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万見
- PDB-7r4j: Crystal structure of human mitochondrial NAD kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r4j
タイトルCrystal structure of human mitochondrial NAD kinase
要素NAD kinase 2, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / Apo-form
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ kinase / NAD+ kinase activity / NADP+ biosynthetic process / Nicotinate metabolism / NAD+ metabolic process / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
NAD kinase 2, mitochondrial / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 / NAD kinase / ATP-NAD kinase, PpnK-type, C-terminal / ATP-NAD kinase N-terminal domain / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD kinase 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Labesse, G. / Mary, C. / Gelin, M. / Lionne, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE18-0011-01 フランス
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of human NADK2 reveals a dimeric organization and active site occlusion by lysine acetylation.
著者: Mary, C. / Soflaee, M.H. / Kesavan, R. / Gelin, M. / Brown, H. / Zacharias, G. / Mathews, T.P. / Lemoff, A. / Lionne, C. / Labesse, G. / Hoxhaj, G.
履歴
登録2022年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD kinase 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7693
ポリマ－44,6891
非ポリマー802
水37821
1
A: NAD kinase 2, mitochondrial
ヘテロ分子

A: NAD kinase 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5396
ポリマ－89,3792
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area32840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.472, 68.472, 221.615
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 NAD kinase 2, mitochondrial / Mitochondrial NAD kinase / NAD kinase domain-containing protein 1 / mitochondrial


分子量: 44689.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NADK2, C5orf33, MNADK, NADKD1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4G0N4, NAD+ kinase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 400 28% v/v, CaCl2 150 mM, 0.1 M Sodium HEPES, 2% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→48.42 Å / Num. obs: 20060 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 2.69 % / Biso Wilson estimate: 100.84 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rrim(I) all: 0.149 / Χ2: 0.796 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 53958
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.95-3.122.62.0390.468576345432980.1022.52695.5
3.12-3.342.6611.1410.888213319630860.3321.40696.6
3.34-3.612.7340.5332.037851302228720.6760.65895
3.61-3.952.6820.283.797004273726110.8890.34595.4
3.95-4.412.7260.1496.896472251523740.9710.18394.4
4.41-5.092.7160.08311.985612220720660.990.10293.6
5.09-6.212.7650.07513.174773187117260.9910.09192.3
6.21-8.712.7160.04719.673523144212970.9970.05789.9
8.71-48.422.6490.02534.3119348267300.9990.0388.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: alphafold

解像度: 2.95→48.42 Å / SU ML: 0.63 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 34.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2978 1969 9.82 %
Rwork0.2307 18088 -
obs0.2376 20057 94.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 258.45 Å2 / Biso mean: 106.5141 Å2 / Biso min: 61.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→48.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2690 0 2 21 2713
Biso mean--110.62 83.25 -
残基数----340
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.95-3.020.50511360.43321310144695
3.02-3.10.44081350.40391333146896
3.1-3.190.4261410.35871293143497
3.19-3.30.41471590.33461311147095
3.3-3.410.33941190.31621344146395
3.41-3.550.30611300.30391324145497
3.55-3.710.33091760.26881269144595
3.71-3.910.28971290.24081294142394
3.91-4.150.35731460.22091292143894
4.15-4.470.29931590.19511287144695
4.47-4.920.23191280.17431297142593
4.92-5.630.27961320.18651281141394
5.63-7.090.30091330.22881250138392
7.11-48.420.24361460.19461203134988
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3113-2.56170.33874.0194-2.21995.06270.92230.80670.4673-0.3730.17410.1407-0.20010.09230.00420.71630.03770.13010.86470.33750.8985-24.5099-4.174220.6152
26.44541.01260.88192.99170.08265.57820.0707-0.11680.4939-0.19610.083-0.2682-0.56870.7104-0.20520.667-0.07780.04870.775-0.01080.8484-22.5904-8.965930.3712
33.41240.79170.18452.7832.05623.6359-0.13090.09240.12510.34730.12410.2766-0.0615-0.4554-0.05680.51030.0548-0.0190.65870.11380.6515-28.095-19.024330.0654
43.17860.9404-2.28354.32950.43765.6061-0.0331-0.4860.2574-0.02620.34920.0370.47710.4265-0.19460.49490.0688-0.05430.6060.03820.7677-13.0548-26.890218.7983
52.2003-0.4645-2.52291.71721.44985.02730.2561.0061-0.4067-0.5901-0.02540.06360.45720.2207-0.06120.9667-0.0449-0.03921.1605-0.01811.1602-19.8971-32.65374.3309
60.0299-0.16820.14294.75-5.3095.9964-0.59750.89251.7826-0.9019-0.60271.80721.2065-1.2858-0.21340.6313-0.41370.20881.9078-0.32461.7032-47.8226-39.255-2.147
74.0271-0.77491.5613.58570.07563.3106-0.3030.4703-0.9449-0.39020.00350.40291.4511-1.7480.23720.9591-0.0061-0.09850.9848-0.15250.9926-31.0234-37.16128.0101
82.1572-1.2735-0.88511.30741.89814.02550.07280.4093-0.4868-0.2588-0.02510.21310.07680.0721-0.1280.63040.032-0.0980.71720.05020.9634-14.9881-30.394213.4147
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 64 through 110 )A64 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 111 through 160 )A111 - 160
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 161 through 211 )A161 - 211
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 212 through 277 )A212 - 277
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 278 through 327 )A278 - 327
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 328 through 349 )A328 - 349
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 350 through 391 )A350 - 391
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 392 through 442 )A392 - 442

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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