[日本語] English
万見
- PDB-7yx0: Crystal structure of the full-length short LOV protein SBW25-LOV ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yx0
タイトルCrystal structure of the full-length short LOV protein SBW25-LOV from Pseudomonas fluorescens (light state)
要素Putative regulatory protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / LOV domain / short LOV / PAS domain / Photocycle / Dimerization / Signaling blue light photoreceptor
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Flavin mononucleotide (semi-quinone intermediate) / Regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Arinkin, V. / Batra-Safferling, R. / Granzin, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Conserved Signal Transduction Mechanisms and Dark Recovery Kinetic Tuning in the Pseudomonadaceae Short Light, Oxygen, Voltage (LOV) Protein Family.
著者: Arinkin, V. / Granzin, J. / Jaeger, K.E. / Willbold, D. / Krauss, U. / Batra-Safferling, R.
履歴
登録2022年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative regulatory protein
C: Putative regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2128
ポリマ－39,3002
非ポリマー1,9116
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.255, 42.438, 51.744
Angle α, β, γ (deg.)95.269, 95.707, 109.017
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Putative regulatory protein


分子量: 19650.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: PFLU_5153 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C3K1W0

-
非ポリマー , 5種, 124分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-JGC / Flavin mononucleotide (semi-quinone intermediate) / [(2R,3S,4S)-5-[(4aR)-7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)-4a,5-dihydrobenzo[g]pteridin-10-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] dihydrogen phosphate


分子量: 458.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.89 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 12% PEG 3350, 0.1 M MES / PH範囲: 6.0 - 6.3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月8日
放射モノクロメーター: Si (111), Pt coated mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→39.77 Å / Num. obs: 36845 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 20.85 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.705 / Num. unique obs: 1827 / CC1/2: 0.761 / Rpim(I) all: 0.444 / Rrim(I) all: 0.836

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SW1

3sw1


解像度: 1.6→33.95 Å / SU ML: 0.199 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.6339
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2385 1740 4.72 %
Rwork0.1882 35087 -
obs0.1906 36827 96.92 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→33.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2500 0 129 118 2747
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00582753
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78833750
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0483407
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005483
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.02411041
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.650.30121500.2222919X-RAY DIFFRACTION95.31
1.65-1.70.30751510.22442847X-RAY DIFFRACTION95.84
1.7-1.760.30491530.21252897X-RAY DIFFRACTION96.03
1.76-1.830.26181330.20292944X-RAY DIFFRACTION96.34
1.83-1.910.2481350.19422909X-RAY DIFFRACTION96.57
1.91-2.020.27121330.18262951X-RAY DIFFRACTION97.2
2.02-2.140.23951540.18022913X-RAY DIFFRACTION97.4
2.14-2.310.25531470.18172909X-RAY DIFFRACTION97.08
2.31-2.540.27181460.19452917X-RAY DIFFRACTION96.96
2.54-2.910.24271390.22954X-RAY DIFFRACTION97.82
2.91-3.660.22281440.18572972X-RAY DIFFRACTION98.3
3.66-33.950.20491550.17632955X-RAY DIFFRACTION98.23

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る