PDB-7r3b: S-adenosylmethionine synthetase from Lactobacillus plantarum comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r3b

タイトル

S-adenosylmethionine synthetase from Lactobacillus plantarum complexed with AMPPNP, methionine and SAM

要素

S-adenosylmethionine synthase

キーワード

TRANSFERASE / Dihedral D2 symmetry / homotetramer A4 symmetry / isologous interfaces 2 / S-adenosylmethionine synthetase

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactiplantibacillus plantarum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.82 Å

データ登録者

Shahar, A. / Kleiner, D. / Bershtein, S. / Zarivach, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Evolution of homo-oligomerization of methionine S-adenosyltransferases is replete with structure-function constrains.
著者: Kleiner, D. / Shapiro Tuchman, Z. / Shmulevich, F. / Shahar, A. / Zarivach, R. / Kosloff, M. / Bershtein, S.

履歴

登録	2022年2月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7r3b.ent.gz	958.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	7r3b_full_validation.pdf.gz	5.8 MB	表示
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CIF形式データ	7r3b_validation.cif.gz	138.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r3b	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7r2wC 1p7lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
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類似性 (1)
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多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine synthase

B: S-adenosylmethionine synthase

C: S-adenosylmethionine synthase

D: S-adenosylmethionine synthase

E: S-adenosylmethionine synthase

F: S-adenosylmethionine synthase

G: S-adenosylmethionine synthase

H: S-adenosylmethionine synthase

ヘテロ分子

353 kDa, 8 ポリマー
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1

A: S-adenosylmethionine synthase

B: S-adenosylmethionine synthase

C: S-adenosylmethionine synthase

D: S-adenosylmethionine synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
176 kDa, 4 ポリマー
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2

E: S-adenosylmethionine synthase

F: S-adenosylmethionine synthase

G: S-adenosylmethionine synthase

H: S-adenosylmethionine synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
177 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.426, 110.927, 112.661
Angle α, β, γ (deg.)	93.82, 104.03, 99.59
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	ALA	ALA	A	A	3 - 393	3 - 393
2	1	GLU	GLU	ALA	ALA	B	B	3 - 393	3 - 393
1	2	ARG	ARG	ALA	ALA	A	A	4 - 393	4 - 393
2	2	ARG	ARG	ALA	ALA	C	C	4 - 393	4 - 393
1	3	ARG	ARG	ALA	ALA	A	A	4 - 393	4 - 393
2	3	ARG	ARG	ALA	ALA	D	D	4 - 393	4 - 393
1	4	GLU	GLU	ALA	ALA	A	A	3 - 393	3 - 393
2	4	GLU	GLU	ALA	ALA	E	E	3 - 393	3 - 393
1	5	HIS	HIS	ALA	ALA	A	A	5 - 393	5 - 393
2	5	HIS	HIS	ALA	ALA	F	F	5 - 393	5 - 393
1	6	ARG	ARG	ALA	ALA	A	A	4 - 393	4 - 393
2	6	ARG	ARG	ALA	ALA	G	G	4 - 393	4 - 393
1	7	GLU	GLU	ALA	ALA	A	A	3 - 393	3 - 393
2	7	GLU	GLU	ALA	ALA	H	H	3 - 393	3 - 393
1	8	ARG	ARG	ALA	ALA	B	B	4 - 393	4 - 393
2	8	ARG	ARG	ALA	ALA	C	C	4 - 393	4 - 393
1	9	ARG	ARG	ALA	ALA	B	B	4 - 393	4 - 393
2	9	ARG	ARG	ALA	ALA	D	D	4 - 393	4 - 393
1	10	GLU	GLU	ALA	ALA	B	B	3 - 393	3 - 393
2	10	GLU	GLU	ALA	ALA	E	E	3 - 393	3 - 393
1	11	HIS	HIS	ALA	ALA	B	B	5 - 393	5 - 393
2	11	HIS	HIS	ALA	ALA	F	F	5 - 393	5 - 393
1	12	ARG	ARG	ALA	ALA	B	B	4 - 393	4 - 393
2	12	ARG	ARG	ALA	ALA	G	G	4 - 393	4 - 393
1	13	GLU	GLU	ALA	ALA	B	B	3 - 393	3 - 393
2	13	GLU	GLU	ALA	ALA	H	H	3 - 393	3 - 393
1	14	ARG	ARG	LYS	LYS	C	C	4 - 395	4 - 395
2	14	ARG	ARG	LYS	LYS	D	D	4 - 395	4 - 395
1	15	ARG	ARG	LYS	LYS	C	C	4 - 395	4 - 395
2	15	ARG	ARG	LYS	LYS	E	E	4 - 395	4 - 395
1	16	HIS	HIS	ALA	ALA	C	C	5 - 393	5 - 393
2	16	HIS	HIS	ALA	ALA	F	F	5 - 393	5 - 393
1	17	ARG	ARG	PHE	PHE	C	C	4 - 394	4 - 394
2	17	ARG	ARG	PHE	PHE	G	G	4 - 394	4 - 394
1	18	ARG	ARG	ALA	ALA	C	C	4 - 393	4 - 393
2	18	ARG	ARG	ALA	ALA	H	H	4 - 393	4 - 393
1	19	ARG	ARG	PHE	PHE	D	D	4 - 394	4 - 394
2	19	ARG	ARG	PHE	PHE	E	E	4 - 394	4 - 394
1	20	HIS	HIS	PHE	PHE	D	D	5 - 394	5 - 394
2	20	HIS	HIS	PHE	PHE	F	F	5 - 394	5 - 394
1	21	ARG	ARG	PHE	PHE	D	D	4 - 394	4 - 394
2	21	ARG	ARG	PHE	PHE	G	G	4 - 394	4 - 394
1	22	ARG	ARG	ALA	ALA	D	D	4 - 393	4 - 393
2	22	ARG	ARG	ALA	ALA	H	H	4 - 393	4 - 393
1	23	HIS	HIS	ALA	ALA	E	E	5 - 393	5 - 393
2	23	HIS	HIS	ALA	ALA	F	F	5 - 393	5 - 393
1	24	ARG	ARG	ALA	ALA	E	E	4 - 393	4 - 393
2	24	ARG	ARG	ALA	ALA	G	G	4 - 393	4 - 393
1	25	GLU	GLU	ALA	ALA	E	E	3 - 393	3 - 393
2	25	GLU	GLU	ALA	ALA	H	H	3 - 393	3 - 393
1	26	HIS	HIS	PHE	PHE	F	F	5 - 394	5 - 394
2	26	HIS	HIS	PHE	PHE	G	G	5 - 394	5 - 394
1	27	HIS	HIS	ALA	ALA	F	F	5 - 393	5 - 393
2	27	HIS	HIS	ALA	ALA	H	H	5 - 393	5 - 393
1	28	ARG	ARG	ALA	ALA	G	G	4 - 393	4 - 393
2	28	ARG	ARG	ALA	ALA	H	H	4 - 393	4 - 393

NCSアンサンブル:

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine synthase / AdoMet synthase / MAT / Methionine adenosyltransferase 分子量: 43526.738 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactiplantibacillus plantarum (バクテリア) 遺伝子: metK, AVR83_15510, AYO51_09395, C7M36_00090, C7M40_01013, E3U93_09955, FEE41_07350, IV39_GL000589, Lp19_1604, Lp90_1155, LPJSA22_01228, Nizo2802_1764, SN35N_0475 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G9F5E5, methionine adenosyltransferase

#1: タンパク質

S-adenosylmethionine synthase / AdoMet synthase / MAT / Methionine adenosyltransferase

分子量: 43526.738 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Lactiplantibacillus plantarum (バクテリア)
遺伝子: metK, AVR83_15510, AYO51_09395, C7M36_00090, C7M40_01013, E3U93_09955, FEE41_07350, IV39_GL000589, Lp19_1604, Lp90_1155, LPJSA22_01228, Nizo2802_1764, SN35N_0475
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G9F5E5, methionine adenosyltransferase

-
非ポリマー , 7種, 79分子

#2: 化合物	ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PPK / (DIPHOSPHONO)AMINOPHOSPHONIC ACID 分子量: 256.970 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₆NO₉P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#7: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50mM CaCl2 0.1M Bis-Tris pH 6.8 32.14% PEG MME 550

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.82→29.39 Å / Num. obs: 61578 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 65.91 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_rim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 2.82→2.921 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4103 / CC_1/2: 0.706 / R_rim(I) all: 0.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1P7L

1p7l

解像度: 2.82→29.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 59.888 / SU ML: 0.476 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.5 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27492	3108	5 %	RANDOM
R_work	0.15563	-	-	-
obs	0.16143	58472	94.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.045 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.92 Å²	-4.73 Å²	0.58 Å²
2-	-	-6.27 Å²	-1.77 Å²
3-	-	-	9.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.82→29.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22380	0	273	46	22699

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	23016
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	21950
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.546	1.645	31304
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.223	1.588	50485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.725	5	2920
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.338	22.887	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.475	15	3785
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.277	15	143
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	3123
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	26164
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	4945
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.322	6.159	11740
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	8.314	6.159	11739
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.943	9.238	14640
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.945	9.238	14641
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.129	6.657	11276
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.112	6.653	11270
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.997	9.85	16656
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	13.34	73.037	23919
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	13.343	73.046	23920
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.237	3	44966
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	11310	0.09
1	2	B	11310	0.09
2	1	A	11393	0.09
2	2	C	11393	0.09
3	1	A	11331	0.09
3	2	D	11331	0.09
4	1	A	11263	0.1
4	2	E	11263	0.1
5	1	A	11281	0.09
5	2	F	11281	0.09
6	1	A	11208	0.11
6	2	G	11208	0.11
7	1	A	11307	0.1
7	2	H	11307	0.1
8	1	B	11327	0.09
8	2	C	11327	0.09
9	1	B	11286	0.09
9	2	D	11286	0.09
10	1	B	11293	0.1
10	2	E	11293	0.1
11	1	B	11260	0.1
11	2	F	11260	0.1
12	1	B	11159	0.1
12	2	G	11159	0.1
13	1	B	11248	0.1
13	2	H	11248	0.1
14	1	C	11503	0.1
14	2	D	11503	0.1
15	1	C	11460	0.1
15	2	E	11460	0.1
16	1	C	11487	0.09
16	2	F	11487	0.09
17	1	C	11298	0.1
17	2	G	11298	0.1
18	1	C	11354	0.1
18	2	H	11354	0.1
19	1	D	11431	0.1
19	2	E	11431	0.1
20	1	D	11385	0.1
20	2	F	11385	0.1
21	1	D	11301	0.11
21	2	G	11301	0.11
22	1	D	11297	0.11
22	2	H	11297	0.11
23	1	E	11317	0.1
23	2	F	11317	0.1
24	1	E	11223	0.11
24	2	G	11223	0.11
25	1	E	11299	0.11
25	2	H	11299	0.11
26	1	F	11309	0.1
26	2	G	11309	0.1
27	1	F	11207	0.1
27	2	H	11207	0.1
28	1	G	11212	0.11
28	2	H	11212	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2.82→2.893 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.412	136	-
R_work	0.293	2280	-
obs	-	-	50.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0061	0.0196	0.0012	0.0678	0.0036	0.0005	-0.0019	-0.0091	0.0019	-0.0053	0.0006	0.0111	0.004	-0.0029	0.0013	0.1238	0.0515	0.0221	0.1958	0.0329	0.0092	3.3614	25.0935	-0.9214
2	0.0097	0.0211	0.0058	0.0475	0.0134	0.0039	-0.0047	-0.0045	-0.0036	-0.0116	0.0057	-0.0054	0.0005	0.0069	-0.0009	0.1329	0.0519	0.0157	0.1964	0.0352	0.0074	1.1502	-0.0964	-5.3401
3	0.0021	0.0145	0.0063	0.1045	0.0448	0.0193	-0.0004	-0.0034	0.0011	0.0018	-0.0039	0.0112	0.0009	-0.0034	0.0042	0.1298	0.0456	0.0208	0.1798	0.0299	0.0077	-6.5855	5.9058	49.7357
4	0.0207	0.0227	0.0001	0.0251	0.0003	0.0004	-0.0118	0.0037	-0.0115	-0.0106	0.0105	-0.0117	0.0073	0.0037	0.0013	0.1379	0.0509	0.0148	0.179	0.0298	0.0121	18.3069	0.4991	46.6564
5	0.0494	0.0491	-0.0167	0.0491	-0.0168	0.0058	0.0021	0.0011	-0.0126	0.0039	-0.0061	-0.0134	-0.0013	0.0041	0.0041	0.1367	0.0481	0.0217	0.1744	0.0335	0.0111	-4.7791	-40.2702	-26.7722
6	0.0411	0.0265	0.0288	0.023	0.0167	0.0207	0.0055	0.0025	-0.0032	0.0182	0.0016	0.0083	0.0018	0.0003	-0.0071	0.137	0.042	0.0234	0.1776	0.0271	0.0222	-30.1561	-39.5541	-24.9521
7	0.0102	-0.0175	-0.0083	0.0474	0.0227	0.011	0.0019	0.003	0.011	0.0029	0.0004	-0.0065	0.0057	0.0041	-0.0024	0.1193	0.0442	0.0171	0.1968	0.0343	0.0241	-12.1933	-35.6847	27.3557
8	0.0012	-0.0088	0.0016	0.0789	-0.0132	0.0023	0.0017	0.0072	0.0007	-0.0003	-0.0016	0.0049	0.0033	0.0026	-0.0001	0.127	0.0417	0.0197	0.1977	0.034	0.0075	-16.84	-60.5165	23.9284

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 884
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 684
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	4 - 484
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 484
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 484
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	5 - 484
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	4 - 685
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	3 - 885

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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