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- PDB-7r73: Crystal structure of llama VHH antibody D7 in complex with HIV-1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r73
タイトルCrystal structure of llama VHH antibody D7 in complex with HIV-1 gp120 core
要素
  • Glycoprotein 120
  • Llama antibody D7
キーワードIMMUNE SYSTEM / Llama / antibody / VHH / HIV-1 / gp120
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Zhou, T. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structural basis for llama nanobody recognition and neutralization of HIV-1 at the CD4-binding site.
著者: Tongqing Zhou / Lei Chen / Jason Gorman / Shuishu Wang / Young D Kwon / Bob C Lin / Mark K Louder / Reda Rawi / Erik-Stephane D Stancofski / Yongping Yang / Baoshan Zhang / Anna Forsman ...著者: Tongqing Zhou / Lei Chen / Jason Gorman / Shuishu Wang / Young D Kwon / Bob C Lin / Mark K Louder / Reda Rawi / Erik-Stephane D Stancofski / Yongping Yang / Baoshan Zhang / Anna Forsman Quigley / Laura E McCoy / Lucy Rutten / Theo Verrips / Robin A Weiss / / Nicole A Doria-Rose / Lawrence Shapiro / Peter D Kwong /
要旨: Nanobodies can achieve remarkable neutralization of genetically diverse pathogens, including HIV-1. To gain insight into their recognition, we determined crystal structures of four llama nanobodies ...Nanobodies can achieve remarkable neutralization of genetically diverse pathogens, including HIV-1. To gain insight into their recognition, we determined crystal structures of four llama nanobodies (J3, A12, C8, and D7), all of which targeted the CD4-binding site, in complex with the HIV-1 envelope (Env) gp120 core, and determined a cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of J3 with the Env trimer. Crystal and cryo-EM structures of J3 complexes revealed this nanobody to mimic binding to the prefusion-closed trimer for the primary site of CD4 recognition as well as a secondary quaternary site. In contrast, crystal structures of A12, C8, and D7 with gp120 revealed epitopes that included portions of the gp120 inner domain, inaccessible on the prefusion-closed trimer. Overall, these structures explain the broad and potent neutralization of J3 and limited neutralization of A12, C8, and D7, which utilized binding modes incompatible with the neutralization-targeted prefusion-closed conformation of Env.
履歴
登録2021年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Glycoprotein 120
A: Llama antibody D7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,73710
ポリマ－53,9682
非ポリマー1,7708
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint20 kcal/mol
Surface area19700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.543, 61.954, 63.976
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.160, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Glycoprotein 120


分子量: 40068.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Llama antibody D7


分子量: 13899.256 Da / 分子数: 1 / Fragment: VHH domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M to Tris HCl pH 8.5 and 21% PEG8000. Cryoprotectant is 20% ethylend glycol with N-protone oil

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 44467 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 33.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 16.7 / Num. measured all: 147850
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.75-1.791.80.35816970.7830.290.4640.82553.2
1.79-1.8420.32622350.8030.2540.4160.85170.4
1.84-1.892.30.29626680.880.2190.370.92183.6
1.89-1.942.60.26429490.8690.1870.3251.02492.6
1.94-230.23330690.9220.1540.281.02797
2-2.073.40.19931230.9550.1240.2351.0198.7
2.07-2.163.60.17231810.9660.1040.2011.0799.4
2.16-2.263.70.1431850.9760.0840.1631.07199.7
2.26-2.383.80.12131840.9830.0720.1411.03299.7
2.38-2.523.80.10531870.9840.0630.1221.05399.9
2.52-2.723.80.09232030.9840.0550.1081.06100
2.72-2.993.80.08531870.9860.0510.0991.08399.9
2.99-3.433.80.0832260.9890.0480.0931.00199.9
3.43-4.323.70.06532190.9910.040.0771.02399.9
4.32-503.50.0631540.9870.0380.0720.97795.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19-4092精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T33

5t33


解像度: 1.76→31.44 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2154 2238 5.03 %
Rwork0.1794 42218 -
obs0.1812 44456 91.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 166.46 Å2 / Biso mean: 59.0958 Å2 / Biso min: 24.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.76→31.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3254 0 194 156 3604
Biso mean--80.36 50.5 -
残基数----413
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.76-1.80.3593600.28141253131344
1.8-1.840.31421040.2521873197766
1.84-1.880.24921130.23572327244080
1.88-1.930.29231390.22762567270690
1.93-1.990.27371410.22572738287996
1.99-2.060.21071370.20122825296298
2.06-2.130.19911480.20352845299399
2.13-2.210.20661580.19612852301099
2.21-2.310.22211510.189228312982100
2.31-2.440.22361620.202328463008100
2.44-2.590.26261610.198128803041100
2.59-2.790.25311630.193128773040100
2.79-3.070.20871380.18928843022100
3.07-3.510.20361570.178728803037100
3.51-4.420.18781730.1528873060100
4.42-31.440.2151330.16462853298696
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2988-2.3714-2.20519.47246.0394.9466-0.07590.0621-0.0244-0.03650.00550.0481-0.0181-0.2250.08590.22440.0093-0.00080.3729-0.00680.2307-21.2205-14.163130.4663
28.0101-3.4079-0.29724.0244.02966.31020.56120.75790.0013-0.7533-0.7811-0.1398-0.3761-0.93230.28420.37740.09120.08380.3640.10920.273-27.3766-3.403834.8805
37.7309-1.10361.47985.6026-1.02076.77640.4219-0.2884-0.43420.1326-0.4065-0.5790.62310.2296-0.04670.419-0.12170.01410.42520.07550.4591-39.9941-30.099420.0722
45.45771.4040.6117.77251.21645.0503-0.15190.53670.7054-0.72150.11620.7316-0.5177-0.44890.02070.3685-0.00820.0590.37620.11230.4493-46.7495-18.14179.6299
55.2684-6.60863.83349.8456-3.79053.8294-0.0537-1.10540.16840.06120.50820.17220.3103-0.7488-0.53760.3372-0.07260.03160.40860.00280.3786-33.9232-22.884924.1859
65.85520.7348-2.33985.74520.48235.0836-0.17140.47820.1998-0.20230.2085-0.18610.14290.1866-0.08410.2756-0.1173-0.05940.31730.01050.323-39.5421-22.339912.5375
77.48231.43451.43220.8540.33151.6681-0.16030.32950.408-0.19060.24390.2129-0.0767-0.0602-0.09570.3093-0.08710.0080.36730.07810.3272-38.5233-18.994310.3348
85.8289-0.2423-0.86048.19050.2854.1881-0.18020.7660.2976-0.18920.2380.26590.1892-0.052-0.03880.2913-0.15790.02050.41050.02350.2347-24.6888-15.96167.2012
95.2896-1.9988-0.16568.0323-2.05395.2277-0.02181.33510.0491-1.08650.14560.31960.25640.0907-0.02330.4535-0.24080.03390.75310.0010.2564-17.6946-14.8566-0.0357
105.9472-1.75682.17847.5228-4.87133.364-0.26590.51780.8470.88160.0690.2714-1.33360.19830.20250.4522-0.07770.0430.38030.07270.4102-17.1404-3.73097.5854
114.81510.0645-0.59053.9977-3.24543.7108-0.20940.3597-0.4745-0.49580.0054-0.30280.27830.29150.24850.2598-0.04390.06240.3511-0.0870.2895-13.8611-22.092913.7225
124.7253-0.4464-0.70266.0238-0.26444.5788-0.18440.3360.1356-0.15410.2708-0.3007-0.1110.3401-0.03250.2576-0.10230.02890.4223-0.04060.2285-16.3125-14.01889.9074
136.6806-1.74443.04744.6017-1.33923.5637-0.44430.29420.55010.00710.23030.5376-0.01530.01830.2520.3793-0.12610.0540.25450.02230.4726-39.6331-16.108515.247
144.9412-0.8683-0.19694.92165.42559.4337-0.19940.0661-0.06480.65880.14840.26620.6001-0.20010.19410.31860.08470.04920.3921-0.02720.2587-29.7776-4.766343.997
153.4631-1.1506-0.9785.4621.90984.92550.03550.19170.3856-0.00980.0714-0.2596-0.0603-0.2667-0.10470.19510.04740.00080.35410.01610.2571-21.1731-8.7435.4358
166.23561.74650.46342.55073.81766.7061-0.0809-0.34020.25631.0621-0.07680.72611.0005-0.43450.13510.49940.05340.03490.3889-0.00410.3345-23.401-15.077943.9121
173.9386-0.5468-0.53887.22392.86344.59240.1768-0.12380.57640.7412-0.1168-0.3107-0.0917-0.0541-0.10650.26760.1022-0.04050.3916-0.03680.3484-22.2305-2.773544.487
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 88 through 106 )A88 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 107 through 123 )A107 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'G' and (resid 45 through 73 )G45 - 73
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'G' and (resid 74 through 98 )G74 - 98
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'G' and (resid 99 through 114 )G99 - 114
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'G' and (resid 115 through 235 )G115 - 235
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and (resid 236 through 258 )G236 - 258
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'G' and (resid 259 through 327 )G259 - 327
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'G' and (resid 328 through 352 )G328 - 352
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'G' and (resid 353 through 368 )G353 - 368
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'G' and (resid 369 through 412 )G369 - 412
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'G' and (resid 413 through 473 )G413 - 473
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'G' and (resid 474 through 491 )G474 - 491
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 2 through 24 )A2 - 24
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 25 through 66 )A25 - 66
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 67 through 75 )A67 - 75
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 76 through 87 )A76 - 87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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