PDB-7r5x: Tankyrase 2 in complex with an inhibitor (OUL211)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r5x

タイトル

Tankyrase 2 in complex with an inhibitor (OUL211)

要素

(Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase- ...) x 2

キーワード

TRANSFERASE / Inhibitor / Complex / ADP-ribosylation / Enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.052 Å

データ登録者

Sowa, S.T. / Lehtio, L.

資金援助

フィンランド, 2件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: [1,2,4]Triazolo[3,4- b ]benzothiazole Scaffold as Versatile Nicotinamide Mimic Allowing Nanomolar Inhibition of Different PARP Enzymes.
著者: Murthy, S. / Nizi, M.G. / Maksimainen, M.M. / Massari, S. / Alaviuhkola, J. / Lippok, B.E. / Vagaggini, C. / Sowa, S.T. / Galera-Prat, A. / Ashok, Y. / Venkannagari, H. / Prunskaite- ...

履歴

登録	2022年2月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r5x.cif.gz	107.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r5x.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r5x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7r5x_validation.pdf.gz	958.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7r5x_full_validation.pdf.gz	959.9 KB	表示
XML形式データ	7r5x_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	7r5x_validation.cif.gz	26.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r5x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r5x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7r3lC 7r3oC 7r3zC 7r4aC 7r59C 7r5dC 7z1vC 7z1wC 7z1yC 7z2oC 7z2qC 7z41C 5owsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

A: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

BBB: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

B: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

ヘテロ分子

50.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

A: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
25.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

B: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.940, 96.990, 119.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-1353- HOH
2	1	BBB-1319- HOH

-
Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase- ... , 2種, 4分子 AAABBBAB

#1: タンパク質	Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / Protein ...ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / Protein poly-ADP-ribosyltransferase tankyrase-2 / TNKS-2 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase 2 / Tankyrase II / Tankyrase-2 / TANK2 / Tankyrase-like protein / Tankyrase-related protein 分子量: 19482.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: タンパク質・ペプチド	Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / Protein ...ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / Protein poly-ADP-ribosyltransferase tankyrase-2 / TNKS-2 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase 2 / Tankyrase II / Tankyrase-2 / TANK2 / Tankyrase-like protein / Tankyrase-related protein 分子量: 5364.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの

#1: タンパク質

Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / Protein ...

分子量: 19482.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの

#2: タンパク質・ペプチド

Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / Protein ...

分子量: 5364.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 178分子

#3: 化合物	ChemComp-I6D / 7-methyl-[1,2,4]triazolo[3,4-b][1,3]benzothiazole 分子量: 189.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₇N₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.12 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM Tris pH=8.5, 200mM Lithium Sulphate, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.92023 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92023 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 36379 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 7.9 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 2→2.072 Å / Num. unique obs: 3591 / CC_1/2: 0.871

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OWS

5ows

解像度: 2.052→48.542 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 3.736 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.148 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2244	1819	5 %
R_work	0.1887	34559	-
all	0.191	-	-
obs	-	36378	99.94 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.436 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.162 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.446 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.284 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.052→48.542 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3354	0	54	169	3577

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	3553
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3210
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.358	1.644	4799
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.241	1.58	7384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.757	5	431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.048	21.028	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.037	15	587
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.258	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	426
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4099
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	905
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	595
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.171	0.2	2841
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	182
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.161	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.265	3.582	1700
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.265	3.58	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.395	5.349	2127
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.394	5.351	2128
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.678	3.916	1852
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.671	3.907	1837
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.297	5.748	2668
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.295	5.734	2645
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.191	41.089	3849
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.147	41.001	3830

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.288	132	0.245	2511	X-RAY DIFFRACTION	100
2.052-2.108	0.272	131	0.227	2486	X-RAY DIFFRACTION	100
2.108-2.169	0.252	126	0.214	2394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.169-2.236	0.242	122	0.207	2326	X-RAY DIFFRACTION	100
2.236-2.309	0.255	120	0.202	2277	X-RAY DIFFRACTION	100
2.309-2.39	0.236	115	0.19	2186	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.481	0.245	111	0.195	2118	X-RAY DIFFRACTION	100
2.481-2.582	0.263	107	0.195	2027	X-RAY DIFFRACTION	99.8596
2.582-2.697	0.244	102	0.214	1938	X-RAY DIFFRACTION	99.951
2.697-2.828	0.227	98	0.196	1853	X-RAY DIFFRACTION	99.9488
2.828-2.981	0.241	94	0.197	1801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.981-3.162	0.199	90	0.189	1695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.162-3.38	0.21	83	0.198	1588	X-RAY DIFFRACTION	99.8805
3.38-3.65	0.236	78	0.187	1486	X-RAY DIFFRACTION	99.9361
3.65-3.998	0.231	73	0.168	1378	X-RAY DIFFRACTION	99.9311
3.998-4.47	0.163	66	0.156	1254	X-RAY DIFFRACTION	99.8487
4.47-5.16	0.177	58	0.155	1106	X-RAY DIFFRACTION	99.8285
5.16-6.317	0.314	50	0.194	941	X-RAY DIFFRACTION	99.598
6.317-8.921	0.174	39	0.19	750	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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