PDB-7r37: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Pyr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7r37

タイトル

Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Pyrococcus furiosus in complex with inosine

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / Complex / S-adenosyl-L-homocysteine (SAH) / S-adenosyl-L-methionine (SAM)

機能・相同性

機能・相同性情報

L-homocysteine biosynthetic process / adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Saleem-Batcha, R. / Popadic, D. / Andexer, J.N.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Structure, function and substrate preferences of archaeal S-adenosyl-L-homocysteine hydrolases.
著者: Koeppl, L.H. / Popadic, D. / Saleem-Batcha, R. / Germer, P. / Andexer, J.N.

履歴

登録	2022年2月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7r37.cif.gz	415.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7r37.ent.gz	284.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7r37.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7r37_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7r37_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7r37_validation.xml.gz	31.9 KB	表示
CIF形式データ	7r37_validation.cif.gz	43.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r37	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7r38C 7r39C 7r3aC 8codC 8qnoC 5axaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
202 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.531, 112.531, 122.831
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2
Space group name Hall	P4n2n

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase 分子量: 49620.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: ahcY, PF0343 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P50251, adenosylhomocysteinase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NOS / INOSINE / イノシン分子量: 268.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₀H₁₂N₄O₅
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.22 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: comprising 26% (w/v) PEG 1500 with 100 mM MMT, pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→48.62 Å / Num. obs: 36380 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 12.7 % / B_iso Wilson estimate: 40.35 Å² / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2.28→2.41 Å / Num. unique obs: 5179 / CC_1/2: 0.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5axa

5axa

解像度: 2.28→48.62 Å / SU ML: 0.2497 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.8674
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2159	1826	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1613	34493	-	-
obs	0.164	36319	99.85 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→48.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6648	0	126	113	6887

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0069	6918
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8501	9344
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0514	1034
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	1178
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.2497	932

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.28-2.35	0.3204	141	0.2529	2568	X-RAY DIFFRACTION	98.54
2.35-2.42	0.3094	154	0.2285	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.42-2.49	0.2396	142	0.2017	2604	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.49-2.58	0.2391	114	0.1872	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.69	0.2742	153	0.1876	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.81	0.2535	133	0.1848	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.81-2.96	0.2399	150	0.182	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.14	0.2545	140	0.1855	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.38	0.2234	141	0.1729	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.72	0.2102	145	0.152	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-4.26	0.1942	144	0.1361	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
4.26-5.37	0.1872	125	0.1303	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.37-48.62	0.1655	144	0.1439	2865	X-RAY DIFFRACTION	99.7

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.26128734097	0.0285808497474	0.711466813867	3.11364496724	-0.287236905259	3.24376338604	-0.0366998966309	0.0329776780098	-0.642225911295	-0.145751954627	0.0781101801618	0.40241150434	0.458707563621	-0.185017139342	-0.00600382567327	0.315280609648	-0.0231506659834	0.0550973124678	0.301680342117	0.0134741120451	0.397612816889	21.4537613195	-17.7365209276	54.2304781901
2	4.95577321436	-0.465551207252	0.0203658455666	2.4223573756	-0.274323625845	1.73931720098	0.0101904848859	-0.57690545632	-0.121634333923	0.340274056831	-0.0190963303502	0.285314245519	-0.108130984522	-0.195025033701	0.0298151971513	0.297605033835	-0.0226795860092	0.0433026167809	0.383232051792	0.0135565170231	0.39035139385	21.1133187166	-1.03876365292	60.9191609119
3	1.08986522801	-0.161837003271	0.549710398115	2.86436998241	0.287283853412	1.65311534124	0.0666166211748	0.0560040756858	-0.142468681517	-0.124284094967	-0.0322398635023	0.602885808941	0.0482611186765	-0.338102462037	-0.0319915074118	0.275658916567	-0.022521357904	-0.0208199932476	0.414487517548	0.0216779979021	0.516196564038	16.5206019736	-6.81503010677	46.9183678668
4	0.328211274195	-0.274604635689	0.272489213453	2.6773779549	-0.643891778787	4.20817954622	0.221775851938	0.102441873856	-0.109015024255	0.00670913494092	-0.0574685162467	0.836071428654	-0.264428637855	-0.480043166513	-0.113687338984	0.338579298768	0.0294269260091	0.00220948700634	0.484707709738	-0.0374651258883	0.593584542591	16.0976654755	7.70749244214	42.7155292188
5	1.32909916474	-0.746296783608	-0.1469082518	1.38679206254	-0.120434920071	0.716039611434	0.0890330681649	-0.15206309885	0.0825264813779	-0.101671198529	-0.00849927031792	0.177327115779	-0.0641352148725	-0.0948072766272	-0.0670118973014	0.274499933376	-0.0263568957442	-0.0405042200232	0.31516798894	0.0208217055033	0.299936105468	40.2921794538	1.71031798822	40.461625445
6	2.37554480197	-0.26714386722	0.500174352439	3.0828480596	-0.0453703899802	2.78978437694	0.0380675547845	0.260565820054	0.0472567698186	-0.469687551804	0.059232559283	0.177332138504	-0.110770723345	-0.301077009825	-0.105125748327	0.3447646798	0.00308868099553	-0.0652102969366	0.31738136416	0.0265291403813	0.23663744927	38.4589138053	-4.78344153173	25.4418995836
7	2.02185675117	-0.179315977444	-0.429421540596	3.03971383954	2.38488399526	4.99099295536	-0.13155059211	0.175367651252	-0.213477109848	-0.399275990351	-0.028544642001	0.350507376831	0.0812284404249	-0.237375111103	0.143038587161	0.353617574499	-0.0373816673307	-0.0665115428323	0.314762999119	0.0272246429168	0.246578024463	35.8207236734	-14.6360223399	31.1680662663
8	6.53655711007	-3.00256030864	-0.326141150878	7.36234506019	-0.143933473905	4.10154854405	-0.0605516847155	-0.139198723739	0.0689080586176	0.191392644846	-0.0686229509991	0.702383993196	-0.466286826225	-0.372337361202	0.105504495986	0.377102274978	-0.0257764413083	0.0507198648456	0.358309275084	-0.0168973441682	0.425187720632	23.3719490026	6.43080655304	56.0510460419
9	9.07647647413	-4.67324409109	7.67044756001	4.79236904618	-4.04005862231	9.49941654321	-0.514666441673	-0.451692325865	0.555836886479	0.596182143586	0.301445309228	0.0910124672227	-1.17485845511	-0.36987092921	0.322550071192	0.430889709396	-0.0671182894553	0.0817689683671	0.466611792375	-0.0243870644492	0.409572343939	29.0339119798	11.7172064567	56.7588613685
10	1.35825909792	0.939770990561	-0.136478831317	2.06620223334	-0.683137974086	2.25556681246	0.0935974466871	-0.43287108337	0.478156520512	1.22508247073	0.211366471482	0.533344812533	-0.610496476462	-0.210310029527	-0.322361769608	0.500811065115	0.0770973185451	0.0782722883101	0.570095813192	-0.100055318821	0.544019783758	46.5652933736	24.4845245932	64.383681849
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12	2.35858172735	-0.984115167201	-0.265227037017	4.77947017481	0.137722152069	1.67483130562	0.082151400188	0.326704653188	-0.404024938412	-0.512732199628	-0.0217298118617	-0.214015546546	0.295228592002	0.186439270235	-0.0272953265978	0.39932476866	0.0234880618943	-0.0714132412552	0.370798010931	-0.0683581002719	0.418304146454	56.8247409144	-34.9111170543	30.0367787553
13	2.30936916547	0.920130684732	0.697093129146	0.825026115268	0.31093199688	2.73874737491	0.0265202986904	-0.143318185102	-0.475693546636	0.0816151607013	0.13088794399	-0.175598711965	0.470429601623	0.0316031647115	-0.172856311233	0.429736732227	0.0512518131405	-0.0594569171589	0.308509865843	0.0167192635847	0.485271246983	55.3230213363	-39.9678830109	44.9735836374
14	2.64689126554	-1.61816985074	0.442186618742	4.65576650991	-0.72148277204	1.51402373452	0.0685178060001	-0.0224183544312	-0.248103160952	0.139281669883	-0.0563036307185	-0.0488094492314	0.113097779314	0.314919395763	-0.0034731207469	0.367294277672	-0.0193737298086	-0.0142020753516	0.331573611127	0.0109023039351	0.42141144471	66.7534407867	-28.1797445807	44.1896328033
15	2.15340737945	0.275105998157	-0.0125519186513	1.56096517948	-0.388357737404	1.3366944944	0.0542277804385	-0.362612427459	-0.103582580749	0.173768326774	-0.024338295348	-0.107527633252	0.110861298145	0.0678709357353	-0.0289187275625	0.258344674981	-0.00317305159537	-0.0257981070981	0.328392374427	0.029426125111	0.240830432668	53.8117325588	-14.7017318619	59.7593671197
16	3.51559108962	0.227424299926	-2.19890218026	1.82477984021	-0.0650153560389	4.6786066241	0.118310721004	-0.579498944719	-0.149005829873	0.0889307397051	-0.0152353553874	0.0700187899527	-0.116152433508	0.0917385217119	-0.0308202336997	0.303009133804	-0.0308068939667	-0.0330770686383	0.381705588031	0.0636174819615	0.299809679772	42.6196658123	-21.1270029289	59.9125490201
17	3.99743555117	-2.62807763167	-0.781531118283	7.98607546366	0.101607525345	3.81428305598	0.0242986948719	0.533147559082	-0.485372396889	-0.344868207722	-0.222423811198	-0.378782069541	0.395595721716	0.3879235168	0.168295362979	0.394947101524	0.0214837232771	0.0152177402028	0.384597105006	-0.0559778839827	0.388455903748	64.1468393075	-32.2335395476	34.6033792893
18	4.62325070877	-4.01773115331	4.07122338042	8.39947531919	-7.03871658541	8.05962192625	0.154601942812	0.634183142741	0.103695058701	-0.199024215952	-0.744064129774	-0.744998238115	0.361493553756	1.21321623452	0.536333808017	0.400388869695	0.0189488380964	0.0602894038617	0.484940092048	-0.0412432855662	0.427781890579	69.2793234734	-26.3466332499	34.0948013656
19	2.5155918324	0.821607005418	1.1440008995	0.756200350962	-0.483497110425	2.18790876991	0.263478240415	1.0146263059	-0.389989423676	-0.164655617785	-0.00744000771949	-0.276911949976	0.20529171861	0.614463221729	-0.253324090088	0.424701524743	0.0719388374165	0.0775068780235	0.462236891459	-0.0306727908892	0.432271208203	81.1041893024	-8.58099344087	26.6863229243

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 28 )	A	A	1 - 28	1 - 28
2	2	chain 'A' and (resid 29 through 57 )	A	A	29 - 57	29 - 57
3	3	chain 'A' and (resid 58 through 139 )	A	A	58 - 139	58 - 139
4	4	chain 'A' and (resid 140 through 166 )	A	A	140 - 166	140 - 166
5	5	chain 'A' and (resid 167 through 251 )	A	A	167 - 251	167 - 251
6	6	chain 'A' and (resid 252 through 316 )	A	A	252 - 316	252 - 316
7	7	chain 'A' and (resid 317 through 351 )	A	A	317 - 351	317 - 351
8	8	chain 'A' and (resid 352 through 375 )	A	A	352 - 375	352 - 375
9	9	chain 'A' and (resid 376 through 398 )	A	A	376 - 398	376 - 398
10	10	chain 'A' and (resid 399 through 421 )	A	A	399 - 421	399 - 421
11	11	chain 'B' and (resid 1 through 28 )	B	E	1 - 28	1 - 28
12	12	chain 'B' and (resid 29 through 57 )	B	E	29 - 57	29 - 57
13	13	chain 'B' and (resid 58 through 166 )	B	E	58 - 166	58 - 166
14	14	chain 'B' and (resid 167 through 189 )	B	E	167 - 189	167 - 189
15	15	chain 'B' and (resid 190 through 316 )	B	E	190 - 316	190 - 316
16	16	chain 'B' and (resid 317 through 351 )	B	E	317 - 351	317 - 351
17	17	chain 'B' and (resid 352 through 375 )	B	E	352 - 375	352 - 375
18	18	chain 'B' and (resid 376 through 398 )	B	E	376 - 398	376 - 398
19	19	chain 'B' and (resid 399 through 421 )	B	E	399 - 421	399 - 421

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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