+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7r56 | ||||||
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Title | Crystal structure of PpSB1-LOV-I48T mutant (light state) | ||||||
Components | Sensory box protein | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / LOV domain / PAS domain / Photocycle / blue light photoreceptor | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas putida KT2440 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.85 Å | ||||||
Authors | Granzin, J. / Batra-Safferling, R. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Photochem Photobiol Sci / Year: 2023 Title: Residue alterations within a conserved hydrophobic pocket influence light, oxygen, voltage photoreceptor dark recovery. Authors: Hemmer, S. / Schulte, M. / Knieps-Grunhagen, E. / Granzin, J. / Willbold, D. / Jaeger, K.E. / Batra-Safferling, R. / Panwalkar, V. / Krauss, U. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7r56.cif.gz | 88.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7r56.ent.gz | 55.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7r56.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7r56_validation.pdf.gz | 760.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7r56_full_validation.pdf.gz | 761 KB | Display | |
Data in XML | 7r56_validation.xml.gz | 7.7 KB | Display | |
Data in CIF | 7r56_validation.cif.gz | 9.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r56 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r56 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7r4sC 3sw1S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18605.777 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: mutant: I48T / Source: (gene. exp.) Pseudomonas putida KT2440 (bacteria) Strain: ATCC 47054 / DSM 6125 / CFBP 8728 / NCIMB 11950 / KT2440 Gene: PP_4629 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q88E39 |
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#2: Chemical | ChemComp-FMN / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 292.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.085 M HEPES pH 7.5, 17 % (w/v) PEG 4000, 15 % (v/v) glycerol, 8.5 % (v/v) isopropanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.9762 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 9, 2018 |
Radiation | Monochromator: Si[111] monochromator crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.85→46.33 Å / Num. obs: 5076 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 113.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 14.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.85→3 Å / Rmerge(I) obs: 1.037 / Num. unique obs: 702 / CC1/2: 0.838 / Rpim(I) all: 0.485 / Rrim(I) all: 1.148 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3SW1 Resolution: 2.85→46.33 Å / SU ML: 0.6192 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 36.3956 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1 Å / VDW probe radii: 1.3 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 117.82 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.85→46.33 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A
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