PDB-7r5n: Crystal structure of the full-length short LOV protein PF5-LOV fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r5n

タイトル

Crystal structure of the full-length short LOV protein PF5-LOV from Pseudomonas fluorescens (dark state)

要素

Sensory box protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / LOV domain / short LOV / PAS domain / Photocycle / Dimerization / Signaling blue light photoreceptor

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.45 Å

データ登録者

Arinkin, V. / Batra-Safferling, R. / Granzin, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Conserved Signal Transduction Mechanisms and Dark Recovery Kinetic Tuning in the Pseudomonadaceae Short Light, Oxygen, Voltage (LOV) Protein Family.
著者: Arinkin, V. / Granzin, J. / Jaeger, K.E. / Willbold, D. / Krauss, U. / Batra-Safferling, R.

履歴

登録	2022年2月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r5n.cif.gz	143.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r5n.ent.gz	113.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r5n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7r5n_validation.pdf.gz	1007.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7r5n_full_validation.pdf.gz	1021.6 KB	表示
XML形式データ	7r5n_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	7r5n_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r5n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r5n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yx0C 5j3wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (5) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (5) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Sensory box protein

B: Sensory box protein

ヘテロ分子

39.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.698, 148.698, 200.802
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	(chain B and (resid 1 through 149 or resid 500))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A	A	1 - 149
2	1	1	(chain B and (resid 1 through 149 or resid 500))	B	0

#1: タンパク質	Sensory box protein 分子量: 19450.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: PFL_0954 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q4KI48
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 7.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 82.76 %
結晶化	温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.2 M (NH4)2SO4, 0.1M MES / PH範囲: 6.0 - 6.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.45→48.12 Å / Num. obs: 15076 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.8 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 3.45→3.78 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3526 / CC_1/2: 0.531 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5J3W

5j3w

解像度: 3.45→48.12 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2495	731	4.88 %
R_work	0.2152	14256	-
obs	0.2168	14987	98.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 322.82 Å² / B_iso mean: 195.6399 Å² / B_iso min: 131.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.45→48.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2398	0	62	0	2460
B_iso mean	-	-	194.76	-	-
残基数	-	-	-	-	300

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1356	X-RAY DIFFRACTION	14.421	TORSIONAL
1	2	B	1356	X-RAY DIFFRACTION	14.421	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.45-3.72	0.3428	138	0.3265	2756	2894	97
3.72-4.09	0.3513	175	0.3132	2765	2940	99
4.09-4.68	0.3145	145	0.2358	2840	2985	99
4.68-5.9	0.2399	125	0.2386	2884	3009	99
5.9-48.12	0.2124	148	0.1796	3011	3159	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4269	-1.1477	0.5376	2.754	-1.9004	0.9385	-0.0272	1.3776	-1.5529	-0.5281	-0.1967	-1.9022	2.5924	-0.2673	-0.0039	2.5067	0.1462	-0.207	1.4962	0.1589	1.936	-43.2974	43.3679	16.3774
2	10.6411	-1.0566	-3.7275	3.6239	-3.2137	3.9524	0.5268	0.2515	-0.9006	0.3582	-0.2036	0.2931	0.408	0.2519	-0.0021	2.5401	-0.1127	-0.1229	1.7844	0.1255	1.8381	-57.3233	31.3806	15.037
3	4.4891	-2.3503	-1.8965	2.6754	0.1741	4.4593	-0.4646	1.1833	-0.6153	-0.1407	0.0644	1.379	0.987	0.146	-0.0024	2.5694	-0.3272	-0.2146	1.7788	0.0785	2.285	-65.6331	28.1276	5.7881
4	2.2289	-3.1975	2.0925	5.1535	0.6983	4.7074	-0.3742	-1.0581	-0.9645	0.2269	0.8474	1.4857	-0.4248	0.5629	-0.0013	1.9612	-0.0654	-0.0477	1.8774	-0.0473	1.9479	-67.4823	36.1505	11.4051
5	-0.0508	-0.1302	-0.0834	0.5228	0.1394	0.0391	-1.0079	0.2117	0.938	-2.2139	0.5416	-3.0912	1.9085	3.0287	0.0019	2.2214	0.4292	0.318	2.5019	-0.39	3.1975	-45.5388	30.03	-2.9987
6	1.1624	0.9237	-0.256	1.9446	-1.3454	1.3477	-2.0625	3.4883	-1.0867	1.6457	0.2044	1.1641	1.5442	-2.1814	-0.011	1.8565	-0.1819	0.1579	1.825	-0.2099	1.9234	-59.2939	37.1043	9.0334
7	1.119	-4.2555	3.477	0.5708	-1.9896	-2.3391	1.4705	1.3587	-1.5441	-2.0554	-0.9614	2.125	1.213	0.1389	0.0013	2.3861	0.1012	-0.1286	2.2401	0.1669	2.9451	-89.0556	54.1058	7.3653
8	0.1892	-0.2548	0.264	1.4975	-0.5948	0.2808	-0.7144	0.0403	-1.0347	3.5763	3.743	3.0709	3.6627	0.2997	0.0249	2.8106	0.0776	-0.5159	1.7298	-0.1657	1.7747	-64.2808	28.8684	7.5277
9	8.5113	1.269	0.9405	10.9635	-4.1361	0.3317	0.0312	-0.0466	0.5768	-0.6907	0.0559	-0.3365	-0.5544	0.679	0.0002	2.0635	-0.075	0.1681	1.8499	0.0246	1.7484	-45.371	47.7393	12.3737
10	8.1143	-2.5654	0.3979	2.871	-0.6062	8.8469	0.0853	-0.0765	1.124	0.3529	0.1703	0.2724	-0.9307	0.3129	-0.0003	2.3149	-0.2364	0.2087	1.7128	0.0012	1.8923	-53.363	60.5722	14.0228
11	0.8295	1.0322	-0.3323	0.407	-0.3985	0.3873	-1.5357	-3.9041	-0.2413	3.2285	-0.5983	-3.0623	0.7611	3.3782	-0.0018	2.4759	-0.0878	-0.5273	3.0099	0.2821	2.5803	-38.8873	49.3795	26.8902
12	3.0124	1.2746	1.7652	-0.9423	-0.6039	-0.9324	-0.9097	-1.6967	1.6319	0.4304	0.8111	-0.0515	-0.3088	-0.3324	0.0004	2.1977	0.1371	0.0987	2.4428	0.0624	2.438	-81.1965	59.8821	11.5602
13	0.1294	-0.0599	-0.184	0.3376	0.2931	0.1427	-1.8558	2.6908	-0.4448	-2.8428	0.0576	-0.4639	1.4559	1.3432	-0.0021	2.7879	-0.9551	0.5542	2.5914	-0.4573	1.8682	-50.6083	62.2278	17.3791

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 13 )	A	1 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 14 through 47 )	A	14 - 47
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 48 through 78 )	A	48 - 78
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 79 through 102 )	A	79 - 102
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 103 through 110 )	A	103 - 110
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 111 through 119 )	A	111 - 119
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 120 through 149 )	A	120 - 149
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 500 through 500 )	A	500
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 33 )	B	1 - 33
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 34 through 101 )	B	34 - 101
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 102 through 111 )	B	102 - 111
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 112 through 151 )	B	112 - 151
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 500 through 500 )	B	500

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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