PDB-7r4s: Crystal structure of PpSB1-LOV-I48T mutant (dark state)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r4s

タイトル

Crystal structure of PpSB1-LOV-I48T mutant (dark state)

要素

Sensory box protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / LOV domain / PAS domain / Photocycle / blue light photoreceptor

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Granzin, J. / Batra-Safferling, R.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Photochem Photobiol Sci / 年: 2023
タイトル: Residue alterations within a conserved hydrophobic pocket influence light, oxygen, voltage photoreceptor dark recovery.
著者: Hemmer, S. / Schulte, M. / Knieps-Grunhagen, E. / Granzin, J. / Willbold, D. / Jaeger, K.E. / Batra-Safferling, R. / Panwalkar, V. / Krauss, U.

履歴

登録	2022年2月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r4s.cif.gz	289.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r4s.ent.gz	196.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r4s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7r4s_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7r4s_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7r4s_validation.xml.gz	21.6 KB	表示
CIF形式データ	7r4s_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/7r4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/7r4s	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7r56C 5j3wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (5) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (5) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Sensory box protein

B: Sensory box protein

C: Sensory box protein

D: Sensory box protein

ヘテロ分子

76.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Sensory box protein

B: Sensory box protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Sensory box protein

D: Sensory box protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	101.416, 72.146, 91.715
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.178, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Sensory box protein 分子量: 18605.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mutation: I48T 由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア) 株: ATCC 47054 / DSM 6125 / CFBP 8728 / NCIMB 11950 / KT2440 遺伝子: PP_4629 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88E39
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M MES pH 6.0, 15 % (v/v) pentaerythritol propoxylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月4日
放射	モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→45.86 Å / Num. obs: 17276 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 72 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.172 / R_pim(I) all: 0.082 / R_rim(I) all: 0.192 / Net I/σ(I): 3.4
反射シェル	解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.889 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 2502 / CC_1/2: 0.705 / R_pim(I) all: 0.445 / R_rim(I) all: 0.999 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE	3	データ収集
PHENIX	1.19rc6_4061	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5J3W

5j3w

解像度: 2.75→36.19 Å / SU ML: 0.4443 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.0905
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2785	798	4.67 %
R_work	0.2289	16282	-
obs	0.2313	17080	98.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 102.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→36.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4292	0	124	0	4416

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0011	4481
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.3058	6051
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0365	641
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0025	788
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.3846	1699

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.75-2.92	0.4389	125	0.3426	2640	X-RAY DIFFRACTION	96.01
2.92-3.15	0.3728	137	0.3394	2677	X-RAY DIFFRACTION	97.74
3.15-3.46	0.3382	114	0.284	2724	X-RAY DIFFRACTION	98.47
3.46-3.97	0.3223	119	0.256	2748	X-RAY DIFFRACTION	99.2
3.97-4.99	0.249	153	0.2083	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.24
5-36.19	0.2404	150	0.1842	2785	X-RAY DIFFRACTION	98.82

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.40677109752	1.33197152169	2.47274374738	3.50609756529	0.986815795246	4.32215707756	0.0351020139551	-0.0589360806302	0.649053316768	-0.0155041837605	0.0979149797422	0.0471751985965	-0.259468862773	0.236039936228	-0.287858408849	0.677508848842	0.13306773465	-0.0548840192463	0.711549946983	0.0392216248981	0.834039898417	30.0798277578	7.0624533844	2.32711460926
2	3.93512123905	-0.338272532788	1.68478043051	8.67264490715	-0.236845232671	4.08119473239	0.194151021264	-1.10302578772	-0.467962430622	-0.346747436455	-0.314979527209	-1.81300987561	-0.00424759259001	0.497940810987	0.128219737827	0.814630350542	0.16059306061	0.0759257240917	1.2698437847	0.0519231130647	1.25951518548	43.1416700038	0.188583717149	10.9842129493
3	1.15691683599	-0.144100113931	-1.22020020489	2.56157964477	1.62050000165	4.63710070617	-0.273032785659	-0.615032899831	0.36843185661	0.495384328756	0.609637124227	-0.524730199635	0.435441764749	-0.481455068467	-0.483241355002	0.519177112501	0.245537072832	-0.00521665773442	0.763439029989	-0.105364137795	0.956366789509	33.2787466251	1.69806620833	5.55547977559
4	6.96273782588	5.66142597717	2.84222566696	6.64760875838	0.562465765121	2.76299987545	2.19406144391	0.373888738556	-0.772512996222	-0.116104428694	-2.44884855742	-1.75415574179	1.10090241245	-1.80475243914	-0.761666495372	1.66679299009	0.442756460955	-0.290653466986	1.40514355474	-0.231018710107	1.20954978279	33.727948897	7.80294728053	30.8798938463
5	0.1985853747	1.00505567924	-0.387062393697	6.01017633704	-1.88298894937	0.858131139426	2.40961071556	-4.14767056444	3.06009923121	0.800697441992	-2.4832799604	-1.88726724678	-0.693940089921	-1.65337824565	-0.115436338368	1.00480874625	-0.209424626847	-0.204530902784	1.44100392908	-0.216400392608	1.22774133985	40.5952036678	3.47844650128	6.20509404985
6	4.98233800454	0.193015058919	0.568605384844	2.73715509756	1.81544936636	3.69017325946	0.544399695816	-0.195115147543	-0.869103476789	-0.174373956894	-0.276165573912	-0.223923209122	0.110416849219	0.73416015223	-0.159460549755	0.71852443843	0.11288673917	-0.118685451089	0.633829558185	0.0045014990057	0.785465088466	14.579977899	-4.74170766376	5.98742070187
7	4.82355983706	3.01242370279	-1.32058886354	2.7108414532	-1.35497976559	4.66649596186	-0.809506698692	-0.71510220492	-0.97738848251	0.0100273193466	-0.298564884327	-0.708156023022	0.737903598852	0.35474362713	-0.159786855328	0.592032356321	1.67305815464	-0.231107430663	-0.0586878333993	-0.241222487212	0.863388039159	19.269235381	-10.4008658579	15.0015039699
8	3.19192776781	-0.934546827063	0.877134712518	5.75550842567	-2.51301465272	4.97556180687	-0.378820731205	-0.455484096164	-0.794071430294	0.939972852818	0.210808979425	0.0798568339145	1.55470392145	0.382688058061	0.415959304481	1.08084721316	0.0703492943821	0.0248114051453	0.96053684341	0.150431983869	0.884936327797	7.55294080792	-9.03943721323	19.4194851622
9	7.97902687632	-0.452874193779	2.3668246696	2.98168863033	-0.0792801050582	6.2363478996	-0.81890942812	-0.268418038579	1.4163687836	1.09479402543	-0.0352787947416	0.714413433744	-0.598369079316	-0.551954943184	0.33661564293	0.704631153118	0.106124015646	0.126916222178	0.343728885647	0.1118431553	0.66447501645	2.49334316272	5.55248890438	18.1323989891
10	5.56780465241	-1.58198702561	-0.165834268577	3.15966791292	2.61927651758	4.64699652548	-0.669738374249	-1.03853271951	0.25758071004	1.08388204706	0.756429710084	-0.454916908882	-0.998987106288	0.144714778055	0.0198185108846	0.842298271532	0.111191495478	0.0891582821557	0.847649593119	-0.0256465490299	0.79366428722	9.76629911404	4.23089851528	19.5180791595
11	1.10901038691	-0.071512664507	0.509857244566	2.08555665893	2.89867692167	4.65528955402	-0.346988417496	-0.35760817065	0.219013382048	0.743599779592	0.332599386517	-0.224192090856	0.821529198415	-0.357226600836	-0.0369924016504	0.731450722882	0.164847463433	-0.0547939459907	0.708132336302	0.0120114064898	0.820938150609	13.6394856228	-2.40015512394	18.1469370078
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精密化 TLSグループ

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20	20	chain 'C' and (resid 103 through 110 )	C	E	103 - 110	103 - 110
21	21	chain 'C' and (resid 111 through 119 )	C	E	111 - 119	111 - 119
22	22	chain 'C' and (resid 120 through 133 )	C	E	120 - 133	120 - 133
23	23	chain 'C' and (resid 500 through 500 )	C	F	500
24	24	chain 'D' and (resid 0 through 33 )	D	G	0 - 33	1 - 34
25	25	chain 'D' and (resid 34 through 41 )	D	G	34 - 41	35 - 42
26	26	chain 'D' and (resid 42 through 56 )	D	G	42 - 56	43 - 57
27	27	chain 'D' and (resid 57 through 75 )	D	G	57 - 75	58 - 76
28	28	chain 'D' and (resid 76 through 86 )	D	G	76 - 86	77 - 87
29	29	chain 'D' and (resid 87 through 104 )	D	G	87 - 104	88 - 105
30	30	chain 'D' and (resid 105 through 132 )	D	G	105 - 132	106 - 133
31	31	chain 'D' and (resid 500 through 500 )	D	H	500

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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