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- PDB-7r5p: Strep-tag FtrA-P19 from Rubrivivax gelatinosus in complex with co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r5p
タイトルStrep-tag FtrA-P19 from Rubrivivax gelatinosus in complex with copper and iron
要素FtrA-P19 protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Copper binding / iron transport
機能・相同性COPPER (I) ION
機能・相同性情報
生物種Rubrivivax gelatinosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Morera, S. / Vigouroux, A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: New insights into the mechanism of iron transport through the bacterial Ftr system present in pathogens.
著者: Steunou, A.S. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Plancqueel, S. / Boussac, A. / Ouchane, S. / Morera, S.
履歴
登録2022年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FtrA-P19 protein
B: FtrA-P19 protein
C: FtrA-P19 protein
D: FtrA-P19 protein
E: FtrA-P19 protein
F: FtrA-P19 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,74119
ポリマ－129,1526
非ポリマー58913
水7,170398
1
A: FtrA-P19 protein
B: FtrA-P19 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2887
ポリマ－43,0512
非ポリマー2385
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area14090 Å2
手法PISA
2
C: FtrA-P19 protein
D: FtrA-P19 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2266
ポリマ－43,0512
非ポリマー1764
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area13820 Å2
手法PISA
3
E: FtrA-P19 protein
F: FtrA-P19 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2266
ポリマ－43,0512
非ポリマー1764
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area14080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.575, 77.996, 115.225
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.830, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
FtrA-P19 protein


分子量: 21525.312 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rubrivivax gelatinosus (バクテリア)
遺伝子: EV684_12117
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG4K, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980115 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980115 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→49 Å / Num. obs: 92927 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.68→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.738 / Num. unique obs: 4342 / CC1/2: 0.725

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7R3P

7r3p


解像度: 1.68→32.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU R Cruickshank DPI: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.154 / SU Rfree Blow DPI: 0.133 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.135
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 3373 4.97 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.181 67876 71 %-
原子変位パラメータBiso max: 132.9 Å2 / Biso mean: 32.94 Å2 / Biso min: 8.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3848 Å20 Å2-1.4298 Å2
2--1.1729 Å20 Å2
3----3.5577 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.68→32.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7362 0 16 398 7776
Biso mean--37.16 33.73 -
残基数----933
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2489SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1295HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7695HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion959SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8820SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7695HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10488HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.74
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.75
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.8 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2957 68 5.01 %
Rwork0.2614 1290 -
all0.2631 1358 -
obs--7.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.97410.09520.11371.24640.42053.52270.03050.2606-0.0025-0.3548-0.0455-0.1136-0.2369-0.12040.0150.05480.09290.03240.1306-0.0158-0.040212.99980.374322.0232
21.00520.1059-0.40291.22340.85674.5940.03-0.2884-0.10110.3107-0.1380.00550.0044-0.49740.10790.01210.064-0.03260.1540.0069-0.09149.273-0.406847.9733
31.5009-0.0251-0.03280.7788-0.4524.6681-0.11850.18120.2186-0.1720.12390.1213-0.06360.2332-0.00550.06570.0085-0.0881-0.10960.0137-0.036226.9414-16.6499-6.4746
41.70220.7507-0.00082.4169-0.64613.28190.1327-0.44870.03160.3483-0.03020.08210.20280.0842-0.10250.11540.06620.0023-0.0143-0.0578-0.063825.2621-25.556217.9814
51.9936-0.5053-0.5631.248-0.28575.5327-0.0354-0.362-0.08570.1116-0.0664-0.0398-0.22340.17360.1019-0.02650.0292-0.0230.03570.0031-0.06892.600530.356854.1762
62.3218-0.3481-0.53911.7368-0.61035.1250.2740.55620.0052-0.3956-0.23380.0998-0.1593-0.4524-0.04020.03930.1573-0.03760.1412-0.0521-0.1078-1.746831.44828.7389
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 156
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 156
3X-RAY DIFFRACTION3{ E|* }E1 - 156
4X-RAY DIFFRACTION4{ F|* }F1 - 155
5X-RAY DIFFRACTION5{ D|* }D1 - 156
6X-RAY DIFFRACTION6{ C|* }C2 - 155

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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