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万見
- PDB-7r58: Crystal structure of the GPVI-glenzocimab complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r58
タイトルCrystal structure of the GPVI-glenzocimab complex
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
  • Platelet glycoprotein VI
キーワードBLOOD CLOTTING
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen receptor activity / immune response-regulating signaling pathway / tetraspanin-enriched microdomain / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / collagen-activated signaling pathway / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of platelet aggregation / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / GPVI-mediated activation cascade / collagen binding ...collagen receptor activity / immune response-regulating signaling pathway / tetraspanin-enriched microdomain / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / collagen-activated signaling pathway / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of platelet aggregation / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / GPVI-mediated activation cascade / collagen binding / protein tyrosine kinase binding / Cell surface interactions at the vascular wall / platelet activation / platelet aggregation / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / membrane raft / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Platelet glycoprotein VI
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.902 Å
データ登録者Jandrot-Perrus, M. / Lebozec, K. / Rose, N. / Welin, M. / Billiald, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Blood Adv / 年: 2023
タイトル: Targeting platelet GPVI with glenzocimab: a novel mechanism for inhibition.
著者: Billiald, P. / Slater, A. / Welin, M. / Clark, J.C. / Loyau, S. / Pugniere, M. / Jiacomini, I.G. / Rose, N. / Lebozec, K. / Toledano, E. / Francois, D. / Watson, S.P. / Jandrot-Perrus, M.
履歴
登録2022年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Platelet glycoprotein VI
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,60812
ポリマ－70,9263
非ポリマー6829
水14,034779
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.669, 93.195, 110.42
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Platelet glycoprotein VI / GPVI / Glycoprotein 6


分子量: 22570.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GP6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HCN6

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 24250.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 Fab light chain


分子量: 24105.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 4種, 788分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 779 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.03 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20 % PEG 3350 0.2 M KSCN 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49.43 Å / Num. obs: 56379 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.265 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3695 / CC1/2: 0.598 / Rpim(I) all: 0.512 / Rrim(I) all: 1.851

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AZE,3GWK,5OU7

5aze

3gwk

5ou7


解像度: 1.902→49.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU R Cruickshank DPI: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.163 / SU Rfree Blow DPI: 0.148 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.139
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2319 2780 -RANDOM
Rwork0.1862 ---
obs0.1885 56311 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.9176 Å20 Å20 Å2
2---0.5026 Å20 Å2
3----3.415 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.902→49.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4719 0 41 779 5539
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084990HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg16816HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1647SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes833HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4990HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion649SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4825SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.03
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.15
LS精密化 シェル解像度: 1.902→1.92 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2527 61 -
Rwork0.2853 --
obs--97.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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