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Yorodumi- PDB-7r5n: Crystal structure of the full-length short LOV protein PF5-LOV fr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7r5n | ||||||
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Title | Crystal structure of the full-length short LOV protein PF5-LOV from Pseudomonas fluorescens (dark state) | ||||||
Components | Sensory box protein | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / LOV domain / short LOV / PAS domain / Photocycle / Dimerization / Signaling blue light photoreceptor | ||||||
Function / homology | Function and homology information PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Pseudomonas fluorescens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.45 Å | ||||||
Authors | Arinkin, V. / Batra-Safferling, R. / Granzin, J. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2024 Title: Conserved Signal Transduction Mechanisms and Dark Recovery Kinetic Tuning in the Pseudomonadaceae Short Light, Oxygen, Voltage (LOV) Protein Family. Authors: Arinkin, V. / Granzin, J. / Jaeger, K.E. / Willbold, D. / Krauss, U. / Batra-Safferling, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7r5n.cif.gz | 143.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7r5n.ent.gz | 113.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7r5n.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7r5n_validation.pdf.gz | 1007.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7r5n_full_validation.pdf.gz | 1021.6 KB | Display | |
Data in XML | 7r5n_validation.xml.gz | 13.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7r5n_validation.cif.gz | 17 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r5n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r5n | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7yx0C 5j3wS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 19450.713 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas fluorescens (bacteria) / Strain: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / Gene: PFL_0954 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: Q4KI48 #2: Chemical | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 7.13 Å3/Da / Density % sol: 82.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 287.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 1.2 M (NH4)2SO4, 0.1M MES / PH range: 6.0 - 6.3 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.97625 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 5, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.45→48.12 Å / Num. obs: 15076 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 4.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 9 |
Reflection shell | Resolution: 3.45→3.78 Å / Redundancy: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3526 / CC1/2: 0.531 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5J3W Resolution: 3.45→48.12 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 30.17 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 322.82 Å2 / Biso mean: 195.6399 Å2 / Biso min: 131.26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.45→48.12 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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