[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7r3b: S-adenosylmethionine synthetase from Lactobacillus plantarum comp... -
+
Open data
-
Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7r3b | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | S-adenosylmethionine synthetase from Lactobacillus plantarum complexed with AMPPNP, methionine and SAM | ||||||
Components | S-adenosylmethionine synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Dihedral D2 symmetry / homotetramer A4 symmetry / isologous interfaces 2 / S-adenosylmethionine synthetase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationmethionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Lactiplantibacillus plantarum (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.82 Å | ||||||
Authors | Shahar, A. / Kleiner, D. / Bershtein, S. / Zarivach, R. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2022Title: Evolution of homo-oligomerization of methionine S-adenosyltransferases is replete with structure-function constrains. Authors: Kleiner, D. / Shapiro Tuchman, Z. / Shmulevich, F. / Shahar, A. / Zarivach, R. / Kosloff, M. / Bershtein, S. | ||||||
| History |
|
-
Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
|---|
-
Downloads & links
-
Download
| PDBx/mmCIF format | 7r3b.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7r3b.ent.gz | 958.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7r3b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7r3b_validation.pdf.gz | 5.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7r3b_full_validation.pdf.gz | 5.8 MB | Display | |
| Data in XML | 7r3b_validation.xml.gz | 105.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 7r3b_validation.cif.gz | 138.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r3b | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7r2wC ![]() 1p7lS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
-
Links
-
Assembly
| Deposited unit | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 2 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
|
Movie
Controller
Components
About Yorodumi



Lactiplantibacillus plantarum (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation

PDBj
















