PDB-7r5e: FtrA-P19 from Rubrivivax gelatinosus in complex with copper and m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r5e

タイトル

FtrA-P19 from Rubrivivax gelatinosus in complex with copper and magnesium (X1)

要素

FtrA-P19

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Copper binding / iron transport

機能・相同性

COPPER (II) ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Rubrivivax gelatinosus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Morera, S. / Vigouroux, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: New insights into the mechanism of iron transport through the bacterial Ftr system present in pathogens.
著者: Steunou, A.S. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Plancqueel, S. / Boussac, A. / Ouchane, S. / Morera, S.

履歴

登録	2022年2月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r5e.cif.gz	138.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r5e.ent.gz	107.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r5e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7r5e_validation.pdf.gz	433 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7r5e_full_validation.pdf.gz	433.4 KB	表示
XML形式データ	7r5e_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	7r5e_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r5e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7r3pSC 7r3sC 7r4uC 7r4vC 7r4zC 7r5gC 7r5pC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FtrA-P19

B: FtrA-P19

ヘテロ分子

36.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.580, 48.860, 78.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 123.150, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	FtrA-P19 分子量: 18189.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rubrivivax gelatinosus (バクテリア) 遺伝子: EV684_12117 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.58 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 25% PEG 4K, 0.1 M Tris-HCl, 0.1 M MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 1.73114 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.73114 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→27.42 Å / Num. obs: 14428 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 27.13 Å² / CC_1/2: 0.982 / R_merge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2.2→2.27 Å / R_merge(I) obs: 0.554 / Num. unique obs: 523 / CC_1/2: 0.561

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
BUSTER	2.10.3	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7R3P

7r3p

解像度: 2.2→27.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU R Cruickshank DPI: 0.318 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.327 / SU R_free Blow DPI: 0.205 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.205

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.217	715	4.96 %	RANDOM
R_work	0.176	-	-	-
obs	0.178	14428	95.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 99.5 Å² / B_iso mean: 23.18 Å² / B_iso min: 4.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.7903 Å²	0 Å²	-1.6613 Å²
2-	-	1.8726 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.0823 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→27.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2462	0	12	129	2603
B_iso mean	-	-	32.23	24.42	-
残基数	-	-	-	-	312

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	833	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	430	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	2566	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	320	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	2858	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	2566	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	3492	HARMONIC	2	1.11
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.64
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				19.86

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.23 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 35

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4292	20	4.84 %
R_work	0.2397	393	-
all	0.25	413	-
obs	-	-	64.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4467	-0.2992	0.1079	1.1936	0.2511	0.6243	-0.1047	-0.4014	0.1175	0.2244	0.1506	-0.2129	0.0435	0.1342	-0.0459	0.05	0.0545	-0.0603	0.2279	-0.0483	0.0367	-0.0719	3.0715	25.4538
2	2.0783	-0.2111	0.6582	0.4235	-0.1092	0.9664	0.0927	0.2688	-0.2285	-0.1102	-0.0039	0.1151	0.1092	-0.0735	-0.0888	0.0321	0.0027	-0.0377	0.096	-0.0224	0.0463	-18.1552	-3.2542	8.3964

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	2 - 156
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	0 - 156

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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