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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r5p | ||||||
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タイトル | Strep-tag FtrA-P19 from Rubrivivax gelatinosus in complex with copper and iron | ||||||
![]() | FtrA-P19 protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Copper binding / iron transport | ||||||
機能・相同性 | COPPER (I) ION![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Morera, S. / Vigouroux, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: New insights into the mechanism of iron transport through the bacterial Ftr system present in pathogens. 著者: Steunou, A.S. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Plancqueel, S. / Boussac, A. / Ouchane, S. / Morera, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 391.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 319.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21525.312 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: EV684_12117 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CU1 / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG4K, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M MgCl2 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.980115 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.68→49 Å / Num. obs: 92927 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.68→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.738 / Num. unique obs: 4342 / CC1/2: 0.725 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7R3P 解像度: 1.68→32.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU R Cruickshank DPI: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.154 / SU Rfree Blow DPI: 0.133 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.135
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原子変位パラメータ | Biso max: 132.9 Å2 / Biso mean: 32.94 Å2 / Biso min: 8.82 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.68→32.24 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.68→1.8 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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