ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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XDS | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | PHASER | | 位相決定 | | BUSTER | 2.10.3精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7R3P 解像度: 2.2→27.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU R Cruickshank DPI: 0.318 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.327 / SU Rfree Blow DPI: 0.205 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.205
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.217 | 715 | 4.96 % | RANDOM |
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Rwork | 0.176 | - | - | - |
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obs | 0.178 | 14428 | 95.7 % | - |
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原子変位パラメータ | Biso max: 99.5 Å2 / Biso mean: 23.18 Å2 / Biso min: 4.65 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -1.7903 Å2 | 0 Å2 | -1.6613 Å2 |
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2- | - | 1.8726 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.0823 Å2 |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→27.42 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2462 | 0 | 12 | 129 | 2603 |
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Biso mean | - | - | 32.23 | 24.42 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 312 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | 数 | Restraint function | Weight | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | t_dihedral_angle_d833 | SINUSOIDAL2 | | X-RAY DIFFRACTION | t_trig_c_planes | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_gen_planes430 | HARMONIC5 | | X-RAY DIFFRACTION | t_it2566 | HARMONIC20 | | X-RAY DIFFRACTION | t_nbd0 | SEMIHARMONIC5 | | X-RAY DIFFRACTION | t_improper_torsion | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_pseud_angle | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_chiral_improper_torsion320 | SEMIHARMONIC5 | | X-RAY DIFFRACTION | t_sum_occupancies | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_utility_distance | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_utility_angle | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_utility_torsion | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_ideal_dist_contact2858 | SEMIHARMONIC4 | | X-RAY DIFFRACTION | t_bond_d2566 | HARMONIC2 | 0.01 | X-RAY DIFFRACTION | t_angle_deg3492 | HARMONIC2 | 1.11 | X-RAY DIFFRACTION | t_omega_torsion | | | 3.64 | X-RAY DIFFRACTION | t_other_torsion | | | 19.86 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 35
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.4292 | 20 | 4.84 % |
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Rwork | 0.2397 | 393 | - |
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all | 0.25 | 413 | - |
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obs | - | - | 64.87 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 1.4467 | -0.2992 | 0.1079 | 1.1936 | 0.2511 | 0.6243 | -0.1047 | -0.4014 | 0.1175 | 0.2244 | 0.1506 | -0.2129 | 0.0435 | 0.1342 | -0.0459 | 0.05 | 0.0545 | -0.0603 | 0.2279 | -0.0483 | 0.0367 | -0.0719 | 3.0715 | 25.4538 | 2 | 2.0783 | -0.2111 | 0.6582 | 0.4235 | -0.1092 | 0.9664 | 0.0927 | 0.2688 | -0.2285 | -0.1102 | -0.0039 | 0.1151 | 0.1092 | -0.0735 | -0.0888 | 0.0321 | 0.0027 | -0.0377 | 0.096 | -0.0224 | 0.0463 | -18.1552 | -3.2542 | 8.3964 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | { A|* }A2 - 156 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | { B|* }B0 - 156 | | | | |
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