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万見
- PDB-7r4l: Crystal structure of human mitochondrial NAD kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r4l
タイトルCrystal structure of human mitochondrial NAD kinase
要素NAD kinase 2, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / NADP bound form with iron
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ kinase / NADP biosynthetic process / NAD+ kinase activity / Nicotinate metabolism / NAD metabolic process / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial matrix / phosphorylation / protein homodimerization activity / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
NAD kinase 2, mitochondrial / NAD kinase / ATP-NAD kinase, PpnK-type, C-terminal / ATP-NAD kinase N-terminal domain / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NAD kinase 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Labesse, G. / Mary, C. / Gelin, M. / Lionne, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE18-0011-01 フランス
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of human NADK2 reveals a dimeric organization and active site occlusion by lysine acetylation.
著者: Mary, C. / Soflaee, M.H. / Kesavan, R. / Gelin, M. / Brown, H. / Zacharias, G. / Mathews, T.P. / Lemoff, A. / Lionne, C. / Labesse, G. / Hoxhaj, G.
履歴
登録2022年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD kinase 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4893
ポリマ－44,6891
非ポリマー7992
水2,972165
1
A: NAD kinase 2, mitochondrial
ヘテロ分子

A: NAD kinase 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9776
ポリマ－89,3792
非ポリマー1,5994
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area6840 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area29680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.406, 68.406, 223.224
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-679-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 NAD kinase 2, mitochondrial / Mitochondrial NAD kinase / NAD kinase domain-containing protein 1 / mitochondrial


分子量: 44689.320 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NADK2, C5orf33, MNADK, NADKD1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4G0N4, NAD+ kinase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 % / Mosaicity: 0.1 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 400 28% v/v, CaCl2 150 mM, 0.1 M Sodium HEPES, 2% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48.37 Å / Num. obs: 17069 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 40.13 Å2 / CC1/2: 0.944 / Rmerge(I) obs: 0.517 / Rpim(I) all: 0.21 / Rrim(I) all: 0.558 / Net I/σ(I): 1.36
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.61-2.736.21.0511197219360.6720.4291.1441.298.7
9.05-221.514.50.03422124930.9970.0170.03833.898.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: alphafold

解像度: 2.6→48.37 Å / SU ML: 0.3222 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.6867
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2351 860 5.04 %
Rwork0.178 16209 -
obs0.1809 17069 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2635 0 49 165 2849
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00752759
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06243746
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0883415
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0078483
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.45151015
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.760.31271240.23042658X-RAY DIFFRACTION99.68
2.76-2.980.28121390.20882642X-RAY DIFFRACTION99.71
2.98-3.280.27741420.19542663X-RAY DIFFRACTION99.89
3.28-3.750.26121600.17442670X-RAY DIFFRACTION99.61
3.75-4.720.17951420.13692707X-RAY DIFFRACTION99.69
4.72-48.370.21151530.18542869X-RAY DIFFRACTION97.89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.52608559178-0.8886946062651.429937204585.88217573099-0.7314721045725.430112393660.2363271500570.6748047470680.569373694698-0.616742901533-0.01461578108170.105849438375-0.6657310200780.2545771102060.1003765784710.3193277554250.04262387171120.09509771511070.48522456170.09607944594350.418771176646-21.9510979282-5.5420817338123.3494055539
22.58225808845-0.600127311863-0.5682464153191.905752856080.9657750367452.650203490320.0185595923622-0.327312825020.08978986685930.1319422595880.0838020486188-0.007129409679030.002294259437350.0547972643956-0.1015885357170.183905513163-0.02713811987230.001610393112730.382272280540.05740070948110.303846741677-22.6132561395-15.802032290830.5440900251
31.99342042657-0.1590000514260.0676453964341.742194561560.1299985037633.4224563533-0.01492093771670.068085312675-0.170142521036-0.2051926681780.132472741921-0.1053144015710.4241397216540.280509284529-0.09862908350050.246786821479-0.000217283959664-0.01444967031580.2413986601120.02749446584860.326529391467-12.7643884736-27.89844483957.21151375047
42.643741135120.199622552943-0.7583273360361.023085059120.02274693899960.276622867-0.1462764094150.211534420064-0.00688597035615-0.155359439754-0.2065606824590.6520717760830.224749145935-0.5659043731160.0149735713380.538749230208-0.412833620618-0.2459547215041.039629572670.1678050440220.835309333699-45.1600511807-37.0227098001-2.02110485094
52.309509513891.110266712810.9350929137191.412087661031.240949794841.102671358840.173217745986-0.1188587516820.100152644414-0.08538386149460.02423900210550.517712124990.386998280437-1.01854975185-0.03496922713070.324617450998-0.16037288296-0.04753005365670.6036626527990.168096262230.530448371119-31.5330463378-35.244533968211.6605370819
62.80130823620.48692411854-1.13994769571.31830002641-1.015238487774.61599954045-0.006849329795950.590553575602-0.733899161557-0.516351142290.2024055616650.09786476594541.07068182213-0.178953014448-0.007742235770870.571434492725-0.0166716709839-0.05827283722720.337816559257-0.06981136779210.520351426156-17.1951573168-35.69146693750.111732739585
72.084560776520.547374709706-1.949433003731.65242751693-0.482253146226.88866908726-0.0841781419977-0.111858699605-0.231235728208-0.08268040164760.0408400440313-0.0529837589640.1915711556550.390193749892-0.0136155439140.1760898483490.0224647915848-0.03914248238870.2691738838860.01664680631670.328242258482-11.4214195943-26.718461413313.5065894727
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 64 through 109 )64 - 1091 - 32
22chain 'A' and (resid 110 through 221 )110 - 22133 - 144
33chain 'A' and (resid 222 through 327 )222 - 327145 - 227
44chain 'A' and (resid 328 through 349 )328 - 349228 - 245
55chain 'A' and (resid 350 through 377 )350 - 377246 - 273
66chain 'A' and (resid 378 through 402 )378 - 402274 - 298
77chain 'A' and (resid 403 through 441 )403 - 441299 - 337

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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