PDB-7r56: Crystal structure of PpSB1-LOV-I48T mutant (light state)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r56

タイトル

Crystal structure of PpSB1-LOV-I48T mutant (light state)

要素

Sensory box protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / LOV domain / PAS domain / Photocycle / blue light photoreceptor

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Granzin, J. / Batra-Safferling, R.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Photochem Photobiol Sci / 年: 2023
タイトル: Residue alterations within a conserved hydrophobic pocket influence light, oxygen, voltage photoreceptor dark recovery.
著者: Hemmer, S. / Schulte, M. / Knieps-Grunhagen, E. / Granzin, J. / Willbold, D. / Jaeger, K.E. / Batra-Safferling, R. / Panwalkar, V. / Krauss, U.

履歴

登録	2022年2月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r56.cif.gz	88.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r56.ent.gz	55.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r56.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r56 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r56	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7r4sC 3sw1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (5) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (5) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Sensory box protein

ヘテロ分子

19.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sensory box protein

ヘテロ分子

A: Sensory box protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.745, 54.745, 218.671
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

#1: タンパク質	Sensory box protein 分子量: 18605.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mutant: I48T 由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア) 株: ATCC 47054 / DSM 6125 / CFBP 8728 / NCIMB 11950 / KT2440 遺伝子: PP_4629 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88E39
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.085 M HEPES pH 7.5, 17 % (w/v) PEG 4000, 15 % (v/v) glycerol, 8.5 % (v/v) isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月9日
放射	モノクロメーター: Si[111] monochromator crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→46.33 Å / Num. obs: 5076 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 113.6 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 2.85→3 Å / R_merge(I) obs: 1.037 / Num. unique obs: 702 / CC_1/2: 0.838 / R_pim(I) all: 0.485 / R_rim(I) all: 1.148

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHENIX	1.19rc6_4061	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SW1

3sw1

解像度: 2.85→46.33 Å / SU ML: 0.6192 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 36.3956
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2735	480	9.55 %
R_work	0.231	4544	-
obs	0.2354	5024	98.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 117.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→46.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1105	0	31	0	1136

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1153
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5189	1556
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0399	165
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0059	206
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.4497	440

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.85-3.07	0.371	96	0.3549	861	X-RAY DIFFRACTION	98.46
3.07-3.38	0.381	96	0.3557	865	X-RAY DIFFRACTION	98.97
3.38-3.87	0.3471	96	0.2987	901	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.87-4.87	0.326	96	0.2284	909	X-RAY DIFFRACTION	98.92
4.87-46.33	0.206	96	0.1898	1008	X-RAY DIFFRACTION	97.96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.894772302031	1.45480182835	-1.45611647219	2.38470630743	-2.43610642264	3.84106222477	0.741284465365	0.35476116426	0.369778982586	1.06375707966	-0.0784711174974	0.913504731391	-0.848012762469	-0.869153760666	-0.995330131078	1.30832892015	-0.278546213737	0.126057231837	1.30071039081	0.210040966009	1.20253266813	3.70357149199	42.8441064519	22.2293108012
2	3.4412524637	0.813797707083	-0.518436278827	4.75140807219	1.0127298401	7.07463035378	0.0236150289637	0.23743982225	-0.31271803192	0.0459668450878	0.228670378077	-0.499755904848	1.2601479162	1.71384490114	-0.312890675573	1.0205399007	0.200756680893	-0.0390203182714	1.35543311932	-0.0366747239098	1.0480101258	2.3811780309	25.3803750921	13.0885405119
3	4.56268846671	3.41658075575	-6.30494227147	2.72558659256	-4.96761878883	9.07030308899	-0.0214492089007	-0.860696250281	0.183992137825	1.50739782781	-0.980408654061	-1.11976280152	-0.750749921631	3.09742169844	0.688781195291	1.0953625732	0.396287143108	-0.159317473612	1.85164204643	-0.0661861638083	1.46455692765	6.8508304545	15.0262283867	10.4501683476
4	1.20834812015	1.44278281556	-0.480314826648	2.64832855148	-1.51643403055	1.05088323294	-0.706494730006	-0.276908064235	-0.41695556987	-1.03700553662	0.153832202617	-0.562784069325	1.34122401275	0.927885682835	0.0393708889527	1.41535280344	0.0200958667096	0.000625489251729	2.05610176033	-0.319951084152	1.09351731382	-3.27272275958	16.406140905	1.72542724855
5	6.47055882575	0.931040920146	0.203295497565	3.07538817222	0.323016113462	2.96227758044	-0.0386917342181	0.774676467729	-0.359463607243	-1.04699928023	0.28960806681	0.15058627181	0.283838790051	-1.13901278297	-0.416785653948	1.31677676537	0.0850536196511	-0.0570498377064	1.50602756032	-0.166663789408	0.986313992315	-10.4337248829	21.461741206	4.51051913627
6	4.65696215712	3.66970391098	-3.73443139095	4.57750573239	-2.36704442076	4.86396857002	0.197763869819	-1.09460307164	-0.659649184162	-1.37342545657	-0.0615612799539	-1.26886394211	0.40741349485	-0.254086625648	-0.090277560506	1.10447242407	0.105427695818	-0.183837441229	1.25784614014	0.104783922834	1.06683196147	-7.95897540192	25.0564723356	9.05658637678
7	9.01296931913	1.1588363081	-5.20182274375	7.41350667031	-5.15563437578	7.40599856016	-1.69247551195	0.605385410734	0.825416104584	-4.35516492412	0.796906777876	-0.190482468031	2.34967006928	-0.378506605097	0.876877269436	1.30172137043	0.082331085585	-0.130671251538	1.35957830842	-0.0674983980685	0.719683934198	-1.03892998091	31.8769650697	7.36641166512
8	2.51473742208	0.0492775776337	3.37707543715	3.80379152849	-0.955820663228	5.96246542834	2.69307725576	0.295552275445	-0.847252387994	-0.100057461192	-1.74564105445	-0.111595974263	1.57096151807	-0.139154384108	-0.70977517276	1.34908562903	-0.155277130831	-0.00752497052306	1.64522303464	0.0314492069968	1.37666206658	-25.098057323	12.8624284638	15.3075249017
9	8.60556181399	-0.668144270414	5.01659601321	4.96987238265	-0.581290132845	3.07081313801	-0.796607770175	0.31173844729	-0.662389854488	1.34335255173	-1.35318186743	0.427134759818	-0.375255314121	-0.983431504515	2.29962481968	1.09488248314	0.292189969174	0.0328963751246	1.93039398908	0.107633386684	1.12509909437	-5.40536513665	22.3144952162	3.02162992082

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -2 through 3 )	A	-2 - 3	1 - 6
2	2	chain 'A' and (resid 4 through 41 )	A	4 - 41	7 - 44
3	3	chain 'A' and (resid 42 through 48 )	A	42 - 48	45 - 51
4	4	chain 'A' and (resid 49 through 63 )	A	49 - 63	52 - 66
5	5	chain 'A' and (resid 64 through 91 )	A	64 - 91	67 - 94
6	6	chain 'A' and (resid 92 through 104 )	A	92 - 104	95 - 107
7	7	chain 'A' and (resid 105 through 119 )	A	105 - 119	108 - 122
8	8	chain 'A' and (resid 120 through 134 )	A	120 - 134	123 - 137
9	9	chain 'A' and (resid 500 through 500 )	B	500

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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