C; U-15N] HIV-1 CACTD-SP1/IP6 (-79C)81 atm194.15 K
4Immature HIV-1 CACTD-SP1 crystalline array with Inositol hexakisphosphate (IP6). Protein is uniformly 13C, 15N labeled, deuterium exchanged, IP6 is in natural abundance form. 4 degree C.250 mM100% [U-13C; U-15N], 99.9%-2H HIV-1 CACTD-SP1/IP6 (4C)81 atm277.15 K
5Immature HIV-1 CACTD-SP1 crystalline array with Inositol hexakisphosphate (IP6). Protein is uniformly 13C, 15N labeled, deuterium exchanged, IP6 is in natural abundance form. -5 degree C.250 mM100% [U-13C; U-15N], 99.9%-2H HIV-1 CACTD-SP1/IP6 (-5C)81 atm268.15 K
6Immature HIV-1 CACTD-SP1 crystalline array with Inositol hexakisphosphate (IP6). Protein is uniformly 13C, 15N labeled, deuterium exchanged, IP6 is in natural abundance form. (IP6 was dissolved in water). 4 degree C.250 mM100% [U-13C; U-15N], 99.9%-2H HIV-1 CACTD-SP1/IP6 S281 atm277.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8501
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRFAM-SPARKY3.115Lee, Tonellli, Markleychemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.4CCPNchemical shift assignment
NMRFAM-SPARKY3.115Lee, Tonellli and Markleyデータ解析
TALOS-NShen and Baxstructure calculation
X-PLOR NIH2.53Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIH2.53Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 8
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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