PDB-7r38: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Pyr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r38

タイトル

Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Pyrococcus furiosus in complex with S-inosyl-L-homocysteine

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / Complex / S-adenosyl-L-homocysteine (SAH) / S-adenosyl-L-methionine (SAM)

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / one-carbon metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Saleem-Batcha, R. / Popadic, D. / Andexer, J.N.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Pyrococcus furiosus in complex with S-inosyl-L-homocysteine
著者: Saleem-Batcha, R. / Popadic, D. / Andexer, J.N.

履歴

登録	2022年2月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r38.cif.gz	418.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r38.ent.gz	284.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r38.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7r38_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7r38_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7r38_validation.xml.gz	34.7 KB	表示
CIF形式データ	7r38_validation.cif.gz	48.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r38 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r38	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5axaS 7r37 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
203 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.683, 111.683, 121.599
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2
Space group name Hall	P4n2n
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase 分子量: 49620.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: ahcY, PF0343 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P50251, adenosylhomocysteinase
#2: 化合物	ChemComp-SIB / (2S)-2-AMINO-4-({[(2S,3S,4R,5R)-3,4-DIHYDROXY-5-(6-OXO-1,6-DIHYDRO-9H-PURIN-9-YL)TETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL}THIO)BUTANOIC ACID / S-(5′-イノシル)-L-ホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 385.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₉N₅O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 26% (w/v) PEG 1500 with 100 mM MMT, pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→82.254 Å / Num. obs: 48734 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.8 % / B_iso Wilson estimate: 32.17 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 2.05→2.085 Å / Num. unique obs: 2405 / CC_1/2: 0.86

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5axa

5axa

解像度: 2.05→53.4 Å / SU ML: 0.2122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.4576
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2188	2539	5.22 %
R_work	0.1762	46114	-
obs	0.1784	48653	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→53.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6648	0	140	312	7100

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0023	6926
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5714	9354
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0424	1036
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0033	1178
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.7714	936

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.09	0.2456	146	0.2206	2532	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.09-2.13	0.2485	134	0.2071	2519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.18	0.2545	117	0.2079	2562	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.18-2.23	0.2583	138	0.1921	2517	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.23-2.28	0.2665	146	0.2016	2531	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.28-2.35	0.2593	144	0.1942	2521	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.35-2.42	0.2666	122	0.1937	2562	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.42-2.49	0.2554	138	0.1941	2549	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.49-2.58	0.2936	118	0.1985	2521	X-RAY DIFFRACTION	98.4
2.58-2.69	0.2291	151	0.1961	2530	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.69-2.81	0.2415	171	0.1883	2528	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.81-2.96	0.2411	164	0.1933	2531	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.96-3.14	0.2609	126	0.2039	2574	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.14-3.38	0.249	130	0.1907	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.38-3.72	0.2234	170	0.166	2521	X-RAY DIFFRACTION	98.86
3.72-4.26	0.1889	130	0.1544	2601	X-RAY DIFFRACTION	98.95
4.26-5.37	0.143	143	0.1441	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.64
5.37-53.4	0.1916	151	0.1581	2762	X-RAY DIFFRACTION	98.75

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.69110323998	0.21569161064	0.366164356602	2.18887489506	-0.218744760114	1.60134936285	-0.00247911523925	-0.104020679276	0.098304954416	0.110981154985	0.00689032785237	0.231675499517	0.086201166578	-0.113801560434	0.0141158454651	0.157557776664	-0.0212353236984	0.0456581956538	0.253576278447	0.026679218137	0.211505494533	21.0094485478	-9.14137622009	57.1528399109
2	0.819948408567	0.257304373729	0.911847961686	2.48162621015	0.484116352598	1.6160133729	0.0373730044473	0.0582574550618	0.0656032572422	-0.117244422909	0.0527374533558	0.276444362624	-0.0399888738844	-0.153555397157	-0.0904861988255	0.19332579934	-0.0272122972069	0.0195801710704	0.300212342207	0.0429234866118	0.317859763131	16.3378320661	-6.76015595654	46.4866100078
3	1.61654026025	-0.977118948639	-0.237997490087	1.08366377617	0.0608377053957	0.587718281257	0.0166515402864	-0.0571457208304	-0.00827722557413	0.0273118591116	0.0347998815187	0.21281631324	-0.0993408823243	-0.138108157377	-0.0483759589616	0.188188401442	-0.0235281519707	-0.00518808102611	0.22971805453	0.0221851398526	0.245498131676	32.5892529727	2.49063067615	41.2584967504
4	0.986345464271	0.239338455426	-0.305298270096	2.16499474198	-0.471892247872	1.24164213189	-0.00762365627906	0.111184447555	0.026642754001	-0.200379466776	0.0605628716219	0.112373634967	0.0900535472493	-0.147755524607	-0.057003228911	0.233102317213	-0.0162761945778	-0.0196049373063	0.266766875451	0.010041682782	0.233657913879	38.0858718469	-6.61727354536	27.7395683799
5	7.90044972714	-5.26410586872	0.74572977427	4.92721249153	-0.568520634032	3.56629135684	-0.0706025302245	-0.340821969074	0.23511500562	0.328336955629	0.108037456811	0.278366876669	-0.500857859399	-0.255452471579	-0.0881907104405	0.330271704025	-0.0433572434062	0.050997010357	0.277379566587	0.0170630902223	0.418804582847	23.0431023674	6.43311826386	55.6675245548
6	5.03824630737	-5.59959779711	6.42480703497	7.68518734008	-6.58500113269	7.93118574759	-0.542177011625	-0.211415293486	0.393186018324	0.558352848471	0.278053064263	0.0611301389763	-1.39859571956	-0.0850621380452	0.364636154186	0.382630564413	-0.0473515046096	0.038279184741	0.354758747052	-0.011121709163	0.340517361914	28.8667843197	11.8092500152	56.3370083267
7	0.838437310632	1.32925060227	-0.215202756864	3.8987286339	-1.81596535861	2.57369842745	0.0793283900432	-0.207569036289	0.254305874147	0.998832480013	0.0318292127414	0.604596707249	-0.584329370683	-0.153224689755	-0.0519986502227	0.399136867242	0.0272847394671	0.0216522239276	0.443767725087	-0.0575714122904	0.397677311525	46.1445627677	24.603941997	63.9982796642
8	3.53417658041	2.08206505245	-1.00167308512	5.68753525278	-4.18466773389	6.31478771257	0.127730566124	-0.0281554583172	-0.12966107001	-0.100381050561	0.254350714937	0.553930862441	0.473972279919	-0.497165201107	-0.374448174617	0.288595219952	-0.0464119449207	-0.0484969343783	0.304343780358	-0.0507947805719	0.337575574382	39.8500941358	-35.6301784994	36.5912385491
9	2.54872051516	-0.895034338791	-1.13001042483	7.20005613557	1.35128900676	2.47148053644	0.00245901528047	0.26261439407	-0.275722536781	-0.54784458886	0.0550324928836	-0.161562625558	-0.0468606729938	0.160025716314	-0.0339504118605	0.178874546649	-0.0186825238854	-0.0736801382585	0.297065478494	-0.0478987013368	0.283046040656	56.3160227607	-34.9245318873	29.7810779018
10	3.09014767192	-0.103610318613	-0.220637347859	0.767034908153	-0.0239274606616	2.63180401094	0.0594889032453	-0.182596541065	-0.232035955601	0.0721046548715	0.0428586607809	-0.0776537207007	0.391313670034	-0.0299257663457	-0.0929442332611	0.307580531663	-0.0184436963844	-0.0531258522696	0.205420290635	0.0131456420666	0.299601144314	50.9799328233	-39.9576362207	43.7289196879
11	1.23951591395	-0.565175706874	-0.16046484704	1.45229456884	0.152503852736	0.861656579266	0.00989117197422	-0.00433860860015	-0.130634594035	-0.0323598599651	0.0226253769279	-0.171213790696	0.170633751709	0.178677591957	-0.0317603508151	0.231583710279	0.00597172197863	-0.0175905105457	0.285636592433	0.00806794420472	0.289625811345	59.4728538835	-23.1669979657	49.0312575702
12	3.26727605304	0.532806432109	-0.215751253114	0.768768587387	-0.0425129533404	0.963987174462	0.0484087205146	-0.284893625177	-0.145992800385	0.0166003886455	-0.041775626115	-0.0771319511733	0.0678513360629	0.0473992186004	-0.000408541023663	0.227607017798	-0.0104212279276	-0.0164435377411	0.261004707199	0.0370654832462	0.198246315762	53.8602852309	-16.7656708436	64.1598646749
13	3.62299539326	-0.453078554178	-3.55990111124	2.21222205831	0.936435572768	8.02042280187	0.128234739624	-0.377591706291	-0.242668548814	0.139428211811	-0.020708949228	0.118112423513	0.098630965297	0.200747578556	-0.104695360736	0.211923512894	-0.0429874403404	-0.0307875080212	0.210125155653	0.0400811215754	0.236168776279	42.252748516	-21.1409189717	59.5939918124
14	4.50012943166	-2.64052937607	-0.798962698824	2.42242116319	1.20141200426	3.69121285102	0.0304765481456	0.352795257034	0.0535877430422	-0.169558058824	0.0376147354409	-0.438421432302	0.216890127992	0.443990633296	-0.0948407266156	0.249411771569	-0.0178446364068	0.00340843389789	0.305078355493	-0.0415612897656	0.352803690124	63.6212504059	-32.3405572775	34.3054866984
15	6.05889052881	-5.53037111699	5.02432970353	8.16384646891	-6.57377379002	5.48133015928	0.192605927054	0.298346758072	0.324477369436	-0.343008842889	-0.476315051184	-0.711971976732	0.490495762162	0.906041196317	0.212761235388	0.371705715124	0.0267748738609	0.0513744776265	0.435234261751	-0.0764709319628	0.374282698555	68.7453160745	-26.3557953193	33.7702464728
16	6.97533372297	1.28788960239	1.82806572673	0.380564736163	-0.211031976415	2.54139707414	0.0969127372022	0.53813801495	-0.534867954031	-0.197599354472	0.141026463961	-0.10339290698	0.190324924039	0.379279646807	-0.233166944087	0.345651511434	0.0472441661426	0.0442850427072	0.318793591175	-0.0658241165656	0.304240566267	80.5375655147	-8.52410241314	26.4687244752

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 57 )	A	A	1 - 57	1 - 57
2	2	chain 'A' and (resid 58 through 139 )	A	A	58 - 139	58 - 139
3	3	chain 'A' and (resid 140 through 242 )	A	A	140 - 242	140 - 242
4	4	chain 'A' and (resid 243 through 351 )	A	A	243 - 351	243 - 351
5	5	chain 'A' and (resid 352 through 375 )	A	A	352 - 375	352 - 375
6	6	chain 'A' and (resid 376 through 398 )	A	A	376 - 398	376 - 398
7	7	chain 'A' and (resid 399 through 421 )	A	A	399 - 421	399 - 421
8	8	chain 'B' and (resid 1 through 28 )	B	E	1 - 28	1 - 28
9	9	chain 'B' and (resid 29 through 57 )	B	E	29 - 57	29 - 57
10	10	chain 'B' and (resid 58 through 139 )	B	E	58 - 139	58 - 139
11	11	chain 'B' and (resid 140 through 242 )	B	E	140 - 242	140 - 242
12	12	chain 'B' and (resid 243 through 316 )	B	E	243 - 316	243 - 316
13	13	chain 'B' and (resid 317 through 351 )	B	E	317 - 351	317 - 351
14	14	chain 'B' and (resid 352 through 375 )	B	E	352 - 375	352 - 375
15	15	chain 'B' and (resid 376 through 398 )	B	E	376 - 398	376 - 398
16	16	chain 'B' and (resid 399 through 421 )	B	E	399 - 421	399 - 421

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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