+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r3f | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Monomeric PqsE mutant E187R | ||||||
要素 | 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / QUORUM SENSING / PSEUDOMONAS / PROTEIN / PQS / THIOESTERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase / secondary metabolite biosynthetic process / hydrolase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Borgert, S.R. / Schmelz, S. / Blankenfeldt, W. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Moonlighting chaperone activity of the enzyme PqsE contributes to RhlR-controlled virulence of Pseudomonas aeruginosa. 著者: Borgert, S.R. / Henke, S. / Witzgall, F. / Schmelz, S. / Zur Lage, S. / Hotop, S.K. / Stephen, S. / Lubken, D. / Kruger, J. / Gomez, N.O. / van Ham, M. / Jansch, L. / Kalesse, M. / Pich, A. / ...著者: Borgert, S.R. / Henke, S. / Witzgall, F. / Schmelz, S. / Zur Lage, S. / Hotop, S.K. / Stephen, S. / Lubken, D. / Kruger, J. / Gomez, N.O. / van Ham, M. / Jansch, L. / Kalesse, M. / Pich, A. / Bronstrup, M. / Haussler, S. / Blankenfeldt, W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7r3f.cif.gz | 222.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7r3f.ent.gz | 147.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7r3f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r3f | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34573.574 Da / 分子数: 1 / 変異: E187R / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Mutation at position 187: E187R 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: pqsE, PA1000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P20581, 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CAC / | #4: 化合物 | ChemComp-BEZ / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.64 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.16 M CaAcetate, 0.08 M NaCacodylate pH 6.5, 14.4% PEG 8000, 20% Glycerol protein conc: 7.5mg/ml cryoprotectant: 10 % (v/v) (2R,3R) -(-)-2,3-Butanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54056 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54056 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→29.29 Å / Num. obs: 88338 / % possible obs: 99.45 % / 冗長度: 8.08 % / Biso Wilson estimate: 12.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.0384 / Net I/σ(I): 14.36 |
反射 シェル | 解像度: 1.66→1.69 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.449 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 8841 / Rpim(I) all: 0.3157 / % possible all: 95.72 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR |
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5HIO 解像度: 1.65→29.29 Å / SU ML: 0.197 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.369 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.29 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
|