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- PDB-7r5n: Crystal structure of the full-length short LOV protein PF5-LOV fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r5n
タイトルCrystal structure of the full-length short LOV protein PF5-LOV from Pseudomonas fluorescens (dark state)
要素Sensory box protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / LOV domain / short LOV / PAS domain / Photocycle / Dimerization / Signaling blue light photoreceptor
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Sensory box protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Arinkin, V. / Batra-Safferling, R. / Granzin, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Conserved Signal Transduction Mechanisms and Dark Recovery Kinetic Tuning in the Pseudomonadaceae Short Light, Oxygen, Voltage (LOV) Protein Family.
著者: Arinkin, V. / Granzin, J. / Jaeger, K.E. / Willbold, D. / Krauss, U. / Batra-Safferling, R.
履歴
登録2022年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensory box protein
B: Sensory box protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8144
ポリマ－38,9012
非ポリマー9132
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area16420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.698, 148.698, 200.802
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain B and (resid 1 through 149 or resid 500))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA1 - 149
211(chain B and (resid 1 through 149 or resid 500))B0

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要素

#1: タンパク質 Sensory box protein


分子量: 19450.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: PFL_0954
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q4KI48
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.76 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.2 M (NH4)2SO4, 0.1M MES / PH範囲: 6.0 - 6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→48.12 Å / Num. obs: 15076 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 3.45→3.78 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3526 / CC1/2: 0.531 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J3W

5j3w


解像度: 3.45→48.12 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2495 731 4.88 %
Rwork0.2152 14256 -
obs0.2168 14987 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 322.82 Å2 / Biso mean: 195.6399 Å2 / Biso min: 131.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.45→48.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2398 0 62 0 2460
Biso mean--194.76 --
残基数----300
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1356X-RAY DIFFRACTION14.421TORSIONAL
12B1356X-RAY DIFFRACTION14.421TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.45-3.720.34281380.32652756289497
3.72-4.090.35131750.31322765294099
4.09-4.680.31451450.23582840298599
4.68-5.90.23991250.23862884300999
5.9-48.120.21241480.17963011315999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4269-1.14770.53762.754-1.90040.9385-0.02721.3776-1.5529-0.5281-0.1967-1.90222.5924-0.2673-0.00392.50670.1462-0.2071.49620.15891.936-43.297443.367916.3774
210.6411-1.0566-3.72753.6239-3.21373.95240.52680.2515-0.90060.3582-0.20360.29310.4080.2519-0.00212.5401-0.1127-0.12291.78440.12551.8381-57.323331.380615.037
34.4891-2.3503-1.89652.67540.17414.4593-0.46461.1833-0.6153-0.14070.06441.3790.9870.146-0.00242.5694-0.3272-0.21461.77880.07852.285-65.633128.12765.7881
42.2289-3.19752.09255.15350.69834.7074-0.3742-1.0581-0.96450.22690.84741.4857-0.42480.5629-0.00131.9612-0.0654-0.04771.8774-0.04731.9479-67.482336.150511.4051
5-0.0508-0.1302-0.08340.52280.13940.0391-1.00790.21170.938-2.21390.5416-3.09121.90853.02870.00192.22140.42920.3182.5019-0.393.1975-45.538830.03-2.9987
61.16240.9237-0.2561.9446-1.34541.3477-2.06253.4883-1.08671.64570.20441.16411.5442-2.1814-0.0111.8565-0.18190.15791.825-0.20991.9234-59.293937.10439.0334
71.119-4.25553.4770.5708-1.9896-2.33911.47051.3587-1.5441-2.0554-0.96142.1251.2130.13890.00132.38610.1012-0.12862.24010.16692.9451-89.055654.10587.3653
80.1892-0.25480.2641.4975-0.59480.2808-0.71440.0403-1.03473.57633.7433.07093.66270.29970.02492.81060.0776-0.51591.7298-0.16571.7747-64.280828.86847.5277
98.51131.2690.940510.9635-4.13610.33170.0312-0.04660.5768-0.69070.0559-0.3365-0.55440.6790.00022.0635-0.0750.16811.84990.02461.7484-45.37147.739312.3737
108.1143-2.56540.39792.871-0.60628.84690.0853-0.07651.1240.35290.17030.2724-0.93070.3129-0.00032.3149-0.23640.20871.71280.00121.8923-53.36360.572214.0228
110.82951.0322-0.33230.407-0.39850.3873-1.5357-3.9041-0.24133.2285-0.5983-3.06230.76113.3782-0.00182.4759-0.0878-0.52733.00990.28212.5803-38.887349.379526.8902
123.01241.27461.7652-0.9423-0.6039-0.9324-0.9097-1.69671.63190.43040.8111-0.0515-0.3088-0.33240.00042.19770.13710.09872.44280.06242.438-81.196559.882111.5602
130.1294-0.0599-0.1840.33760.29310.1427-1.85582.6908-0.4448-2.84280.0576-0.46391.45591.3432-0.00212.7879-0.95510.55422.5914-0.45731.8682-50.608362.227817.3791
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 13 )A1 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 14 through 47 )A14 - 47
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 48 through 78 )A48 - 78
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 79 through 102 )A79 - 102
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 103 through 110 )A103 - 110
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 111 through 119 )A111 - 119
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 120 through 149 )A120 - 149
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 500 through 500 )A500
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1 through 33 )B1 - 33
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 34 through 101 )B34 - 101
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 102 through 111 )B102 - 111
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 112 through 151 )B112 - 151
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 500 through 500 )B500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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