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- PDB-7r6o: Pyrrolysyl-tRNA synthetase from methanogenic archaeon ISO4-G1 (G1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r6o
タイトルPyrrolysyl-tRNA synthetase from methanogenic archaeon ISO4-G1 (G1PylRS)
要素Pyrrolysyl-tRNA synthetase PylS
キーワードTRANSLATION / tRNA synthetases / tRNA-ligase / tRNA synthetases class II
機能・相同性
機能・相同性情報


aminoacyl-tRNA ligase activity / tRNA aminoacylation / tRNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Pyrrolysyl-tRNA ligase, C-terminal / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyrrolysyl-tRNA synthetase PylS
類似検索 - 構成要素
生物種methanogenic archaeon mixed culture ISO4-G1 (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Frkic, R.L. / Huber, T. / Jackson, C.J.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP200100348 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP21010088 オーストラリア
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Genetic Encoding of Cyanopyridylalanine for In-Cell Protein Macrocyclization by the Nitrile-Aminothiol Click Reaction.
著者: Abdelkader, E.H. / Qianzhu, H. / George, J. / Frkic, R.L. / Jackson, C.J. / Nitsche, C. / Otting, G. / Huber, T.
履歴
登録2021年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrrolysyl-tRNA synthetase PylS
B: Pyrrolysyl-tRNA synthetase PylS
C: Pyrrolysyl-tRNA synthetase PylS
D: Pyrrolysyl-tRNA synthetase PylS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,8558
ポリマ－123,5724
非ポリマー2824
水11,241624
1
A: Pyrrolysyl-tRNA synthetase PylS
C: Pyrrolysyl-tRNA synthetase PylS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9104
ポリマ－61,7862
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area24840 Å2
手法PISA
2
B: Pyrrolysyl-tRNA synthetase PylS
ヘテロ分子

D: Pyrrolysyl-tRNA synthetase PylS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9444
ポリマ－61,7862
非ポリマー1582
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_546-x,y-1/2,-z+11
Buried area4590 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area24750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.855, 81.348, 121.845
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.142, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

#1: タンパク質
Pyrrolysyl-tRNA synthetase PylS


分子量: 30893.084 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) methanogenic archaeon mixed culture ISO4-G1 (環境試料)
遺伝子: AUP07_0651 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A126QV54
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 624 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30% w/v PEG 4000, 100mM Tris-HCl (pH 9.0), 200mM lithium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.01 Å / Num. obs: 57200 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 44.25 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 401958 / Scaling rejects: 26
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.267.12.3083190844730.3410.9292.490.999.9
9.59-48.016.80.04349737360.9990.0170.0462199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JP2

6jp2


解像度: 2.2→46.56 Å / SU ML: 0.3628 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.3116
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2686 2916 5.1 %
Rwork0.219 54220 -
obs0.2214 57136 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8660 0 17 624 9301
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00198849
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.464111908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03721288
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00351544
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.18183339
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.240.30871340.30582563X-RAY DIFFRACTION99.89
2.24-2.270.39021290.31832603X-RAY DIFFRACTION99.74
2.27-2.320.35661330.3092550X-RAY DIFFRACTION99.93
2.32-2.360.34661550.30682538X-RAY DIFFRACTION99.89
2.36-2.410.33671160.30552591X-RAY DIFFRACTION99.89
2.41-2.460.3741350.30042608X-RAY DIFFRACTION99.96
2.46-2.520.38491640.29472540X-RAY DIFFRACTION99.93
2.52-2.580.32231330.28832562X-RAY DIFFRACTION99.89
2.58-2.650.31591540.26912576X-RAY DIFFRACTION99.93
2.65-2.730.29641550.2612523X-RAY DIFFRACTION99.89
2.73-2.820.32211470.26032586X-RAY DIFFRACTION99.96
2.82-2.920.32721490.26542570X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.030.3021400.25092587X-RAY DIFFRACTION99.93
3.03-3.170.31771540.24792548X-RAY DIFFRACTION99.96
3.17-3.340.32791380.23552596X-RAY DIFFRACTION99.85
3.34-3.550.2731440.21732569X-RAY DIFFRACTION99.93
3.55-3.820.26371260.19252591X-RAY DIFFRACTION99.82
3.82-4.210.20051240.17762640X-RAY DIFFRACTION99.82
4.21-4.820.19461170.16492604X-RAY DIFFRACTION99.89
4.82-6.060.2081310.18392623X-RAY DIFFRACTION99.89
6.07-46.560.21151380.17422652X-RAY DIFFRACTION98.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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